ChemBridge通过化学基因组学筛选诱导拟南芥开花的化合物

AbMole生物 2021-10-19 17:12:55

本研究中使用的无专利限制、多样性强、成药性好、命中率高、活性高、更易优化的类药性化合物库ChemBridge DIVERSet化合物库由10,0000个不同的类药化合物组成,具有广泛的药效团多样性,是目前欧美科学界公认的“最好的多样性化合物库”!国内众多顶级科研机构均已购买。提供该化合物库的公司ChemBridge Corporation于1993年成立于美国芝加哥。两年后,在世界范围内第一个推出基于3D药效团设计的多样性化合物库。早在1996年便可提供全产品的质控图谱并完成所有产品的二维码编号。经过28年积累,目前已拥有超130万个类药性化合物,超13000个大环类化合物,超14000个化学砌块,累计为全球客户提供了超过3000万个化合物。与Pfizer、Merck、AstraZeneca等国际知名制药企业均有深度合作,在欧洲、亚洲多个国家都有长期优质的合作伙伴。

植物开花时间是一个精心调节的过程,在这个过程中,植物决定了从营养阶段切换到生殖阶段的最佳时机。虽然有许多已知的控制生育时间的基因,但关于能够影响这一过程的化合物的信息很少。瓦赫宁根大学研究中心RichardG.H.Immink教授团队为了发现能诱导模式植物拟南芥开花的新型化合物,利用ChemBridge等化合物库对拟南芥进行了化学基因组学筛选。该筛选体系将虫荧光素酶标记融合到花分生组织同源基因APETALA1(AP1)的调控序列(这是一个早期的开花标志物)中。

从ChemBridge的DIVERSet-CL化合物库中选择10,000个化合物,以10mM的浓度储存在96孔板中,用于进行化学基因组筛选。理想情况下,将在化合物的多个浓度下进行筛选,以减少潜力先导化合物因未在其最佳浓度下进行测试而被遗漏的可能性,即浓度对于活性而言太低或太高。此外,这将有助于深入了解化合物的剂量关系。进一步考虑到所选化合物库的大小以及筛选可持续性,最终决定以25µM的固定浓度进行筛选。

Fig.1. Distribution of initial hits from the ChemBridge library.

按照图2中描述的实验流程,一式三份地对DIVERSet-CL等化合物库进行筛选。DIVERSet-CL库的初始筛选结果为2.1%。与其他主要的化学基因组筛选相比,在筛选中观察到的命中率相对较高。

Fig.2 Chemical genomics screening set-up for flowering.

在用抑制或激活荧光素酶的体外Fluc测定中,对两个初始苗头化合物(91003792和F1)以及空白DMSO进行分析。

#91003792结构式

如图3所示,来自DIVERSet-CL化合物库的化合物91003792对FLuc报告基因有直接的剂量抑制影响,而在初始开花时间筛选中具有最高荧光素酶诱导活性的化合物F1,则对Fluc活性没有影响。同时DMSO本身对荧光素酶活性没有影响。

Fig.3 In vitro screening for Luciferase-afecting compounds.

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