1941年6月22日，装甲迈尔到了东线，参与了巴巴罗萨行动。10月8日，他的侦察营在马里乌波尔进行了血战，最后经过努力，他占领了该城市，保住了该城的工业设施，还俘虏了一整个苏军师。10月底因重病他回到了德国进行了4个月的治疗和修养。1942年1月他又重反东线继续指挥部队作战。2月8日，他又被授予金质德意志十字勋章。 由于在41-42年的东线战役中，警卫旗队几乎耗尽了全部的实力，所以他们与党卫军第二和党卫军第三一起在1942年夏季被调回法国进行休整和重组。7月15日，警卫旗队由旅升级为党卫军第一“阿道夫希特勒党卫队警卫旗队”装甲掷弹兵师，装甲迈尔的侦察营也被重组为党卫队第一侦察营。1943年2月21日，装甲迈尔又参加了“第三次哈尔科夫战役”。因全歼苏军第6步兵师的出色行动，装甲迈尔在2月23日飞回柏林，由小胡子亲手将骑士十字勋章上的橡叶饰授予他，使其成为第195位被授予骑士十字勋章橡叶饰的人。在这之后他又经过了一系列的苦战，后被调到刚刚组建的“希特勒青年”师，成为“希特勒青年”师第25装甲掷弹兵团的团长。1943年6月21日，装甲迈尔晋升为党卫军上校，7月末至8月底他又率部前往文斯多夫的陆军装甲兵学校进行了为期一个月的装甲战和车载步兵协同作战的培训。