陈果夫去台湾后，厄运便伴他左右。1950年7月中旬，蒋介石下令免去陈果夫财务委员会主任职务，裁撤“合作金库”（陈果夫任理事长)，裁撤“农民银行”（陈果夫任董事长）办事机构，保留名义，从而一举削去CC系三大经济支柱。 7月26日，蒋介石宣布“改造委员”和“评议委员”名单，陈果夫挂名为“评议委员”，仅仅是作为一个安慰而已，他的弟弟陈立夫则榜上无名。 8月初，蒋介石下令改组农业教育电影公司（陈果夫任董事长），由蒋经国接办，削去了CC系的一大舆论阵地。就这样，陈果夫被蒋介石一撸到底，成为无职无权的光杆儿。 1950年8月初，陈立夫与夫人带着一双儿女，来看望病中的陈果夫。陈立夫全家准备赴美，这次来既是看望兄长，也是向他辞行。陈立夫离开台湾去美国，陈果夫事先知道，而且十分支持。他认为，台湾目前的状况是相互倾轧、残酷无情，随时都会飞来横祸。自己心里明白自己身体这么差，无法远行，弟弟这一走不知几时才能回，也许这一次见面就是永别。 陈立夫走后，陈果夫的病情进一步恶化，家庭经济也发生了危机。治疗肺结核需要巨额医疗费，既无财产，也没有以前的地位，医疗费都是靠朋友支持，因而生活费用日窘。 这时，陈果夫的身体已每况愈下。早在抗战后期，他的肺就已溃烂不堪，只有在后背穿孔，每天从穿孔处排脓。逃台前夕，他的病情再度加剧，背后炎症流脓不止。到台湾后，遍请台港名医会诊，他的病情才暂时得到控制。 在国民党官僚中，陈果夫算是比较清廉的一个，除了薪水外没有什么额外收入。蒋介石得知其生活困难后，觉得在政治上逼陈果夫交出权力，生活上还是应该给予照顾。于是，这位昔日的“蒋三叔”批给陈果夫5000银圆作为医疗费；另外又特批了一笔费用，作为陈果夫日常的生活补助。有了这笔钱，陈果夫才解除了家庭的经济危机。 1950年9月，陈果夫病情加重，咯血不止，什么药都用上了，都没有多大作用。这种情况一直延续了一个多月，病情才勉强被控制住。 10月5日是陈果夫59岁生日，将介石和蒋经国父子俩专程前往医院看望陈果夫。蒋氏父子的到来，让贫病交加的陈果夫大出意外。 蒋介石关心地说：“果夫，我一直都很忙，没来看你。你目前身体恢复得怎样，是用西医还是用中医治疗？” 陈果夫回答说：“医生说，目前先西药，等症状控制住时，再用中药补身体。” 站在一旁的主治医生向蒋氏父子报告了陈果夫的病情。蒋介石“嗯”了一声，便嘱咐道：“果夫啊，你安心养病吧，其他的事情就不去想了。经济上有什么问题，你直接告诉我。” 蒋介石父子坐了十几分钟，便离开了医院。 为了方便治病，1951年1月，陈果夫由台中迁往台北，住在台北青田街一幢公寓楼里。 台北医疗条件比台中要好得多，看病拿药都很方便，可陈果夫住在这里却很不习惯。在台中，陈果夫情绪不好，还敢找朋友发发牢骚，发泄一下心中的不满。在台北他就不敢了，这里蒋介石的耳目太多，稍有不慎马上就会反馈到蒋介石那里去。所以住在台北，陈果夫仍感觉很压抑，心情并不是很好。 有一次，一位老朋友从台中来看望陈果夫，当谈到自己的苦恼时，那位朋友说：“台中天高……” 陈果夫马上接道：“皇帝远。”言毕，两人会心地大笑起来。 台北是一个坐南朝北的盆地，夏天海风吹不进来，较台中炎热，空气湿度也大，这里天气非常不利陈果夫养病。入夏以后，陈果夫的病情加重了。他每天只能起床一个小时，时间稍长就支持不住。整天咳嗽不已，低烧不退，心脏也逐渐衰弱。 陈果夫再次被送进医院后，医生用X光拍照，发现结核菌已侵入右肺，并由右肺侵入血管，由血管侵入脑后。这等于说，陈果夫的病已宣告不治。医生的治疗，只能是延缓他的生命。 8月28日上午，陈果夫体温骤然升高；下午2点以后，开始昏迷不醒，进入弥留状态。延至4点52分，陈果夫长长地吁了一口气、心脏停止了跳动。这一年，他正好60岁。 陈果夫的死讯，传到台中他父亲陈其业那里。陈其业时已81岁，老年丧子，白发人送黑发人，其悲痛之情可想而知。他不顾年迈之躯，不听功阻，从台中赶到台北护丧。看到儿子的遗容，陈其业放声大哭。 远在美国的陈立夫则没有回台湾，这对于他来说，留下了永远的遗憾。 蒋介石得知陈果夫去世的消息后，两次到殡仪馆吊唁。望着陈果夫的遗体，蒋介石神色肃程，露出悲哀之情。他向陈果夫鞠躬，再鞠躬，仿佛要陈果夫在天之灵能够原谅他。 回去的路上，蒋介石坐在车内一言不发，似乎还沉浸在悲痛中。他对随行人员说：“果夫还年轻，他不该这么早就走了啊！” 回到办公室，蒋介石提笔写下了“痛失元良”几个大字，作为挽额，派人送到了殡仪馆。 陈果夫的墓地选在台北市郊观音山右侧的一块山地上。1951年11月4日，陈果夫的灵柩被送到了这里，在一阵阵悲哀的鼓乐声中，棺木缓缓入土。从此，昔日耀武扬威的CC系头目，长眠在这块远离故乡的土地上。
