挖掘公共数据库，探索选题新视角，勇攀Nature子刊高峰！ 大家好，小盟今天和大家学习Nature子刊的公共数据库挖掘+分析文章。文章数据公开或可申请，选题和分析出色，值得学习。 选题是关于上皮细胞向间质细胞转化（EMT）的中间状态分子特征。EMT是细胞从极性、紧密连接的上皮状态转变为分散、移动的间质状态的过程，与肿瘤进展和恶化有关。 通常研究将EMT视为二元状态，忽略中间变化，只看初始和末态，降低研究难度。但研究人员提出利用转录组数据准确评估肿瘤中EMT转化程度的方法。 1.研究了7180个上皮来源的肿瘤，并发现了三种不同的EMT状态，分别是上皮型、混合型E/M和间质型。 2.这些EMT状态不仅对肿瘤的预后和治疗有影响，而且混合型状态相对稳定，并且与增加的非整倍体性相关。 3.通过使用空间转录组学和单细胞数据集，他们还研究了肿瘤中EMT转化的空间异质性，以及这些细胞与肿瘤微环境中其他细胞的相互作用模式。 4.此外，研究还提供了一份基因组事件目录，这些事件对EMT转化的演化起到了不同的制约作用。 本文介绍了作者所倡导的“发展的思维”，即细胞过程是动态变化的，存在中间状态。作者提供了阐释这种中间状态的生信思路，包括空间转录组和单细胞转录组等方法。对于复杂研究，简单分为二元态也是可行的方法。建议深入学习的小伙伴精读原文献，以获取更详细的结果和方法描述。同时，作者也提供了免费思路评估、付费生信分析和方案设计等服务。