万历帝之所以亲政四年后便很少上朝有2个原因，一是身体、身心原因；二是与朝臣之间的关系。

第一：身体、身心原因

1582年，执掌大权十数载的内阁首辅张居正病逝。而在张居正 担纲朝政之时，大明王朝 也进行了张居正改革，作为一场地主阶级革新的自救运动，无论是一条鞭法还是整饬吏治等举措，都取得了非常大的成就。而此时的万历帝也从一个10岁的冲龄幼童成长为意气风发的皇帝。

而在张居正实施这一系列举措之时，却忽略了帝王对权利的控制欲，对万历帝的培养。就在张居正死后不久，万历帝便下令抄没其家，便是明证。作为改革家，张居正无疑是成功的；但是作为帝师，他却忽略了对万历帝的正确引导，过于严苛的要求以及独断专权也让万历帝产生了逆反心理。

另外一点，我们不得不提及的就是在郭沫若、吴晗等人主持挖掘万历帝陵中的考古成果。在《明神宗实录》、《明史》等典籍中具有提及万历帝一生多病，经常服药。而就在1958年万历定陵被挖开之后，我们从《风雪定陵》中看见当时的考古成果：因为无论是棺内万历右腿蜷曲的痛苦形状，还是尸骨复原后，右腿明显地比左腿短的情形，都足以说明这位皇帝生前确实患有严重的足疾。“足心疼痛、步履艰难”之语也是真实存在的

就在万历帝亲政之后，他面临的是“随着明朝中后期士风之日下，士大夫变得趋炎附势，追逐名利，好名之风颇盛” “既然进言能带来这些好处，一旦冒险成功，升官会比正常情况快，所以一些言官在进言时惟恐不能激怒皇帝，甚至耸人听闻，故作激切，以遂其私”（蔡明伦《论明万历中后期言官对神宗的批判》）的境况。而作为皇帝，与朝臣之间的关系也由此存在着众多的矛盾，而其后的国本之争则将这场矛盾彻底的激化，公开化。

宠爱福王朱常洵与皇长子朱常洛之间的国本之争中，万历帝先后流放贬谪数百人，但是最终还是朱常洛在群臣和太后的支持下获得太子之位，而身为皇帝的万历帝也由此深感不满，为群臣所制，而也便开始怠政。

参考资料：《明神宗实录》、《明史》、《风雪定陵》等