科举制度是隋以后各封建王朝设科考试选拔官吏的制度，由于分科取士的办法而得名。汉代已有考试取士的方法，但都属于临时措施，并没有形成固定的制度。隋文帝时，为废除被世族垄断的九品中正制，在开皇七年(587年）设志行修谨、清平干济两科，举行考试，选拔人才。隋炀帝时才开始设置进士科。唐代除了设置进士科外，又设置了秀才、明法、明书、明算等科，还有一史、三史、开元礼、童子、道举等科。武则天曾亲自主持殿试，并增设武举。科举制的各科考试中，由皇帝特诏举行的称为制科。各科之中，只有进士科是常设科目，因此地位最为重要。宋代以后各朝科举制仅保留进士科。
唐宋时期，进士科主要考试内容是诗词歌赋。宋神宗熙宁时，王安石将考试内容改为儒家经义。明清两朝的儒家经义以《四书》《五经》的文句作为题目，规定文章格式为八股文，解释必须按照朱熹《四书集注》等理学经典，不能超出这个范围。
18世纪，世界格局发生了很大变化，而中国科举考试的内容却越来越僵化，不利于人才选拔。历朝历代对科举制的非议层出不穷，只不过仅限于舆论，并未对制度本身构成真正的威胁。
道光三十年（1840）鸦片战争后，清朝面临着“三千年未有之变局”，八股取士的科考制度，已无力应对船坚炮利所代表的近代西学的冲击，因而面临着越来越大的生存危机。光绪六年（1880）以后，随着西学的进一步传播和洋务运动的深入开展，科举制度在朝野有识之士的推动下发生了一些改变。光绪十四年(1888)，清政府批准设置算学科，首次将自然科学纳入了科举考试的内容。
光绪二十年(1894）甲午战争后，面对日益严峻的瓜分危机，救亡图存成为知识分子最为关心的问题。变法维新、改革科举成为康有为、梁启超、严复等维新思想先锋们十分关注的内容。
严复认为科举制有“锢智慧”“坏心术”“滋游手三大危害，将保留还是废除八股取士制度上升到影响国家存亡的高度。光绪二十四年（1898）百日维新期间，光绪皇帝曾下诏，除常规八股取士外，加设经济特科，荐举经时济变的人才。同时，应康有为、梁启超等人的建议，决定废除八股，改考策论，用时务对策来作为命题的标准、范围，严禁凭借书法优劣决定考生的高低名次。戊戌变法失败后，慈禧下令废除大部分新政措施，全面恢复旧有制度。
19世纪末外国列强所掀起的瓜分中国的狂潮，以及对中国内政的“干预”，使慈禧对列强充满了怨恨之情。而“扶清灭洋”的义和团恰恰可资利用，于是它被慈禧蓄谋操纵，以抵制列强甚或纯粹发泄对西方列强的不满。
1899年6月16日，慈禧就要不要攻击各国使馆问题召开了一次廷议(为此前后共举行了四次），太常寺卿袁昶指出拳民所称枪炮不入之不可信，反对策划袭击外国人。慈禧反驳说：“法术不足恃，岂人心亦不足恃乎？今日中国积弱已极，所仗者人心耳。”这也就是说，慈禧此时试图纯粹倚仗“民心”，最后赌一把，把外国人赶出中国的地盘。但最后的结果却是，“义和团的野蛮行径使世界认为中国不是文明国家，而外国列强的残暴表现却造成了一种不可战胜和高人一等的形象，因此损害了中国人的自信和自尊心。
中国人对外国人原来抱有的轻蔑和敌视态度，现在往往一变而为恐惧和奉承的态度”。被打得一败涂地的中国与八国列强签订了严重侵犯中国主权的《辛丑条约》。条约规定：永远禁止中国人民成立或加入任何“与诸国仇敌”的组织，违者处死；各省官员必须保证外国人的安全，否则立予革职，永不录用。
1900年7月3日，美国发表第二个“门户开放”政策的照会，目的即在力图“保持中国领土和行政权的完整，并维护在中华帝国全境实行贸易均沾原则”。接着，英国与德国于10月16日签订了一项协定（其他列强被要求支持），规定署约国不得攫取中国领土。列强的这种对峙局面使中国免于立即被瓜分，但中国的国际地位却下降到了前所未有的地步，这真是李鸿章临终前的奏章中所言：“每有一次构衅，必多一次吃亏。”躲避在西安一年半之久方敢回京的慈禧对中国所面临的国际形势领略了个透彻。
《辛丑条约》除惩办“罪犯”和赔款外，其他重要条款中，有“在拳民曾经肆虐过的45城镇，停止考试五年”的规定。所惩罚城镇在光绪二十七年四月庚申日（1901年6月11日）的上谕中一一列出，包括：北京顺天府、保定府、永清县、天津府、顺德府（今河北邢台）、望都县、获鹿县、新安县、通州、武邑县、景州、滦平县，东三省之盛京、甲子厂、连山、于庆街、北林子、呼兰城；山西省之太原府、忻州、太谷县、大同府、汾州府、孝义县、曲沃县、大宁县、河津县、岳阳县、朔平府、文水县、寿阳县、平阳府、长子县、高平县、泽州府、隰州、蒲县、绛州、归化城、绥远城；河南省之南阳府、光州，浙江省之衢州府，陕西省之宁羌州；湖南省之衡州府等地方，“均应停止文武考试五年，以为轻信拳匪及闹教滋事者戒”。清政府对列强这些要求言听计从，“即着各该省督抚、学政遵照办理，出示晓谕”。
