1933年9月23日，南京国民政府公布《修正全国经济委员会组织条例》，该会由行政院改隶为国民政府直属机关。设委员若干人，由国民政府特派，其中指定3人为常务委员，取消委员长、副委员长，实行常务委员负责制。同年12月8日公布修正组织法第四条，常务委员增至5人。1934年1月国民党四届四中全会通过《统一全国水利行政以利建设案》，全国水利机关暂归全国经济委员会统筹办理。同年12月1日导淮、黄河水利、华北水利、扬子江水利等委员会均归其统辖。至1935年全国经济委员会设有公路、水利、卫生、教育、农村建设、棉业统制、蚕丝改良等专门委员会，公路、水利、卫生实验，农业等处及驻上海、江西、西北3个办事处。1938年11月该会撤销，其公路机构并入交通部，水利机构并入经济部，卫生机构并入卫生署。

常务委员

汪精卫（1933年9月23日任），广东三水人，汪派领袖。1932年1月，蒋介石重新掌权，他为消弭反对力量，特拉拢汪精卫，邀请其出任行政院院长，汪表示接受，至此国内再次形成蒋汪合作的格局‌。

孙科（1933年9月23日任），广东香山人，孙中山长子，太子派首领。他因颇受粤系要员支持，而一度使得蒋介石相当忌惮，但在胡汉民遭软禁及太子派骨干纷纷受到排挤后，孙科也在政治斗争中被逐渐边缘化。

宋子文（1933年9月23日任），上海人，宋氏家族代表人物，他与蒋介石在政治和财政上有着诸多的合作，然而，鉴于军费配属的相关事宜以及其抗日的立场，致使他与蒋介石的关系陷入了极度紧张的态势。

蒋介石（1933年12月12日任），浙江奉化人，蒋派领袖，南京国民政府实际掌权人。他虽在九一八事变（1931年）后被迫下野，但很快便在江浙财团、中央军以及汪派政客的支持下于1932年重新执政。

孔祥熙（1933年12月12日任），山西太谷人，孔氏家族代表人物。他在蒋宋二人矛盾激化后继任行政院副院长兼财政部长、中央银行总裁，并长期主理国民政府财政。

委员

汪精卫，孙科，宋子文（以上为1933年9月23日任）；

黄绍竑，顾孟余，朱家骅，陈公博，王世杰，张人杰，孔祥熙，李煜瀛，蔡元培，张嘉璈，李铭，周作民，晏阳初，荣宗敬，虞和德，吴鼎昌，刘瑞恒，陈立夫，钱新之，陈光甫，刘鸿生，史量才，王晓簌，徐新六，王克敏，陈伯庄，诸民谊，杨端六，秦汾，叶恭绰，连声海；邵元冲（以上为1933年10月12日任）；

蒋介石（1933年12月12日任）；

叶琢堂，彭学沛（以上1933年12月15日任）；

曾养甫，谭熙鸿（以上1935年6月28日任）。

秘书长 朱家骅（原任）；秦汾（1933年11月4日任），

公路处处长 陈体诚（1931年4月21日任）

水利处处长 茅以升（1934年任）

卫生实验处处长 刘瑞恒（1933年任）

农业处处长 赵连芳（1934年9月21日任）

蚕丝改良委员会主任委员 曾养甫（1934年1月31日任）

棉业统制委员会主任委员 陈光甫（1933年10月6日任）

合作事业委员会主任委员 陈公博（1935年9月17日任）

西北办事处主任 刘景山（1935年3月7日任）

导淮委员会（1934年12月-1941年9月）

1934年12月1日，导淮委员会改隶全国经济委员会，1941年9月改隶行政院水利委员会。

委员长 蒋介石（原任）

副委员长 陈果夫（原任）

总务处处长 何玉书（原任）；刘允衡（1935年5月25日署；9月25日任）

秘书处处长 沈百先（原任）

土地处处长 萧铮（原任）；骆美奂（1936年3月5日任）

黄河水利委员会（1934年12月-1938年11月）

1934年12月，黄河水利委员会改隶全国经济委员会，1938年11月归并到经济部。

委员长 李义祉（原任）；孔祥榕（1935年10月19日代；1936年5月2日任）

副委员长 王应榆（原任）；孔祥榕（1935年2月2日任）

委员

王应榆，沈怡，许心武，陈沣巅，李培基，张含英，孔祥榕（以上为原任）

王郁骏（1935年7月23日任；1936年10月5日免）

朱墉，吴凯南，万闢（1936年10月5日任）

郑肇经，须恺，李书田，陈汝珍，段泽青，刘定奄（以上1937年2月19日免）

王郁骏，王景儒，张鸿烈，张静愚，熊继贞（以上1937年2月19日任）

秘书长 张含英（原任）

华北水利委员会（1934年1月-1938年1月）

1934年1月，国民政府设立华北水利委员会，隶属全国经济委员会。次年7月1日公布组织条例，设委员长1人，委员12-16人，下置总务，工务2处。

委员长 彭济群（1936年2月17日任）

扬子江水利委员会（1935年5月-1938年1月）

原为隶属于交通部的扬子江水道整理委员会。1935年5月，该会与太湖流域水利委员会，湘鄂湖江水文总站合并改组为扬子江水利委员会，隶属于全国经济委员会，掌理扬子江流域一切兴利防息事务。7月1日公布该会组织条例，设委员长1人，委员12-20人，下置总务、工务2处。1938年1月改隶经济部。

委员长 傅汝霖（1935年12月31日任）