贞观八年，太上皇李渊中风，于第二年五月去世。李渊的丧事办完后，李世民颁诏，起用萧瑀“特进”，参与政事。这是萧瑀第四次拜相。萧瑀第四次出任宰相一年以后，因急躁、偏狭再次被罢相，并且贬出京城，出任歧州刺史。这是第四次罢相。 贞观十七年四月，太子李承乾谋反。李世民命长孙无忌、萧瑀、李世绩等审理此案。李承乾被废为庶人，册立晋王李治为新太子。以萧瑀、李世绩为左右仆射。这是萧瑀第五次拜相。 贞观二十年，萧瑀与同僚多不和，关系紧张，并且屡屡逆忤圣意，李世民极为怨愤。因念他忠诚耿直，不忍再度废黜他，希望他能自动辞职，以保全面子。最后惹怒了李世民，李世民亲写诏书罢免了他的相位和全部封爵、封邑并且贬出京城，这是萧瑀第六次罢相。 萧瑀在太宗期间为宰相时，曾以历史上分封子弟贵戚为藩屏的得失，建议太宗分封子弟为王而被采纳。 萧瑀不贪财好利。作为隋臣时，田宅很多。后来，这些田宅全被唐高祖李渊分赐功臣。萧瑀归唐之后，李渊将田宅归还给他，他全部分给宗族，自己只留下宗庙一座，以作祭祀。 贞观十七年二月，唐太宗李世民为怀念当初一同打天下的众位功臣在凌烟阁内描绘了二十四位功臣的图像，萧瑀位列第九。
