肝-肠轴：

肠道菌群会形成大量的生物活性物质，包括脂多糖（LPS，内毒素）、短链脂肪酸（SCFAs）、次级胆汁酸、色氨酸代谢物、氨和硫化氢等。它们通过作用于特定的受体直接干扰代谢途径来调节代谢以及免疫、神经和内分泌系统，从而对机体产生多方面的影响。肝脏是第一个接触到富含这些肠道代谢物的血液的器官，这也是生物活性物质发挥其作用的主要特点之一，这个概念被称为肠-肝轴。例如，肝硬化时肠道菌群中有害变形杆菌的丰度增加，梭状芽孢杆菌类有益菌群的丰度降低，肠道屏障减弱，容易导致细菌易位和内毒素血症，从而刺激全身炎症和引发高动力性循环。高动力性循环会加重门静脉高压症的病程。这些相对隐匿的肠-肝轴的变化可以在慢性肝病的肝硬化前期被发现。