左宗棠提出要“先北后南、缓进急战”的战略方针: 一，“先北后南”，即先安定北疆，不急取伊犁，次进军南疆。因为阿古柏的势力主要布署在达坂城、托克逊、吐鲁番一线，其布署在北疆兵力比较薄弱。同时，乌鲁木齐有重要政治意义和区位优势，收复北疆，也可为将将进一步收复伊犁，创造必要条件。 二，“缓进急战”: 1，“缓进”，就是积极治军。左宗棠用一年半的时间筹措军饷，积草屯粮，减少冗员，增强战力。 2，“急战”，就是西北交通不便、人烟稀少、为了紧缩军费开支，大军一旦出发，必须速战速决，力争在一年半左右获取全胜。 左宗堂指挥清军三路并进，未及半月即收复达坂城、吐鲁蕃、托克逊三城，使得南疆门户大开，军事上已对阿古柏势力形成破竹之势。 与此同时，南疆各地人民纷纷起义，反对阿古柏的反动统治。 阿古柏见三城失守，人心浮动，从焉耆逃至库尔勒，气急暴病而亡。 阿古柏次子海古拉因火并身亡，其长子伯克·胡里在喀什噶尔(今喀什)称王，令白彦虎防守喀喇沙尔（今焉耆）、库尔勒等地，继续顽抗。
