北京协和医学院，国家卫健委直属的唯一医科全国重点大学，是中国医学科学学术中心与综合性科研机构，有“中国医学殿堂”的美誉。它和清华有合作，临床医学专业纳入清华招生，这就导致很多人疑惑它是不是985/211。

像北大、浙大、上交等985名校都有自己实力较强的医学院，可很少听说清华的医学院，学科评估里也不见其医学身影。其实，21世纪初，在卫生部、教育部支持下，原中国协和医科大学和原清华医学院整合，2007年协和医科大学更名。最初合作办学用“北京协和医学院—清华大学医学部”这一名称，现在淡化了。

清华仍有自己的医学院。双方合作体现在教学、学科建设、招生、学位这四方面。协和是研究型高校，研究生招生为主，本科招生少，仅临床医学（八年制）和护理学专业。临床医学专业学生毕业证和学位证能体现985，但协和仍是独立法人单位，从隶属关系看不是985/211。