顺治帝患上了天花，卧病在床。太医们用尽了办法，但是由于顺治帝身体过于虚弱，病情不但没有减轻，反而越来越恶化。此时一个棘手的问题摆在面前：确定皇位继承人。正月初六晚，顺治帝感觉自己快不行了，把学士麻勒吉和王熙召到养心殿病榻前，撰拟遗诏。二人根据顺治帝口述起草。为了不影响顺治帝休息，二人退至乾清门下西围屏内，写好一段，进呈一段给孝庄太后审查修改。 顺治帝考虑到统一全国的军事行动正在进行，而自己的儿子们年幼，所以想在从兄弟中选一个做继承人。但是他的这一想法遭到上三旗大臣的强烈反对。在清朝政权开创之初，依靠八旗统治全国。在八旗中，镶黄、正黄、正白三旗由皇帝亲自统率，称为上三旗；其他镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝五旗称为下五旗，由宗室旗主掌握。如果宗室亲王继位为帝，那么上三旗的地位将下降，新帝所领之旗的地位必定上升。 对于顺治帝的提议孝庄太后也坚决反对，她的孙子们虽然不是母族嫔妃所生，但是也是她的嫡亲骨肉，比起宗室亲王，毕竟更近一层。如果宗室亲王成为皇帝，他们就要看人家脸色。所以她和大臣们坚决主张，要从顺治帝的儿子们中选择继承人。 顺治帝现在存活的儿子有六人：九岁的皇二子福全、八岁的皇三子玄烨、五岁的皇五子常宁、三岁的皇六子奇授、二岁的黄七子隆禧和皇八子永士。其中皇二子福全母亲出身于满族，但是他有一只眼睛失明，而皇帝身体应该健全，很明显福全不适合继承帝位；皇三子玄烨身体健全，但母亲是汉军旗出身；其他几个孩子年龄更小。究竟让谁继承帝位，孝庄太后和大臣们都拿不定主意。顺治帝派人去征询受自己尊敬的德国传教士、现任钦天监监正的汤若望的意见。汤若望认为玄烨虽然比福全小一岁，但是出过天花，已经有了免疫力，最适合当皇帝。顺治帝鉴于自己的病症，也觉得汤若望说得有道理，而且孝庄太后对玄烨也非常喜爱，所以最终决定由玄烨继承帝位。 正月初七，顺治帝驾崩于养心殿。初九，玄烨即位，就是康熙帝，成为清朝入关后第二位皇帝。 为了进一步削弱诸王贝勒的权力，避免宗室再出现多尔衮那样的摄政王专权，顺治改变了由宗室辅佐幼主的传统，遗命大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四位重臣辅佐年幼的康熙。孝庄太后不仅制衡各位辅政大臣，而且倾尽全力培养调教康熙帝，培养他的治国才能。 顺治帝从国家发展的角度考虑皇位继承人是没错，但是他忽略了一旦皇位旁落的带来的不利因素。所以在有直系继承人的前提下，宁可主少国疑，也要让自己的儿子即位。汤若望公正地给出了意见，才有了玄烨荣登大宝的机会。顺治考虑到了宗室结党专权的弊端，却没料到权臣专权的危害。而四位辅政大臣后来的失衡，给年少的康熙帝制造了不少的麻烦。