在连续三次无故缺席的传唤后，负责调查“12·3”紧急戒严一案的公调处在12月30日向法院申请了逮捕令，而法院也在次日批准了这份逮捕令。据韩媒报道，在这张韩国历史上第一次对现任总统签发的逮捕令上，清楚地写明了尹锡悦的罪名——“内乱头目”，这也相当于给“12·3”案件定了性，并不是尹锡悦所说的戒严，而是不折不扣的内乱。
1月3日早上6时左右，韩国公调处突然在毫无预兆的情况下直扑位于首尔汉南洞的尹锡悦官邸企图逮捕尹锡悦。但是却遭到了在官邸执行保卫任务的韩国第55警卫团的顽强抵抗，这一卫戍部队并不属于军方管辖，而是直接隶属于总统警卫处，可以说是尹锡悦最心腹的“御林军”。
据韩媒报道，双方在总统官邸展开对峙，调查人员冲入了官邸的大门并且突破了两道封锁线，但是始终未能进入尹锡悦所在的建筑物内，而且在这一过程中双方发生了肢体冲突，不过目前并没有人员受伤的报告。
随后不断有尹锡悦的支持者赶来，他们大呼“保护尹锡悦、逮捕李在明”等口号与调查人员对峙，至少有3000名防暴警察在现场随时待命，防止出现大规模的骚乱现象。
在对峙了近5个小时之后，调查人员在韩国当地时间13时30分宣布因为无法继续执行逮捕令，暂停对尹锡悦的逮捕行为，随即撤出了总统官邸。不过这份逮捕令的有效期是截止至1月6日，公调处会不会在最后期限之前卷土重来仍然是未知数。
