1966年动荡爆发后，江青、康生等人借着“革命”的名义，煽动激进分子冲击国家军政单位，肆意批斗老同志，由此造成了非常恶劣的负面影响，同时也阻碍了党内团结。周总理见状，便指示时任卫戍区司令员的傅崇碧将军，想办法将受到针对的老同志保护起来，不能让江青、康生等人肆无忌惮、为所欲为。

傅崇碧接到命令后，立即抽调十余名精干官兵以及三辆大卡车，在某天深夜悄悄出动，将老同志们统一送到卫戍区下辖的一处偏僻干休所安置。江青、康生等人发现批斗对象不见了，顿时火冒三丈，当即开始四处调查、寻找，最后查到了傅崇碧的头上。于是江、康便直接跑到卫戍区司令部大闹一番，要求傅崇碧将人交出来。但傅崇碧的态度也很强硬，他坚决拒绝了江、康的要求，同时一再表示卫戍区是首都的保卫力量，神圣不可侵犯，如果江、康再继续胡闹，他就不客气了！

另外一边，毛主席得知此事后，也对江青、康生的行为很是厌恶，于是主席便让汪东兴同志给傅崇碧传话，让他千万不要害怕、畏惧，继续顶着压力维护卫戍区的尊严和立场，尽力控制政治运动的范围和烈度。

江青向来很记仇，如今傅崇碧破坏了她的“好事”，她自然不会罢休，必定要进行报复。可眼下傅崇碧手握军权，深得毛主席和周总理的信任，江青对此很是忌惮，不敢轻易下手，思来想去，她决定联合康生、张春桥、陈伯达等人一起，轮番给毛主席写报告，提议将傅崇碧调离卫戍区，转往沈阳军区或者南京军区就职。

彼时中苏之间正处于对峙状态，苏联调集重兵驻扎在远东地区，扬言要南下入侵中国，这导致沈阳军区的防守压力骤然倍增，各项工作开展的十分紧张。鉴于此，毛主席决定抽调一些精干同志增援沈阳军区，而江青等人又正好在此时力荐傅崇碧，于是毛主席便顺势将傅崇碧安排到沈阳军区担任副司令员。

显然，这安排正中了江青的下怀，傅崇碧抵达沈阳军区之后，还没来得及前往军区总部报到，便被江青的爪牙抓了起来，关进沈阳市郊区一座小院看押，此后七年，他一直过着艰苦、颠簸的生活，不仅要经常忍受严酷的讯问，而且一日三餐也得不到保障，有时候只能吃窝窝头充饥，直到1976年动荡结束后，他这才重获自由，被中央办公厅接回北京疗养、休息。

1977年，经由中组部推荐、中央政治局批准，傅崇碧得以重新回到卫戍区担任司令员，在正式上任之前，军委秘书长罗瑞卿同志曾专门找他谈了一次话，暗示他要重构卫戍区的领导班子，将那些曾经与江青关系亲密的人全部“边缘化”。可傅崇碧并没有遵照罗瑞卿的意见行事，他认为动荡已经是“过去式”，没必要再追究，况且有些同志在动荡时期是身不由己，被迫和江青接触，不能因此判定他们是“坏人”，再者说，冤冤相报何时了呢？这可惹恼了罗瑞卿，罗一气之下大骂傅崇碧是“软蛋”，不敢搞政治斗争。

1977年下旬，傅崇碧在中央军委的指导下，对卫戍区进行了一系列改革，严抓各部队的作训，努力提高官兵们的战斗力和凝聚力，除此之外，傅崇碧还协助北京市城建部门，对北京市区进行一定程度的改造，以缓解人口膨胀带来的生活、交通压力。

1981年，中央军委决定华北举行一场超大规模的军事演习，以展示解放军在新时代的新风貌，傅崇碧幸运地参与了此次盛会，期间他麾下的部队表现的十分出色，各项科目的成绩均名列前茅。这让观摩演习的邓公很是高兴，邓公随后亲自颁发给卫戍区一面锦旗，以表彰官兵们的勤奋付出。

1982年，傅崇碧因为身体原因，主动申请退役，晚年他定居西单，过着与世无争的消遣生活。2001年，他在看电视的时候，发现西南某山区的孩童上学困难，无法接受到良好的教育，他为此很是心疼，为了帮助这些可怜的孩子，他将自己积攒了十余年的存款全部捐了出来，用于修建校舍、购置图书等。2002年，傅崇碧被查出患上了严重的肝肾疾病，他随即被转移到解放军总医院疗养，2003年，傅将军因为病情恶化去世，时年八十七岁。