1.上海圣约翰大学（1879-1952） 1879年，美国圣公会在上海创办圣约翰书院 1905年，圣约翰大学 1952年，撤销建制。并入复旦大学 2.岭南大学（1888-1952） 1888年，美国基督教长老会在广东广州创办格致书院 1904年，岭南学院，1952年，撤销建制。 1967年，广州岭南大学校友在香港筹办岭南学院 1996年，岭南学院改名香港岭南大学 3.东吴大学（1900-1952） 1900年，美国基督教监理会在苏州创办东吴大学 1952年，撤销建制。 1954年，东吴大学在中国台湾复校 4.震旦大学（1903-1952） 1903年，神父马相伯在上海创办震旦学院icon 1928年，震旦大学 1952年，撤销建制。并入交通大学、复旦大学、等校。原址发展为上海交通大学 5.齐鲁大学（1904-1952） 1904年，美、英、加基督教教会在山东济南创办齐鲁大学，1952年，撤销建制。 6.华西协合大学（1905-1952） 1905年，基督教各差会在成都创办华西协合大学 1952年，撤销建制。各系科并入四川大学 7.沪江大学（1906-1952） 1906年，美国浸礼会在上海创办浸信神学院 1914年，沪江大学 1952年，撤销建制。各系科并入复旦大学、华东师范大学。 8.雅礼大学（1906-1926） 1906年，美国耶鲁大学雅礼会在湖南长沙创办雅礼学校，1914年，雅礼大学 1926年，撤销建制。整体并入武昌华中大学。原校址发展为中南大学湘雅医学院 9.金陵大学（1910-1952） 1952年，撤销建制。整体并入南京大学 10.之江大学（1914-1952） 1914年，美国长老会在浙江杭州创办之江大学 1952年，撤销建制。各系科并入浙江师范学院、浙江大学. 11.福建协和大学（1915-1951） 后发展为福建师范大学 12.燕京大学（1916-1952） 1916年，美、英基督教联合会在北京创办燕京大学，首任校长司徒雷登 1952年，撤销建制。原校址发展为北京大学 13.辅仁大学（1925-1952） 1925年，天主教神父英敛之在北京创办北京公教大学辅仁社， 1949年，国立辅仁大学， 1952年，撤销建制 1960年，辅仁大学在中国台湾复校