学习生信分析的时候，做差异分析随便套用别人的代码，跑出的结果用到文章里，结果发现全是错的。😭 都已经最后一步了，真的很崩溃，建议基础知识还是得学扎实啊啊啊啊。😭😭 🎯我们在用R语言做差异分析的时候，常用的R包有3个: DESeq2、Limma、EdgeR 🧐从官方文档来看，这三个包都推荐使用counts 数值来做差异分析。尤其是DESeq2、EdgeR 只能使用counts 数值 。而 Limma包，除了使用 counts 以外，还可以使用TPM。 但如果你认真分析这三个包背后的统计学原理，其实你也能发现，Limma包的最佳选择还是 counts。 ✋因此大家要本着一个原则，就是能用 counts 数值的时候，一定要用 counts 数值，如果没有 counts数值，也可以用Limma包分析 TPM 数值。 其次，如果你分析的是芯片数据的话，就只能用Limma包来分析。另外，如果你的测序样本没有生物学重复的话，就只能用EdgeR。