八国联军还蓄意烧毁了北京贡院。这是一件影响甚大却往往为现代中国人所忽视的暴行。“在一定意义上说，北京贡院的被烧毁对当时中国人心理的影响并不亚于圆明园的被毁。”据说德军将贡院烧毁，当时还引起许多士人的愤怒，此举对中国士人的心理影响非常之大。然而科举制度依旧持续着它巨大的历史惯性。
辛丑年（1900）恩科乡试因庚子事变，改为次年与会试同年举行；1901年未能如期举办乡试的12省改于壬寅（1902）科补行，并将“借闱河南”举行顺天乡试；辛丑、壬寅，恩、正并科会试皆延至1903年借闱河南举行。
庚子事变及《辛丑条约》的签订使清政府在国际上体面全无。清政府迫于国内人民的不满和国际上列强的武力干预，不得不着手实施变法。光绪二十六年十二月初十日（1901年1月30日），逃亡途中的慈禧太后以光绪帝的名义颁布变法诏书，清廷宣布实行“新政”，在这种情况下，废科举、兴学堂成为清政府推行新政的重要举措。各地封疆大吏纷纷上奏，重新提议改革科举制度，恢复经济特科。
1901年3月，两广总督陶模率先提出“废科目以兴学校”的主张，作为“图存四策”之一。奏折中说：“顾自甲午以后，诏设学堂者久矣。而人才不出，何也？则以利禄之途，仍在科目。欲其舍诗赋、八股、小楷之惯技，弃举人、进士之荣途，而孜孜致力于此，此必不可得之数也。是故变法必自设学堂始，设学堂必自废科目始。今宜明降谕旨，立罢制艺、大卷、白折等考试。”同年4月，山东巡抚袁世凯建议“崇实学”、“增实科”，建议可先在沿海各省试行，再逐步推广至内地；将岁试、乡举取中定额，核减二成，以所减之额作为实科取中之数，待减至五成之后，“学堂中多成材之士，考官中亦多实学之人，即将旧科中五成中额，一并按照实科取士章程办理。而实科亦必另作一途，仍归各省一律举行。如此逐渐转移，而士风不难亟变矣”。这种递减科举数额的方法与此后1903年袁、张（之洞）等人联衔奏请分十年三次减额废科的主张完全一致。
光绪二十七年（1901）七月十二日，刘坤一、张之洞在会奏中筹拟“兴学育才”四条对策：“一曰设文武学堂；二曰酌改文科；三曰停罢武科；四曰奖劝游学。”认为“科举一事，为自强求才之首务。时局艰危至此，断不能不酌量变通”；“改章大旨，总以讲求有用之学，永远不废经书为宗旨”。而变通科举的办法，是首场取博学，试中国政治、史事；二场取通才，试各国政治、地理、武备、农、工、算法之类；三场归纯正，试四书五经义，以期由粗人精。分场发榜，各有去取，首场录取率为10%，二场为3人取1。十年三科，将旧额减尽，使生员、举人、进士科名，皆出于学堂。
1901年6月3日，慈禧发布懿旨：“允宜敬遵成宪，照博学鸿词科例，开经济特科，于本届会试前举行。”8月29日又谕令：“著自明年为始，嗣后乡、会试，头场试中国政治、史事论五篇；二场试各国政治、艺学策五道；三场试四书义二篇、五经义一篇。考官评卷后，合校三场，以定去取，不得全重一场。”且生童岁、科两考，进士殿试、朝考，均以中国政治、史事及各国政治、艺学命题，一切考试均不准用八股文程序，改用策论。同日又宣布：“嗣后武生考试及武科乡、会试，着即一律永远停止。所有武举人、进士，均令投标学习。其精壮之幼生及向来所学之童生，均准其应试入武。俟各省设立武备学堂后，再行酌定挑选考试章程，以储将才。”对比一下新政中对科举的改革措施，几乎完全照搬戊戌变法时的科举改革办法，只不过中间经历了一个“全盘否定”的过程。
废八股改策论后，士子们也迅速作出调整，“应试参考书的大量出版和发行，仍然是出版业中一种醒目现象”。当时一些人为了适应社会上应试士子的需要，编辑了大量诸如《时务统考》、《洋务经济统考》、《五大洲各国政治统考》之类的考试类书。时人政论类书籍也极为畅销，如冯桂芬的《校邠庐抗议》、郑观应的《盛世危言》、汤震的《汤氏危言》、张之洞的《劝学篇》等，成为士子们参加科举考试的主要参考书。正如时人所言：“方今国家讲求实学，广征经济之才，用备维新之佐，取中学为体，西学为用，于是经世文编，都人士莫不家置一编，更觉洛阳纸贵矣。”张之洞
