1645年，清顺治二年。满清铁骑南下攻击杭州，南明军战败于钱塘江。守城的明朝官员自知大势已去，磕头跪拜，举旗投降。

杭州自古以来就被誉为“东南形胜，三吴都会”，地理位置极其重要。作为“江海重地”，是清廷打击东南沿海遗民以及后来镇压三藩，收台湾的军事基地。因此，在杭州驻防的旗营共有3000多将士。

杭州西湖

不过这些“异族”者在为清廷做贡献时，也常常滋扰百姓——抢夺财物、奸淫妇女、放高利贷等等。

为了缓解驻防旗营与百姓的紧张关系，清廷在1650年开始在清泰、望江、候潮三门一带修建驻防城以隔离兵民。但是修建防城却触动了一些百姓的房产，反而再次加剧了旗人与汉人的矛盾。1682年，因不满旗人的种种恶行，杭州城北武林门附近的商民举行罢市抗议。这件事被上报朝廷后，引起了康熙帝的重视，他对杭州驻防将军不能管束部下而对其大加训斥。

为了真正解决杭州驻防旗人与当地百姓之间的矛盾，清廷任汉人赵士麟 为浙江巡抚，康熙帝还在其上任前嘱咐他要采取切实行动解决问题。赵士麟到任后，首先就去拜会驻防旗人军官，他采用劝说加警告的方式让旗营官兵克制自己的恶行，禁止向百姓放高利贷（营债）、骚扰平民等。

同时，他也与当地百姓宣扬康熙的圣王形象，借此缓和旗人与汉人的矛盾。从那以后，驻防杭州的旗人鲜有与当地汉人之间剧烈的矛盾冲突。但也没有完全达到和睦相处的地步，直到1860年与1861年两次抵御太平军之战后，当地这两个互相戒备长达一个多世纪的民族，才真正成为共同的“杭州人”。

赵士麟

1860年三月，太平军将领李秀成带领少数部队对杭州进行了突然袭击，此时杭州城内仅有2800名募自外地的士兵担任守卫。这支弱小而又缺乏战斗经验的军队远非身经百战的李秀成部的对手。仅仅用了8天时间，太平军就攻破了杭州城，只剩下旗营仍在抵抗。杭州驻防进行了与太平军进行了决死的战斗。

在危急存亡时刻，当地百姓并未趁机倒戈，在民族和地域的利益中，他们选择捍卫后者。

据史籍记载，当太平军挖掘地道以图炸开旗营城墙时，一位锡箔匠冒着生命危险穿过太平军营去向驻防将军瑞昌报信。当太平军攻上城墙，旗营快无兵抵抗时，数百名妇孺拿着简易的刀叉冲到营墙上参战。就这样，旗营与杭州城内百姓一起持续抵抗了3天，直到清廷援军赶到，李秀成主动撤出杭州为止。

太平军攻杭州

第二年，李秀成再次率兵攻打杭州。这一次清军在杭州驻有大批士卒，并做了很长时间的准备，所以在开始的时候还能够抵抗李秀成的攻击。然而，李秀成通过切断杭州的粮食供应，将城市围困起来的方法，来慢慢消耗了清军的防御力量。

在被围数月、城中居民半数饿死之后，杭州最终在1861年十二月落入太平军手中。旗人再一次退入驻防城中闭门拒守。李秀成并不想屠杀旗人，他送信给将军瑞昌劝其投降，并保证护送营中男女去北方。

但是，对杭州旗人来说，在城市陷落之后偷生是不可接受的，他们选择誓死保卫这座城市。当太平军强行攻破旗营时，瑞昌投水自杀，许多下级官员战死。八千多旗营居民举火自焚，一把大火将旗营全部烧毁。

清末旗人

1860年和1861年的灾难性经历，让杭州汉人百姓看到了旗人善良、忠诚的一面。战后，当地文人不仅常常哀叹旗营的消亡是整个城市悲剧的顶点，而且在文人对太平天国战争的记忆中，旗营被表述为杭州的“内城”或“子城”。

杭州旗人也在太平天国战后中表现出对杭州这座城的认同和热爱。出身杭州驻防的蒙古旗籍官员瑞常在其诗集上的落款为“生长西湖芝生氏”，并且在诗集中多处表达了他对故乡杭州的思念。同样的，另一位出身于原驻乍浦水师的满洲瓜尔佳氏家族，成长于太平天国战后的杭州旗营的旗人金梁也在其著作中流露出对杭州的故乡情结。

除了表达对杭州的归属感，旗营文人也和杭州劫后幸存的汉族文人同样在19世纪晚期深刻的变局之中孜孜于保存地方的历史。1889年，一位蒙古佐领的儿子三多写作了一百首关于旗营的诗，并将其命名为《柳营谣》。三多明白表示他创作这部诗史是因为“自经兵燮，陵谷变迁，老成凋谢，欲求故实，更无堪问”。

清末老百姓

太平天国战争曾被一些学者认为是满汉关系的转折点，认为自此汉人的反满情绪就日渐高涨。但是从杭州的情况来看，这种说法显然有待商榷。

自此一战后，“杭州人”代替了旗人与汉人，两个民族通过地域认同实现了心理上的融合。