1943年3月，蒋介石决定重建远征军，让陈诚担任司令。可是，就在远征军即将出击反攻的11月，卫立煌突然接替陈诚，一时间传言四起，甚至有说陈诚参与兵变被软禁了，那么实情究竟是怎么回事呢？ 3月28日，远征军司令长官部在云南楚雄成立。时任第六战区司令长官的陈诚从重庆飞到楚雄就任，在陈诚的推荐下，黄琪翔、郑洞国为副司令长官，按照作战计划，将从江西、湖北、四川等地抽调12个军31个师，在云南集中训练。 陈诚对远征军的工作极为重视，可是，就在他四处奔波做好了前中期的准备，远征军可以开始反攻时。蒋介石突然换人，让卫立煌任远征军司令长官，这个任命引起了国民党内部不小的震动。因为， 陈诚是蒋介石跟前的红人，而卫立煌因为在当第一战区司令长官时，和八路军配合得很好，结果引起了蒋介石的猜忌，自1942年1月被免职后，长期赋闲，已经不属于蒋的嫡系了。 在即将反攻的关键时刻，蒋介石起用已经不信任的卫立煌，而免掉了亲信陈诚，这其中有着极为复杂的原因，至今也说法不一。 国民党方面的官方说法是，陈诚胃病严重，无法处理事务。据说，在1943年10月中旬，陈诚胃病严重，甚至剧痛咯血，一度昏迷。幸亏他的妻子谭祥当时也在楚雄，在谭祥的精心护理陈诚才从昏迷中苏醒过来，但是身体却无法支撑工作。宋美龄和谭祥关系密切，谭祥不仅是宋美龄的校友，还是干女儿。因此，宋美龄向蒋介石建议，让陈诚去养病。 但是，这个说法引起不少人的质疑，因为陈诚有胃病人所周知，犯病也不止这一次，后来当军政部长、参谋总长时也多次犯病，怎么不见辞去军政部长、参谋总长这些要职呢？ 有一个普遍说法，那就是军统特务头子戴笠向蒋介石报告了一个未遂的“兵变案”，其中牵扯到了陈诚，因此引起了蒋介石的怀疑。 经军统在第六战区的特务机构调查，发现该战区司令长官部的一批少壮派军官，因对国民党当局强烈不满，组织了“青年军人将校团”。这些人认为国民党上层亲日降日的军政大员把蒋介石包围了，所以必须进行一次军事行动，把蒋介石身边的那些亲日人物清除出去。这个组织的主要骨干王凤起、胡翔、梅含章、陈蕴山、曹泽衡、傅岳等人，都是陆军大学毕业生，他们在陆大同学中很快发展了成员二百多人。 第六战区长官部的青年军官的“兵谏”的计划，很快就被军统人员将调查报告送到戴笠手上。对于这一份重大的情报。戴笠经过一番缜密的考虑，决定暂不打草惊蛇，只是由军统组织和特检处加强对第六战区长官部及陆大内这批青年军官的监视，以搜集新的证据。 “青年军人将校团”骨干成员王凤起等人的私下活动，陈诚并不是一无所知，但是也没有在意，他认为这些人起码出发点是好的，因此只是让他的亲信、司令长官部的副参谋长刘云翰暗中注意。 陈诚就任远征军司令长官后，从第六战区司令长官部带了一批参谋人员到楚雄远征军司令长官部，王凤起则升任长官部作战科少将科长，负责策划远征军重要作战机宜。这批青年军人在楚雄继续进行计划并组织实施，拟定了“兵谏”的组织章程、行动计划，并决定将行动时间定在“西安事变”７周年纪念日，即1943年12月12日举行。 但是这批青年军官忽视了一个重要问题，云南是军统经营多年的地方，人员集中，势力极大，云南站很快就将青年军官们的“兵谏”组织章程、行动计划以及行动日期搞到手。 戴笠见证据确凿后，这才出手，他把以上的情况报告给蒋介石。蒋介石大吃一惊，他给陈诚下令，立即将远征军司令部内所有参加“兵谏”密谋活动的青年军官交给军统审讯，戴笠同时下令秘密逮捕第六战区和陆大内所有参与“政变”密谋活动的青年军官。 在王凤起被秘密逮捕的当夜，远征军副总参谋长刘云翰突然前来，对王凤起说：“你们青年将校团的事情，陈长官根本不知情，也根本就不知道你们暗中有这样一个组织。陈长官待你不薄，看你是个人才，也是一个汉子，因此，将你要到身边委以重任，快速擢升。为人要讲良心，你要对得起陈长官。” 王凤起也是个汉子，说：“请刘参谋长转告陈长官放心，我们的事与陈长官没有丝毫关系，我们自己做的事情会自己担当。” 11月初，王凤起被戴笠派来的高级特务张振国押解，乘专机由昆明抵达重庆。当晚8时许，戴笠带着军统局主任秘书毛人凤及司法科长毛忠信等人提审王凤起。谈话持续了5个多小时，戴笠一直试图将“兵谏”的主谋向陈诚身上引，但看破戴笠心思的王凤起，一口咬定自己就是青年将校团的头，一切与陈诚无关。 虽然蒋介石最后选择相信陈诚没有参与“兵谏”，但终究心中还是有疙瘩，于是便免去陈诚远征军司令长官一职，改由赋闲的卫立煌担任。为何选择卫立煌？一来卫立煌军事能力很不错，二来卫立煌没有自己的基本部队和班底，远征军都是蒋军嫡系，卫立煌当司令长官，蒋介石也好控制得多。 不过，陈诚终究还是蒋介石嫡系中的嫡系，1944年陈诚挤走何应钦，就任军政部长，地位较之以前更为显赫，被称为“小委员长”。