1928年7月，蒋介石的第1集团军率先进行缩编，取消了军团与军的番号，整编为13个师，共25万人。顾祝同的第9军被编为第2师，顾军长变成了顾师长。 然而，缩编裁兵的实施，遭到地方军阀的消极对抗。谈判桌上摆不平的，必将付诸武力。1929年1月编遣会议不久，桂系便公开采取了对抗行动。当时桂系控制的地盘以两湖为中心，以两广为依托，触角已延伸到华北。 桂系李宗仁、白崇禧控制的第4集团军总部设于武汉，湖南省主席鲁涤平却是听命于南京国民政府的亲蒋派。2月19日，李宗仁以“武汉军分会”主席的名义，越权将鲁涤平免职，改任何键为湖南省主席，同时派两师兵力由武汉进入长沙，将鲁涤平赶往江西，控制了湖南省。这就是震动一时的“湘案”。 “湘案”的发生，成为蒋桂战争的导火索。南京国民政府一面命令监察院调查“核办”，一面军政双管齐下，秘密策反桂系将领，同时调兵遣将，部署军事讨伐桂系。 3月27日，蒋介石一声令下，三路大军进攻武汉。顾祝同率第2师由蚌埠出发，沿皖西、鄂东向武汉前进，在太湖、潜山一带停留。其间，顾祝同不无忧虑地对左右说：“我们要兢兢业业，白崇禧的部队可不好对付。” 白崇禧是桂系中最能打的，向来能征善战，素有“小诸葛”之称。尽管白崇禧并不在武汉，但桂系起家的有“钢军”之称的第7军驻守武汉，令顾祝同不敢不防。顾祝同小心部署，谨慎作战，直到部队到达湖北新洲、黄陂之间，突然有下属来报：“桂军师长李明瑞、杨腾辉，已阵前倒戈！” “倒戈？会有这种事？”喜讯来得太突然，而且似乎毫无理由，以致顾祝同无法相信这是真的。当时他没有想到，桂系将领的战场倒戈，是蒋介石策划瓦解的结果。当他最终相信这一事实后，顿时大喜过望，立刻问：“胡宗铎、陶钧呢？” 手下报告：“已向沙市、宜昌撤逃。” 顾祝同大喜过望：“好，立即下令，全速前进！” 此时，桂军因李明瑞在孝感倒戈，很快陷入被动，只好放弃武汉，分头撤退。蒋军进入武汉后，继续追击。时逢川军刘湘响应蒋军，由西向东夹击桂军，桂军军长胡宗铎、陶钧被迫通电下野，残部全部投降，桂系集团军主力几乎丧失殆尽。进入武汉后，顾祝同的“死对头”刘峙升任第1军军长兼武汉绥靖主任，第2师划归刘峙统辖，顾祝同心中十分窝火。 年底，唐生智联合石友三等举兵反蒋。12月2日深夜，倒戈将军石友三调集数十门大炮，隔江炮轰南京。蒋介石急电武汉，命令第2师前往南京。顾祝同率部火速赶往南京，参加讨伐唐生智、石友三的战争。 1930年1月，石友三重回蒋介石帐下，唐生智通电下野，顾祝同因功得以让他的第2师脱离第1军建制。随后，顾祝同又率第2师参加中原大战，战后被蒋介石提升为第16路军总指挥，不久后又升任陆海空军总司令部洛阳行营主任，掌管军事大权。 紧接着，顾祝同又兼任江苏省主席。不过，顾祝同并未高兴太久，他的儿女亲家兼老部下赵启录卖官丑闻曝光后，舆论为之大哗，矛头赫然指向顾祝同，顾祝同只好将赵启录撤职查办。可事情没有就此完结，不少要员进而要求，不能只拍苍蝇不打老虎，顾祝同也应受到惩罚。在舆论压力之下，蒋介石将顾祝同召到南京官邸，责问一番，决定撤销其江苏省主席一职。 蒋介石毕竟视顾祝同为亲信，在将他免职的同时，立刻令他赴抚州就任“湘鄂赣粤闽五省北路军总司令”，也算是让他体面下台。到达抚州后，顾祝同发现自己其实没有什么事情可做，他的北路军以陈诚的第18军为主力，而陈诚当时势头正猛，遇事总是越级直接向蒋介石请示， 蒋介石也时常直接指挥陈诚和其他各军，直接掌握军事部署，弄得顾祝同这个总司令形同虚设。闲极无聊，顾祝同就整日和赵启录等高级幕僚打牌聊天，打发时光。 顾祝同心里虽有抱怨，但从不流露，对蒋介石所有安排始终恭谨从命，百依百顺，毫无怨言。正因为如此，蒋介石始终将顾祝同纳入心腹之列。 自从东征陈炯明起，顾祝同就在何应钦麾下任职，与刘峙、钱大钧、蒋鼎文并称何氏门下“四大金刚”。何应钦乃蒋介石一手提携的心腹将领，但通过两次东征和北伐，何应钦在黄埔军中声望日隆，一向低调做人的他，也有了些居功自傲的心态。 1927年8月，在桂系倒蒋时，何应钦为掌握黄埔军权，与桂系一唱一和，对蒋介石实施逼宫，致使蒋介石下野。 蒋介石复职后，首先“入壁夺符”，悄然赶赴徐州，进入第1路军总指挥部，下令免去何应钦第1路军总指挥之职，改任总司令部参谋长，并将何应钦在南京住宅的卫队全部撤走。何应钦受此打击，不得不对蒋介石俯首帖耳，变得小心谨慎起来。由于两人之间互有所倚，表面上仍然合作密切。 后来，蒋介石委任何应钦为“编遣筹备委员会”主任委员和“训练总监部”总监等职务。蒋、何的同床异梦，让顾祝同左右为难，一方面他不能有悖于何应钦这位老上司；但另一方面，他看出何应钦不具备取代蒋介石的实力，自然更加不能得罪蒋介石，因而行事处处小心。靠着所谓的“忠心耿耿”，顾祝同深为蒋介石所信任。