雍正在位期间，对东南海疆强化了内部的治理，尤其重视对台湾岛的治理和开发。雍正的治理对台湾的开发与发展做出了巨大的贡献。 康熙时统一台湾，设一府三县及兵备道、巡台御史等关职进行管辖，隶属福建省；另设总兵、水师副将、陆路参将、游击、备等分兵防守。雍正即位初，正是台湾朱一贵大起义刚被镇压下去之时，所以，他很重视台湾的内外防务，升台湾镇总兵为挂印总兵，添设城守左右两营，改北路营为三营，防地和兵员各有调整增设，使得台湾驻军达到一万余人。在文职官员方面，又增设彰化知县、海防通判及巡检若干，完善了行政建制。与此同时，雍正汲取康熙时任人不当而激起民变的教训，特别注意驻台官员的选用与奖惩，时时加以赏赐，多方加以笼络。特别应当注意的是，雍正一改康熙时“为防台而治台”的政策，而放宽内地人民移台的禁令，且首次准许台湾民众搬移家眷前往大陆，这样既解决了海峡两岸家分两地而不得团聚的问题，又改变了台湾有史以来地旷人稀、男多女少等状况。另外，岛内骤增数十万劳动大军，使得土地得到全面性开垦，所产稻米不但可满足岛内之用，还被源源不断地运往大陆，大陆的货物也大量涌入台湾。有人说，雍正采取的这一系列开发台湾的得力措施，为日后清王朝治理台湾奠定了基础。可以说，雍正时代对台湾的开发和利用，大大增强了东南沿海的防务能力，是雍正治理东南海疆的突出新政。