印尼总统普拉博沃两周前访问中国时，与中方发表联合声明同意在南海共同开发两国重叠海域，在印尼国内引发各界正反两极讨论，担忧会伤害印尼主权。虽然印尼外交部随即表示，协议不代表承认中国在南海的主权主张，且强调此举是为了促进友好关系且不会损害印尼主权或权益，但风波仍持续延烧。

印尼外交部亚太和非洲事务司长卡迪尔表示，“该协议文件概述双方将建立一个政府间的委员会以探讨合作模式，这代表将确定合作的地理范围等细节”。但他未提供明确时间表。卡迪尔称中方的主张“违反”联合国海洋法公约，但与中方进行共同开发合作是基于2002年签署的“南海共同行为宣言”精神，此协议支持在没有边界协议下进行合作。他解释说：“总统曾在不同场合提出，这类合作可作为友好和谐关系的典范，使南海成为和平、稳定和繁荣的海域”。

不过，印尼国际法专家认为官方解释的理由只会制造更多问题。印尼加札马达大学专门研究海洋边界的研究员安迪说，承认与中国有重叠海域可能会削弱印尼作为区域领导者和调解者的声誉。

还有学者呼吁印尼政府删除协议中“重叠主张”一词。印尼智库“海洋司法倡议组织”海上安全项目总监安德烈亚斯说：“现在是推动删除‘重叠主张’一词的最佳时机，因为其目前是在不具有约束力文件中的一部分。”

图为中国海警5402舰在南海西南海域印尼所称“重叠海域”巡航。