1949年7月，蒋介石在台湾召开秘密会议，准备成立一个“政治行动委员会”，指定郑介民、蒋经国、唐纵、毛人凤、叶秀峰、张镇等人为委员，由唐纵做召集人。这是蒋介石为让蒋经国执掌情报大权，而进行的第一步。 国民政府逃台后，蒋介石对旧有的情报机构不再信任，决定成立一个统一的特务组织。根据这个意见，成立了“台湾情报工作委员会”，由彭孟辑负责。该委员会负责协调各特务机构。后来又成立了“总统府资料室”，该资料室由蒋经国负责。至此，原来蒋介石在大陆时期的两大特务系统中统和军统（保密局），退出了历史舞台。 为了便于协调和指挥，蒋经国重新将各个情报系统的工作范围予以明确。与此同时，蒋介石还要求其他各部门必须配合情报工作。到台后的短短几年，蒋经国手下的特务系统工作人员已经达到5万多人。 特务机构在蒋经国的掌握下，由于有蒋介石做后盾，所以权力很大，可随时插手各个领域。上至高级官员，下至平民百姓，蒋经国怀疑到谁的头上，谁就倒霉。当时有很多人早晨还在家，晚上就可能失踪，可能被监禁。 特务机构向来名声不好，背后也有很多人议论，这对以后蒋经国的”接棒“势必造成障碍。蒋介石自己也是知道这一点的，他采取偷梁换柱的办法。当时台湾特务系统名义上的最高长官是彭孟辑，他承担了特务的骂名，主动为蒋经国承担错误。但实际上的控制者蒋经国，只是“总统府资料室”主任，一般民众是不知道的，这一秘密保持得如此之好，就连台湾省主席吴国桢也不知道其中奥妙，遇到事情大骂彭孟辑，而彭孟辑也乐于为蒋经国担罪，只好装作一脸苦笑听骂。 吴国桢后来察觉到蒋经国其实是特务系统的谋后掌控者，他就去蒋介石说：“如钧座厚爱经国兄，则不应使其主持特务，盖无论是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”吴国桢的劝说不仅毫无效果，反而让自己为蒋氏父子所忌恨。 到了后来，时机成熟后，蒋介石便开始有意识地让蒋经国从特务系统抽身。1954年，蒋经国向蒋介石建议组织“安全局”代替所有特务系统机构，蒋介石立即答应，蒋氏父子通过设置新的特务机构，加强了对台湾各领域的控制，同时也使蒋经国脱身，而免遭众人诟病。 控制了特务系统之后，就剩下了军队，蒋介石戎马生涯几十年，深知道军队才是命根子，只有军队支持，才能够让蒋经国安全接班，但蒋经国对军队工作可以说是先天不足。蒋经国虽然也参加过军事训练，但对于如何带兵打仗实在是外行，他在军队中也没有干部系统可以依靠，虽然蒋经国在赣州时期训练了很多干部，但这些干部大都是笔杆子，拿不起枪杆子。为了让蒋经国控制军队，老谋深算的蒋介石决定从军队的政工系统着手，使蒋经国插入军队系统。 蒋经国在台湾军界的第一个明确公开的职务是“国防部政治部”主任，为二级陆军上将。从军衔来看，蒋经国可以说是火箭般上升的速度，当时他还没有打过一次仗，就成为二级上将，而像之前军统局的戴笠这样的人，到死的时候也只是少将，最后才追认为中将。当时国军将领中很多人是不服气的。 比如，空军“总司令”周至柔晋升为一级上将的时候，众人都来祝贺，谁知道周至柔满腹牢骚地说：“现在连老百姓都可以当上将，我在沙场拼了几十年命才升了这么一个一级上将，想想也没有什么可喜欢的！”不言而喻，这是说给蒋经国听的。周至柔是蒋介石的嫡系尚且牢骚如此之大，其他将领就可想而知了。 蒋经国知道军队派系复杂，非常讲究论资排辈，自己辈分低，进入军队不能操之过急。他充分利用自己的政治手腕，逐渐在军队站稳脚跟。 首先，蒋经国虽然为二级上将，但他从来不穿军服上班，也不在公众场合突出自己的上将军衔，这种”谦逊“的态度，逐渐赢得了军队中“老一辈”好感。 其次，蒋经国也知道自己对军事是外行，他索性也不充当内行，凡是涉及军事上的问题，他总是依靠军队专业人员，自己不越轨，不擅权，尽量不触犯军队将领的利益。蒋经国管军事但却不管军队，这看起来矛盾，但蒋经国将其处理得很好，他只抓军队中人的工作，主要是抓干部。 1952年，蒋经国开始筹划建立政治工作干部学校，任命自己在赣州训练的干部胡伟克、王升担任校长。训练的学生全部充实到部队之中，这些学生没有军事才干，只是蒋经国派到军队中的监视者。当时的很多军官对此不以为然，像陆军总司令孙立人就特别反对，公开指责蒋经国，这场冲突也是孙立人后来被监禁的一个重要原因。 为了弥补蒋经国在军事上的外行，蒋介石曾一度培植小儿子蒋纬国，蒋纬国早年在德国、美国学习军事，主攻装甲车辆，蒋纬国装甲部队中担任实职，有力补充了蒋纬国的不足。但是，随着蒋经国在军队逐渐立足后，便发生了疑点重重的”湖口兵变“，最终结果是蒋纬国彻底失去了兵权，这背后到底有没有蒋经国的黑手，至今也是说法不一。 就这样，通过蒋介石的精心安排，加上蒋经国自身的努力，这个从来没有打过仗的二级上将，终于在军队中站稳脚跟。