1945年10月初，卢汉在河内接到了龙云被杜聿明搞突袭，被困五华山的消息，他尽管手握重兵前往越南接受日军投降，但是他名义上指挥的第一方面军，一半以上都不是滇军，同时何应钦以陆军总司令的名义坐镇河内。因此，卢汉只能无奈地对外表示：“我知道了，现在何敬公（何应钦）就在总部，我们一切听候命令办理。” 卢汉与龙云关系密切，他俩是至亲，也是讲武堂同学，又是多年来的长官与部属。素来感情融洽，具有“风雨同舟、荣辱与共、相依为官、生死同道”的情谊。龙云被强迫辞去云南省主席前往重庆后，卢汉深感唇亡齿寒。 龙云去职务后，卢汉被任命为云南省府主席兼保安司令部司令之职，看起大权在握，但在云南省警备总司令部严密控制之下，卢汉只有指挥省府警卫营之权，四个保安总队完全在警备总司令部控制之下，地方行政事务也常受警备总部的干扰。 到1948年底，卢汉忍无可忍，采取以退为进的策略，亲自到南京陈述自己的苦衷，他当面向蒋介石陈说：“手中无兵权，无法维持地方治安，云南警备总部所属人员时常干扰地方政务，有时不通知省府，肆意拘捕地方官绅，给省府增加困难，我不得不向提出辞职要求。” 蒋介石权衡当时情势，为了保住云南这块后方基地，只得采取抚慰卢汉，当面准许将云南警备总司令部撤销，将四个保安总队拨归云南保安司令部管辖，并且允许在云南成立绥靖公署，以卢汉为绥靖公署主任兼云南省府主席，有权指挥监督在云南的所有军事机关和部队。此外，蒋介石还派陆军参谋长萧毅肃和军务局长俞济时来滇协助筹组云南绥靖公署。 萧毅肃到云南后，经过一番所谓的调查后，向卢汉建议，以邱开基为绥靖公署副主任。卢汉不同意，说：“马锳原任云南省警备总部副主任，并且他在云南军政界威望较高，应以马锳为绥靖公署副主任。” 萧毅肃说：“卢主任要马锳当绥署副主任，那么，就让邱开基当绥署参谋长好吗？” 卢汉也不同意，并指名要谢崇文当参谋长，萧毅肃又说：“既然卢主任要谢崇文当参谋长（当时谢崇文当保安司令部参谋长），可否让邱开基当保安司令部参谋长？” 卢汉还是不同意，执意要佴晓清当保安司令部参谋长，而以邱开基为绥靖公署高级参谋，在谢崇文监督下工作。 邱开基对于卢汉拒绝他担任绥靖公署和保安司令部的重要职务深表不满，自度已不能再在云南军政界立足。于是在亲友中不时发泄不满情绪说：“卢汉私心太重，不讲情理，我邱开基在第六十军成立初时就做卢汉的副官长，我为了帮助卢汉搞好第六十军，曾奔走于军事委员会和军政部之间，要求将第六十军列为甲种军编制，发给第六十军充分的武器弹药和被服装备等军用物资，所以第六十军才能在鲁南台儿庄和武汉外围的对日作战中作出卓越战绩；卢汉一帆风顺步步高升，现在就不要抬轿子的人了，卢汉过河拆桥，居心险恶。” 这些话传到卢汉耳里，卢对邱开基更是提高警惕，认为邱开基原来就是蒋军嫡系中的活跃人物，以前用他当副官长，无非用他做个桥梁，沟通关系。现在时易境迁，邱开基成了监视云南省政的重要头目。 邱开基在云南碍手碍脚，卧榻之侧，岂容他人干扰？于是在1949年5月上旬的一天，卢汉亲自写手令要宪兵第十三团逮捕邱开基，打电话要宪兵负责人王栩到卢公馆接受密令。 王栩到卢公馆已是下午5点多钟，在会客室等了十多分钟，卢汉才由楼上来到会客室，嘴里含着香烟，先是满面笑容地问王栩：“你和邱开基熟识吗？” 王栩说：“很熟识，我在军校当学生时就认识他，当时，他在侍从室当侍卫大队长，他常在星期天约我们云南籍同学到励志社看电影、洗澡或打台球玩，有时还请我们吃饭。” 卢汉又问：“以后呢？” 王栩说：“我在军校毕业时，邱开基已调为武汉警备司令部缉私处处长，他曾要罗恒有约我到武汉缉私处工作，我没有去，因为我在军校的队长麋藕池（贵州毕节人）要我跟他到陆军第三十六师工作。” 卢汉接着问：“在昆明你们来往吗？” 王栩说：“常来往，前不久我曾请他到宪兵团部向官兵讲话，但他没有去。” 谈到这里，卢汉严肃地问王栩：“要你逮捕邱开基，你有顾虑吗？” 王栩说：“没有什么顾虑。” 卢汉说：“这很好，不要声张出去，为了不让他再在外面乱说乱讲，你就以请他对官兵讲话为由，把他弄到宪兵团就行了，我给你写个手令。” 王栩回到团部立即派团附袁子述到邱开基家请他于次日上午9时到圆通街宪兵团部对全体官兵讲话，次日上午8时半袁子述开车把邱开基接来后，王栩把卢汉的手令拿出，邱开基板着面孔说：“要逮捕我，你明白通知我就行了，何必耍这花招呢？” 一周后，卢汉叫来王栩询问情况，王栩说：“邱开基在宪兵团部，我把他安置在我办公室隔壁的一间房里，由他的老婆陪伴，他不愿和我们在一起吃饭，是由他家里人每天送饭来给他们吃。他每天都要看报纸，我看他还安静。” 卢汉想了想说：“把邱开基放了吧。”不久后，邱开基被送出了昆明。少了邱开基这个碍手者，卢汉的起义工作减少了极大地阻力。