1877年5月，穷途末路的阿古柏在库尔勒死去；左宗棠却并没有急于下达全面反攻的命令，这段时间里让刘锦棠做足准备，整训兵马与粮草！他料定阿古柏的叛军是秋后的蚂蚱，没几天蹦头了；就在这几个月里，阿古柏的两个儿子为了王位争了起来，次子海古拉更改遗诏，在将他的尸体从库尔勒运回喀什噶尔途中，遭到了哥哥伯克胡里的拦截海古拉让身为表哥的阿吉托拉证明，阿吉托拉吞吞吐吐的说起大王已经立海古拉为新王，愤怒的伯克胡里一口咬定，是他谋杀父王并篡位，双方武装起了冲突，海古拉被大哥一枪杀死，连阿古柏的棺材也滚下了荒漠!伯克胡里杀完海古拉便拿刀逼问哈吉托拉，随后又将后面一车的美女带去了喀什戈尔，很快宣布自己继承了哲德沙尔汗国的王位，并继续负隅顽抗；   不过因为阿古柏的死，其统治集团基本分崩离析，一些曾降服于阿古柏的地方势力纷纷选择倒戈；陷入了长达两个月的内讧当中，但这里由于各方面的原因，西征军在左宗棠的示意下并没有趁机进攻，而是等他们内部的瓦解。此时，英国继续交涉，条件是将南疆西部划成一个独立国家成为藩属国，英国这样的目的是保留了伯克胡里在喀什戈尔的“小朝廷”，以作为俄属中亚和英属印度之间的缓冲面对这种分裂新疆的阴谋，左宗棠给予了驳斥。他指出，这些地区从汉代开始就属于中华，是固有领土，下令前线清军待天气转凉后收复南疆；   刘锦棠依据南疆八城的地理和敌军分布情况，把进军南疆的部队分成两个梯队，以老湘营为第一梯队，专门“主战”，老湘营打完就赶下一场，以嵩武军张曜部为第二梯队，用于“且战且防”；嵩武军主要是保住打下来的城池；   1877年8月，进攻南疆的战役正式打响，休整过后的西征军一路向南疆挺进；伯克胡里几乎每一座开战前都到此督战，但自知无力抵抗后便节节一路向西败逃，留下残部阻挡西进，而刘锦棠每克复一城，都得到了当地各族百姓的支持与热烈欢迎，并给西征军找到了阿古柏叛军囤积的数十万斤粮食解决后勤补给之忧；加快了南疆的收复！