清朝晚期，清政府还能控制新疆的原因:

一、清朝在新疆基本政府化统治一百多年，有自己的基本盘。当地驻军、满汉移民、南疆大部分维族王公及北部部分蒙古牧民，都算清朝基本盘。清末新疆动乱的最初原因是清朝的统治腐败，导致很多群众无法忍受，群众起义之后许多分裂和宗教势力介入，成为分裂活动。

但是和所有起义一样，有起义者，就有保皇党。新疆同样有汉人士绅组织民团，收拢当地壮丁和满汉溃军，长期与分裂势力斗争；南疆维族王公同样大都利益和清廷捆绑，在这个过程中也反对分裂。所以包括左宗棠收复之前新疆丢失的十几年里，其实一直有大量维护统一势力。特别是徐学功等关外三杰为代表的民团，态度最为坚决。南疆哈密王一门忠烈夫妻父子前仆后继战斗，也坚决要跟清廷走。都说明清朝在新疆经营百年后，自身还是有稳定基本盘的。

二、清朝一直在新疆的战斗力还可以维持，地利也保证底线。同样哪怕在最难的时候，清廷依然占据这哈密和巴里坤。这两个地方占据，就有了进入新疆的门户，以及自给自足的粮食基地。

当时最难的时候，是新疆大部分丢失，陕甘又因为回乱同样中央军无法经过，所以哈密、巴里坤这里清军成为孤军。这种情况下，伊勒屯、何琯等人率领的清军依然能坚持守住这两地。这也为后来左宗棠的反攻提供了基地。

同样，整个新疆内部，民团武装和分裂武装一直是拉锯状态的，特别是景廉入疆整合民团和清军后，甚至在左宗棠入疆前就收复了乌鲁木齐。另外，清朝对新疆还有一个优势，就是当时外蒙在清朝手里，所以可以通过科布多支援新疆。当时北疆的抵抗运动，与科布多的清军支援是有一定关系的（可见外蒙的战略地位是很重要的）。

三、清朝在新疆问题上利用国际形势还是不错的。左宗棠后来收复新疆，关键就是抓住了沙俄正要和奥斯曼斗的时候，让外部无力管阿古柏。同时又快速解决，不给英国可能介入的机会。

虽然清朝后期一直想以夷制夷，但大都玩砸，倒是新疆问题上做的还可以。当然有个客观原因是，新疆问题中，最会搅的英国相对势力有限，只要快速解决一般反应不及；而俄国更擅长趁火打劫，只要自己平叛做的好，俄国反倒很难出手了。

四、新疆维持住，外蒙没有维持住，和清朝关系不大，纯粹是民国之后，北洋的统治水平非常低下，而新疆本地军阀的水平相对可以，所以导致不同结果。

清朝对外蒙的经营时间更长，外蒙基本盘更多。当时与准格尔战斗获得新疆过程中，外蒙王公很多是出大力了。清末蒙古的离心活动，是远少于疆藏的。真正问题是，清朝灭亡后，北洋的一系列行为恰恰让外蒙离心力严重提高。

五、其实当时沙俄对外蒙也只是蚕食策略，真正想要窃取的主要是唐努乌梁海地区，并没有全吞外蒙的打算。所以外蒙本来最坏结果也就是唐努乌梁海地区丢失，其余还在。

但北洋特别是徐树铮的一系列操作，直接导致外蒙掌权的王公僧侣都坚决独立，北洋并不能保证驻军，又把当地原来的基本盘逼反。所以外蒙自己内部对独立非常坚持。最终外蒙独立，苏联捡了便宜，获得远大于预期的利益。

六、新疆如果民国后也这么操作的话，下场同样好不了。其实新疆军阀在很长时间里，也是高度自治。只不过相对来说，新疆军阀水平略高，且自身的军阀身份，导致更需要骑墙。新疆就这么存在与中国了，等到后来解放稳固了。