在16、17 世纪甚至更晚的时期，欧洲的新教和天主教都普遍认为镇压异端和不忠者是一种现实政治需要：使用火刑等现在被认为是令人憎恶的司法酷刑，在当时的刑事诉讼中都是正常的：它们既不是西班牙宗教裁判所发明的，也没有被其进一步发展。西班牙人异常狂热、恶毒和残忍的“黑色传奇”是没有什么证据支持的。（参见 ）

现代西班牙自由派历史学家萨尔瓦多·德·马达里亚加在其《西班牙美洲史》中对宗教裁判所与当时其他宗教迫害者进行了一些有趣的比较。他指出，被宗教裁判所判处死刑的人与被指控的人相比，比例约为 1%。在美洲殖民地（人口相当于英格兰和西班牙人口的总和）三百年的历史中，根据统计，死于宗教裁判所判决的人数 “接近 60 人，连100都没有”。而都铎王朝统治时期英国宗教迫害（对象是天主教徒和非国教派新教徒）的受害者至少在500名以上。

此外，斯图亚特王朝时期巫术审判中，平均死亡人数占起诉人数的 19%，而在詹姆斯一世统治的前四年，平均死亡人数占起诉人数的 41%。而根据估计，西属美洲1542 年至1738年间因所谓的巫术罪而被处决的人不到一千——这意味着英格兰在这一时期因巫术而被绞死的人数是西印度因异端邪说而被烧死的人数的30到50倍。在苏格兰和新英格兰，焚烧女巫要狂热得多；与宗教裁判所的谨慎程序相比，他们所采用的司法方法简直是滑稽可笑。在这两个国家，酷刑都被用作调查的主要手段。同样，在瑞典、法国和德国，从15世纪开始（即文艺复兴和宗教改革时期），对女巫的迫害比中世纪更加猖獗：在德国，被屠杀的受害者在数万人以上。而西班牙宗教裁判所对于巫术，极少处以死刑，"似乎将其视为一种以嘲笑的方式处理的罪行”，在民间巫术实践实际上很猖獗的西印度，对巫术的起诉很少，也根本没有执行过死刑。（西班牙的巫术审判情况具体见 ）

著名的信仰行动（Auto Da Fe）通常与烧死异教徒和异端联系在一起，然而，正如历史学家特雷弗·戴维斯所指出的，这两件事实际上是完全不同的。信仰行动是宗教裁判所的公审仪式，其精心设计的场景以戏剧化的方式表现审判日，并向大众灌输异端邪说的谬误。火刑（如果有的话）由世俗当局的公开处决，根本不是信仰行动的一部分。在西班牙宗教裁判所诞生后的前半个世纪，其主要对象是打击国内的“第五纵队”，这一威胁并非空穴来风，如裁判官佩德罗·德·阿尔布埃斯在1485年被皈依的犹太人暗杀这样的事件会深刻刺激西班牙人和当局的神经。落入宗教裁判所之手的（假意改宗）犹太人和回教徒的人数无法准确估计，以往关于托尔克马达神父手下的受害者人数有上万人这个数字，现在没有任何一位严肃的历史学家会认真对待，现代学者的估计可能不足3000人。

这些并不是为了给近代西班牙天主教国王们的强权政治开脱，西班牙教会通过与王室的紧密和依附性联盟，作为帮凶也确实参与了这些暴行。然而这一切被西班牙的敌人和仇恨天主教信仰的人的宣传歪曲得不成比例也的确是事实，西班牙人谈不上宽容，但作为污点，他们远不能与同时代的一些欧洲邻国的所作所为相提并论——例如，英国伊丽莎白政府在爱尔兰对天主教徒进行的迫害，其凶残程度甚至在 16 世纪也是出类拔萃的。

16世纪，当新教在西班牙初露端倪时，西班牙当局自然而然地动用了宗教裁判所这一机构：因为与这一时期基督教世界几乎所有其他国家的统治者一样，西班牙的君主也持有这样的观点：宗教异见是对社会团结与和平的威胁，涉及对合法权威的反抗。鉴于法国和尼德兰宗教战争的可怕例子，尤其是加尔文宗表现出的暴力革命倾向，西班牙对此的恐惧尤为强烈。皇帝查理五世和国王菲利佩二世担心的危险是，异端可能会与贵族中的反对派运动联系在一起，或者会与穆斯林“地下组织”和奥斯曼土耳其人联手。

1550年，西班牙南部的塞维利亚宗教裁判所处理了第一个西班牙本土的新教嫌犯。一位颇有名望的教士，名叫埃吉迪乌斯博士，曾是皇帝的宠臣。对他的判决很轻：公开悔罪，监禁一年，再停职一年。1557年，在同一城市发现了一个新教徒的秘密组织，起因是他们在传播一本名为《敌基督像》（IMAGEN DE ANTICHRISTO）的异端小册子时出现了差错。这本小册子展示了对天主教的强烈憎恨，这是新教普遍的宣传特色。它的封面图案是教宗跪在撒旦面前。有一百多人被捕，主要是神职人员、僧侣和修女，其中有 16人后来被烧死，因为他们都在悔罪后翻供。1562 年，又有33人被判处各种刑罚，其中9人死刑。不过，由于他们在行刑前宣布归正，他们不必被活活烧死，而是先勒死后被焚尸。

在西班牙北方，巴利亚多利德是新教的宣传中心：早期的新教拥护者中有为查理五世服务的另一位神职人员奥古斯丁·德·卡扎拉博士，他曾随皇帝在德国旅行。1558 年，以他为首的一群70余人的路德派新教徒团体一起被发现。第二年，由摄政公主胡安娜、阿斯图里亚斯亲王唐·卡洛斯等王室成员，以及菲利佩国王亲自出席的两次信仰行动中，大部分人都在忏悔后被宽恕，卡扎拉博士及其兄弟和妹妹等14人被勒死后焚尸，只有安东尼奥·埃雷苏埃洛一人因拒不忏悔死于火刑。九年后，被宽恕了的埃雷苏埃洛的遗孀莱昂诺尔·德·西斯内罗斯，因后悔自己对丈夫和新教信仰的背叛，故意作为复发的异端被逮捕，审判并活活烧死。

这位不幸的女士死后，西班牙本土新教的最后一点火花也随之熄灭。此后，落入宗教裁判所之手的新教徒似乎只有零星的外国人，大多是商人。从1550年起的二十年间，西班牙宗教裁判所的努力从功利主义角度而言是非常有效的，以寥寥数十人的牺牲，让西班牙本土避免陷入一场如同时代法国、德国或尼德兰的残酷宗教战争。