年少的康熙帝智除鳌拜后，又有个棘手的问题摆在他面前，那就是三藩问题。三藩是：平西王吴三桂掌管云南和贵州，平南王尚可喜掌管广东，靖南王耿仲明已死，儿子耿继茂接班掌管福建。这三藩掌握了当地的人事权、军权、财政权及地方上的各种权力，拥有军队，各霸一方，搜罗财货，富甲天下，生活奢侈糜烂。 吴三桂听经略洪承畴的意见，不断在边防挑事，引起朝廷对边防的重视。此外，他还操纵地方官员的任免，吏部、兵部派往云南的官员，只要不合心意，必须撤换。康熙帝亲政后，就一直把解决三藩问题当头等大事。为了牵制三藩的权力，康熙帝就委派官员出任云南、贵州、广东、福建等地的总督、巡抚。这样，康熙把三藩的部分行政、军政大权收归中央。 另一方面，康熙帝竭力做出信赖三藩的样子，来笼络他们。早在顺治年间，吴三桂就把长子吴应熊、尚可喜把三子尚之隆、耿继茂把二子耿昭忠和三子耿继忠送进京城入侍，实际上就是当人质。但是朝廷却给他们优厚的待遇。不仅招他们为驸马，而且还让他们担任要职。 尽管朝廷逐步削弱三藩的权力，三藩也在不损害自己利益的前提下做出让步，但是没涉及核心问题——军权。 平南王尚可喜为了传位给长子尚之信，上书皇帝，想回辽东养老。康熙帝正想解决三藩问题呢，就同意了他的请求并撤了他的藩位。尚可喜回辽东养老和康熙帝撤藩的决定迅速在朝廷内外传开，吴三桂和耿精忠得到这个消息，惶惶不可终日。因为他们可没有尚可喜那样功成身退的想法。然而，已经撤了一藩，康熙帝是不会允许另外两藩存在的。但是一旦清廷下令撤藩，自己就陷入被动，自请撤藩又不情愿。耿精忠抱着走一步看一步的想法也给康熙帝上书要求撤藩。吴三桂无奈，他明白不可能只留一藩，也上疏撤藩。康熙帝马上同意，迅速妥善安排大臣换取三藩手中的兵权。 吴三桂本来觉得自请撤藩，让皇帝相信自己并无异心，好实现自己永远镇守云贵，世袭藩封。没料到康熙帝不留情面，不仅没有挽留，反而下令全撤，自己几十年征战换来的荣华富贵将化为乌有，伤心、失望、气恼的情绪挥之不去。吴三桂的部下和侄子、女婿纷纷鼓动他起兵对抗朝廷，于是吴三桂于1673年率先起兵反叛。 康熙帝没有动摇撤藩的决心，调兵遣将，沉着应对。靖南王耿精忠于1674年三月，也起兵反叛清廷。1676年，尚可喜之子尚之信也响应吴三桂。康熙帝把矛头主要指向吴三桂，而对于耿精忠和尚之信采取征剿与招抚并用的策略，以孤立吴三桂。 吴三桂还多次煽动西北的将领响应他。因为镇守平凉的陕西提督王辅臣和镇守甘肃的提督张勇都是吴三桂的旧部。开始他们坚决拒绝吴三桂的鼓动，但是康熙帝命刑部尚书莫洛去接替王辅臣的职位，想将他调离平凉。王辅臣明白康熙帝对自己不信任，就杀掉莫洛，举起了叛旗。康熙帝一面招抚，一面派兵西北。而王辅臣叛乱后一直驻守平凉，没有南下与吴三桂会合。虽然大批清军围攻平凉，但都不是王辅臣的对手，屡次战败。 1676年，康熙委派都统兼大学士图海去平凉剿灭王辅臣。图海先采取困而不攻、围而不战的策略，攻心为上，劝其投降。后来图海率兵攻破了平凉的咽喉虎山墩后，派幕僚周昌进城劝降，王辅臣终于决定投降。康熙帝大喜，对王辅臣宽大处理，不仅官复原职，还加封太子太保，命其戴罪立功。 王辅臣接受招降，其他叛军就迎刃而解。但是吴三桂率十万大军屯聚长沙，清军久攻不下，粮草缺乏。康熙帝觉得岳州和长沙势如两足，攻下一方，另一方必然不能独立。于是调集大军攻打岳州。 吴三桂损兵折将，士兵渐渐变心，战斗力越来越弱。1678年八月十七，吴三桂在惶惶不安中病逝。属下秘不发丧，撤军退回衡州，并将吴三桂尸体运回云南，拥立吴世藩在云南继位。 康熙帝抓住吴三桂去世的机会令各路大军分路围剿。1681年十月，昆明城破，吴世藩自杀，部下投降。自此，年轻的康熙帝历时八年，终于平定三藩之乱，又把收复台湾提上了日程。