张之洞
1903年6月27日，清廷命张之洞会同张百熙、荣庆重新厘定已有的各项学堂章程。至1904年1月13日，重订学堂章程进呈后获准颁行，此即《奏定学堂章程》，又叫《癸卯学制》。这是清政府实行的第一个近代学制。在学制系统上，它对原先制定的初、高等小学堂、中学堂、高等学堂，大学堂附通儒院、蒙养院及家庭教育法章程作了增补；另增拟初级、优级师范学堂，初等、中等、高等农工商实业学堂以及译学馆、进士馆章程，并附有学务纲要，各学堂管理通则，考试、奖励章程等。新学制的立学宗旨为：“以忠孝为本，以中国经史文学为基，俾学生心术壹归于纯正，而后以西学瀹其知识，练其艺能，务期他日成才，各适实用。”
由于科举考试依然是最重要的选士渠道，各级官员和民间士绅对新兴学堂多持观望态度，通过科举考试博得功名依然是绝大多数读书士子的人生追求。以全国第一所高等学堂京师大学堂为例，在办学过程中，它不停地受到科举考试的冲击：“癸卯(1903）、甲辰(1904)间，虽学风扬厉，然科举未废，大学生于校舍攻策论、习殿卷白折者，亦所恒有。乡、会试期届，校舍辄空其半。”甲辰会试，张百熙、荣庆皆以学务大臣充总裁，“总监督张亨嘉谕止学生赴试。学生则言：‘管学且奉旨主试，何独禁吾侪赴试乎？’亨嘉无以难，卒听之。百熙慨然，谓科举不废，学堂断难进步”。作为全国最高学府、新式学堂标兵的京师大学堂都已遭遇此种情形，其他新式学堂就更不必说了，招生、教员、经费等各个方面，都存在诸多问题。
1902年新政之初，为达到“学有所用，用有所学”的目的，清廷规定所有进士必须入京师大学堂分门肄业，“其在堂肄习之一甲进士、庶吉士，必须领有卒业文凭，始准送翰林院散馆。并将堂课分数，于引见排单内注明，以备酌量录用”。1904年1月，京师大学堂设立进士馆。但到1905年2月京师大学堂开学时，进士馆学员到堂者无几。当时报章说：“故近日虽已开学，仍未上堂。且内班学员今年多改为外班。盖皆恐馆中无甚好处，不如仍在本衙门当差。因外班学员每日仅到堂四次，于当差使毫无耽搁。”热心科举者比比皆是。面对这种情形，改革几乎难以深入。
1903年3月13日，张之洞、袁世凯上《奏请递减科举折》，从兴学导向、经费筹措、科举与学堂的地位和功能差异等方面，进一步分析了科举考试对新式学堂发展的严重阻碍，建议十年之减尽科举取中数额，“俾天下士子舍学堂一途，别无进身之阶”，实现由科举选士到学堂取士的平稳过渡。但这一奏议未被慈禧采纳。1904年1月13日，张之洞与张百熙、荣庆联奏《重订学堂章程》时，再次向慈禧提起分科递减科举中额的建议，这次上奏获得允准。清廷在核定《奏定学堂章程》的同一上谕中颁令：“著自丙午(1906)科为始，将乡、会试中额及各省学额，按照所陈，逐科递减。俟各省学堂一律办齐，确有成效，再将科举学额分别停止。以后均归学堂考取，届时候旨遵行。”
1904年，日俄为争夺在中国东北的利益而爆发战争。清政府宣布“保持中立”，任凭两国在中国的国土上展开争锋。这种软弱无能的行径，更使国人看透了清政府的腐败与不可救药，以“反清”为宗旨的革命团体也越来越多。在这种政治威胁的双重刺激下，原先主张渐废科举的朝臣重臣转而提出立废科举的要求。科举改革渐趋加速。
1905年9月2日，直隶总督袁世凯、盛京将军（民国）赵尔巽、两湖总督张之洞、两江总督周馥、两广总督岑春煊、湖南巡抚端方联衔会奏，请立停科举，以推广学校。
对这些封疆大吏的奏请，慈禧当然要思考再三。毕竟废科举、兴学堂乃国之大事，据说在决定废除科举制度之前，慈禧与张之洞有过一次深谈，她所担心的是万一触怒了天下士子，事情就难以收拾了，但张之洞的回答坚定了她的决心。因此在袁世凯等人联名奏请废除科举推广学堂时，慈禧立即给予允准：“著自丙午（1906）科为始，所有乡、会试，一律停止；各省岁、科考试，亦即停止。其以前之举、贡、生员，分别量予出路。”就这样，科举制度被画上了句号，结束了它近一千三百年的历史。其后人才的培养与选拔，全部纳入“有系统”的学校教育——以西方为范本的现代教育制度。
清廷诏准自光绪三十二年（1906）开始，所有乡会试一律停止，各省岁科考试也立即停止，命令学务大臣迅速颁发各种教科书，责成各省督抚切实通盘筹划，严饬各府厅州县赶紧在乡城各处遍设蒙小学堂。至此，在中国历史上延续了1300多年的科举制度最终被废除，科举取士与学校教育实现了彻底分离。
