11世纪后期，拜占庭帝国和埃及法蒂玛王朝是共同对抗塞尔柱土耳其的同盟关系，长期以来，拜占庭控制安条克，埃及控制耶路撒冷和大马士革的近东格局很稳定，基督徒朝圣没有什么障碍，直到塞尔柱土耳其从埃及、拜占庭手中把上述城市全部夺走……

十字军达到以后，借由对拜占庭皇帝阿莱克修斯一世的效忠关系，与埃及也成了盟友，因此此时的十字军运动不是基督徒与穆斯林的对抗，而是公教徒、正教徒与什叶派一起打击逊尼派的联合行动。埃及鼓励甚至援助十字军围攻安条克，他们自己也在1098年8 月夺回了耶路撒冷。

鉴于此时绝大多数十字军根本没有留下来建国的想法，而是朝圣之后就回家，埃及人也不打算妨碍朝圣，至此完全可以和平收场，皆大欢喜。但同盟咋就突然破局了，提尔的威廉记载了事情的微妙发展：

（埃及人）态度完全变了。他们似乎在暗示，他们允许手无寸铁的朝圣者以两三百人为一组前往耶路撒冷，并在完成祈祷后安全返回，这是对基督徒的极大恩惠。基督教部队的领导人认为这是一种侮辱。他们让使者回去，并回答说军队不会同意按照提议的条件以小分队的形式前往耶路撒冷。相反，他们将作为一支联合的军队向耶路撒冷进军，如若不然，就要威胁他们主人的王国。

站在埃及人的角度，他们的要求很合理，既然圣城已经收复，基督徒来朝圣就应该服从主人的管理，耶路撒冷刚刚经历战争，一切百废待兴，无论如何都不可能有足够的资源来容纳、供养和照顾同时到来的数万名朝圣者，只能请大家分期分批的来。

然而对十字军来说，这一建议意味着许多人要等上几个月甚至几年才能完成朝圣。在流了那么多血汗，付出那么大代价之后，去耶路撒冷还要被穆斯林指手画脚是不可接受的。大家也没有那么多钱和资源在这里干等着耗下去了。

而且十字军与拜占庭之间的联盟也因为互相猜忌而解体，十字军将士们普遍认为阿莱克修斯皇帝小算盘打得啪啪响，只拿他们当枪使，没有给予他们足够的支持，还不停的撤后腿。十字军也就不再受拜占庭与埃及的联盟约束，听任耶路撒冷继续由穆斯林控制，或者把安条克归还拜占庭。十字军现在可以为自己而战，之前的任何联盟都无效了。

于是1099年初，在拿下安条克半年之后，十字军开始进军耶路撒冷。这个时间差也能说明这一行动大概一开始并不在计划内，是谈判破裂后的结果。事实上，耶路撒冷城也正在进行非军事化，其防御设施大多已被埃及拆除，这更加说明埃及以为他们与十字军有比较牢固的联盟。

可以想见，十字军对耶路撒冷的进攻和占领影响很坏，埃及和更广泛的伊斯兰世界从此形成了一种印象，十字军和西欧人（他们称之为法兰克人）不可理喻，反复无常，宗教对立氛围空前提高。虽然十字军东征后来演变成了宗教战争，但一开始并不一定就具有这个性质，包括教宗和拜占庭皇帝在内的许多领导人都有自己的想法和计划，大部分十字军想的是恢复西欧人的朝圣权利。但 1095 年至 1099 年发生的事件却导致了不同寻常和意想不到的发展。