《清明上河图密码》中有三股黑暗势力，一是隐藏在幕后的邹勉，他借用水匪铲除异己，指使下属制造祥瑞，蒙蔽讨好官家，暗地里大肆敛财；二是邹勉的政治对手，他对邹勉的行动了如指掌，处处设法破坏打压，梅船案、猫妖案都是他的杰作，最阴险也最神秘；第三是水匪，他们生活在黑暗里，没有原则手段残忍，是邹勉和对手兴风作浪的工具，谁给骗财给谁办事。 与之对应的正派，是以顾震和赵不尤为代表的中间力量，他们或为了朴素的恩仇道义，或为了简单的生活愿望，不管是寻求公理大义还是护妻保家，都是代表最广大的、最普通人的生存状态，都是在社会秩序颠倒下的无奈之举，也是一种反抗和革命。
