9月16日15时，中央气象台发布的台风“贝碧嘉”实时动态路径显示，台风“贝碧嘉”已过境上海，位于江苏省无锡市，并以每小时15至20公里的速度向西偏北方向移动，强度逐渐减弱。

随着台风风势、雨势减小，目前上海浦东、上海虹桥两大机场正逐步恢复通行。记者从中国东方航空了解到，自15时起，东航逐步恢复上海、浙江等地航班运行，有序安排进出港航班并适时增补运力。当天，东航计划在上海浦东国际机场执行进出港航班250余班，在上海虹桥国际机场执行进出港航班140余班，在宁波、杭州、温州等地执行进出港航班超120班。16日15时23分，东航MU787航班从上海浦东国际机场出港，飞赴罗马，成为东航当日首个上海地区出港航班。

16日下午，各航司在确定符合相关安全作业要求后，逐步解除飞机系留和客梯车等机坪特种车辆绑带，为靠机作业做好准备。

铁路方面，16日当天铁路上海站（下辖上海站、上海南站、上海虹桥站、上海松江站、上海西站、南翔北站、安亭西站、安亭北站、松江北站、金山北站）对途经京沪高铁、沪宁城际、沪宁沿江高铁等线路部分旅客列车，采取临时停运措施。

不过，长三角铁路对原计划停运的途经杭昌高铁、皖赣线、宁芜线、芜铜线等线路部分旅客列车，安排陆续恢复开行。

当天，长三角铁路预计发送旅客210万人次，较15日发送旅客逾355万人次大幅减少。其中，铁路上海站预计发送旅客8万人次。