清朝通过盟旗制度是真正意义上的实控了蒙古。在此之前，除元朝外，几乎所有大一统王朝对于草原的管理，就是赐予其首领一个封号，在名义上服从即可，朝廷并没有进行直接统治和管理。清朝通过盟旗制度，将漠南分为四十九个旗，漠北分为五十九个旗，各旗之间严格划定边界，严禁越界放牧，违者严惩不贷。划分旗界就是有意打破蒙古原本的组织形式，以起到分化蒙古，实行有效控制的目的。清朝在漠北、漠南、漠西蒙古分别设置了乌里雅苏台将军、科布多参赞大臣、库伦办事大臣、绥远城驻防将军、呼伦贝尔副都统、伊犁将军，并进行驻军对其直接进行管理，清朝对蒙古拥有完全的主权和统治权。