1936年12月初，卫立煌接到蒋介石的电报，让他去西安参加军事会议。卫立煌到西安后，和陈诚、陈调元、朱绍良等人住在西京饭店。11日晚，张学良举行盛大宴会，招待来西安的这些高级将领。 12日凌晨，张学良、杨虎城发起“西安事变”，东北军前往华清池活捉蒋介石，十七路军包围了西京饭店，让所有蒋系的大员们到大厅集中，交出武器后，将他们关押起来。整体上，十七路军官兵的手段还是温和的，只有企图越窗外逃的邵元冲被士兵开枪击中，送去医院后，两天后伤重死去，对此张学良、杨虎城都表示了遗憾。 12月25日，张学良送蒋介石离开，“西安事变”和平解决，当天蒋介石、张学良等人乘飞机到了洛阳，到达洛阳后，蒋介石向张学良提交一份名单，要求首先释放陈诚、卫立煌等人。 从蒋介石到洛阳后，将卫立煌放在第一批要求释放的大员里，可以看出这个时期，卫立煌还是很受蒋介石信任。 卫立煌受蒋介石重视，一大原因得益于他的妻子朱韵珩。卫立煌当年驻军镇江时，结识了朱韵珩。朱韵珩当时是镇江崇实女子学校校长，因为卫立煌部队干扰了学校秩序，朱韵珩前来找卫立煌交涉，没想到彼此留下深刻印象，卫立煌开始追求朱韵珩。 1927年年底，卫立煌与朱韵珩在上海举行婚礼，当时恰逢蒋介石与宋美龄也在上海成婚，朱韵珩与宋美龄都在美国留过学，私人关系也不错。 朱韵珩每次去见宋美龄，可以不必通报就可直接登堂入室，她们之间书信来往常用英文，见面对话也常讲英语。朱韵珩是孤儿出身，由教会收养长大，再保送美国大学深造。有时，朱韵珩和宋美龄聊天，蒋介石也走过来聊几句，不过由于没有话题，最后总是说：“不打扰你们了，俊如（卫立煌字俊如）还好吗?” 全面抗战爆发后，卫立煌任第14集团军总司令。10月，板垣征四郎指挥日军第5师团，向山西进犯，阎锡山急电蒋介石，要求卫立煌率部驰援山西。卫立煌率部进入山西后，在忻口前线和日军展开血战。 忻口战役历时一个多月，杀伤日军二万余人，期间，卫立煌和八路军配合紧密，合作愉快。 1938年2月，卫立煌被任命为第二战区副司令长官兼前敌总指挥，卫立煌所部的第14集团军主力在中条山布防，而处于敌后的八路军则不断破坏日军后方的交通线，堵截日军的军用补给。正因为两军密切配合，日军一时也不敢轻举妄动，这样一守就是四年。 1938年春节，卫立煌率属下几名高级将领到洪洞县牧马村八路军总司令部拜年，朱德总司令率部举行了盛大的欢迎会。八路军的战地服务团表演了一些文艺节目，现场气氛十分热烈。 4月，卫立煌来到了延安参观，延安举行了一个盛大的晚会欢迎他，这让卫立煌极为感动。回西安的第二天，卫立煌以第二战区副司令长官的名义，批给八路军步枪子弹100万发，手榴弹25万枚，这对武器弹药紧缺的八路军而言，真的是雪中送炭。 1938年8月，朱德顺路拜访了卫立煌，卫立煌与朱德单独谈了两整天，离别时，朱德送给卫立煌两匹八路军在战斗中缴获的日军枣红色大洋马，卫立煌很是喜欢，回赠给朱德一批新式手枪和一支刻有“立煌敬赠”字样的钢笔。 1938年底，蒋介石在陕西武功召开重要军事会议，对部队重新部署，卫立煌升任为第一战区区司令长官。第二年9月，卫立煌又兼任国民党河南省主席，但也是在这段时间，卫立煌与蒋介石之间渐渐有了裂痕。 因为卫立煌与八路军合作得比较好，第一战区的顽固派向蒋介石告卫立煌的密报从未中断过。蒋介石曾派何应钦前往第一战区调查卫立煌，虽然最终不了了之，但卫立煌与蒋介石之间嫌隙已生。 蒋介石一生用人有二大原则“黄埔门生、浙江同乡”。卫立煌一不是浙江人，二不是黄埔出身，尽管由于军事能力出众一度很受重用，但最终却还是失去了蒋介石的信任。 1939年10月，卫立煌的妻子朱韵珩因病去世。朱韵珩去世得很突然，当时宋美龄还亲自到成都吊唁。之前，因为朱韵珩的关系，宋美龄对卫立煌的子女一直很关照。宋美龄经常到卫立煌家中来，找朱韵珩聊天。据卫立煌的子女回忆，他们小时候也跟着卫立煌去庐山避暑，和宋美龄住的别墅很近，宋美龄的别墅前有宪兵站岗，但是卫立煌的家人前往的时候，都可以很顺利的进去。 1941年，卫立煌去重庆参加会议，住在孔祥熙家，孔祥熙想把大女儿孔令仪许配给卫立煌，此事也得到了宋美龄的同意。但是，卫立煌却不情愿，后来经人介绍，他认识了韩权华。韩权华是天津名门闺秀，她的姐姐韩咏华是梅贻琦的夫人。韩权华去了美国留学，她和卫立煌书信往来一段时间后，彼此都很满意，但正在韩权华要回国之际，“珍珠港”事件爆发，韩权华只好滞留在美国。直到1945年韩权华才得以回国，与卫立煌在昆明举行了婚礼。 和宋美龄是闺蜜的第一任妻子朱韵珩病死，再加上拒绝娶孔祥熙的女儿，让卫立煌与蒋介石的上层关系中断了，也没人帮他说话，他和蒋介石之间的矛盾，再无修复的可能。