希特勒在1939年1月17日还仅是要求德国海军大型水面舰队在1944年之前做好战斗准备，届时按照“H计划”，德国应该有6艘兴登堡级新式战列舰入役，它们将是抗衡英国海军的资本。但德国的造舰计划落空了，H计划中的6艘战列舰最终没有一艘建成。德国海军现有的大型水面舰艇也不得不过早地投入战场。
作为传统海军将领的代表，雷德尔和德国海军的几艘大型战舰的命运捆绑到了一起。它们包括1艘老式战列舰“石勒苏益格-荷尔斯泰因”号，2艘新式战列舰“俾斯麦”号和“提尔皮茨”号，2艘战列巡洋舰“沙恩霍斯特”号和“格奈森瑙”号，3艘袖珍战列舰“格拉夫斯佩伯爵”号、“舍尔”号和“德意志”号，以及3艘重巡洋舰“希佩尔海军上将”号、“布吕歇尔”号和“欧根亲王”号。
当这些海军家底快要打光时，雷德尔的军事生涯也走到了尽头，希特勒随即将自己的宠将邓尼茨扶上了海军总司令的宝座。
德国海军舰队的第一次出海巡航舰队由“格奈森瑙”号率领“科隆”号轻巡洋舰和9艘驱逐舰组成。“格奈森瑙”号是一艘与众不同的战舰，他介于战列舰和巡洋舰之间，满载排水量3.89万吨。它的火力不及标准的战列舰，所以不敢和英国战列舰正面对抗。但它的机动性强于战列舰，堪比重型巡洋舰，同时还比巡洋舰火力更强、装甲更厚，所以特别适合在海上执行突袭作战（遇到战列舰就开溜，遇到其他战舰则可以放手战斗）。
“格奈森瑙”号的首场战绩非常亮眼，他们击沉了66艘盟国商船和3艘驱逐舰。11月，它和姐妹舰“沙恩霍斯特”号再次出航，虽然这次没有取得什么收获，但雷德尔已经乐观地认为：一支弱势舰队依然可以在英国本土海域挑战对方的制海权。
第一艘葬身海底的是朗格斯道夫上校指挥的“格拉夫施佩伯爵”号袖珍战列舰。该舰于1936年入役，标准排水量1.17万吨，满载排水量1.59万吨；舰长187米，最高航速28节，最大航程1.6万海里；主炮为三联装283毫米口径，主舷侧装甲100毫米，甲板装甲40～70毫米，舰载飞机2架。
开战之前，雷德尔就命令该舰离港驶入公海，以便在开战后可以立即向盟国商船发起攻击。1939年9月30日，“格拉夫施佩伯爵”号在巴西伯南布哥附近海域俘获一艘英国货船，拉开了袭击战的序幕。10月5日，击沉“牛顿海滩”号；10月7日，俘获“阿什利”号货船；10月10日，拦截“猎人”号；10月20日，袭击“特里文尼恩”号。
为了应对“格拉夫施佩伯爵”号的威胁，英国海军从西非海岸抽调“皇家方舟”号航母、“竞技神”号航母、“声望”号战列舰以及两艘重型巡洋舰前往南美搜索德舰“格拉夫施佩伯爵”号。同时在南非的好望角和南美东部沿海部署了几艘巡洋舰，准备一旦德舰暴露踪迹，就能立即对其围歼。
11月15日，“格拉夫施佩伯爵”号在东非莫桑比克袭击了油轮“非洲贝”号。几天后，该舰在驶往大西洋深处时截住了一艘货船，后者及时发出了呼救信号。至此“格拉夫施佩伯爵”号暴露了行踪。
12月3日，德舰降下本国旗帜，升上法国三色旗驶向阿根廷和乌拉圭之间的拉普拉塔河口。英国海军哈伍德准将率领的2艘重型巡洋舰和2艘轻型巡洋舰也尾随而至。12月13日，哈伍德在己方舰队10海里距离发现德舰。考虑到“格拉夫施佩伯爵”号的射程比英舰远7280米，如果贸然发动进攻很可能遭到惨重损失，所以哈伍德命令3艘军舰沿两侧隐蔽靠近德舰，直到“格拉夫施佩伯爵”号进入己方的射程。
“格拉夫施佩伯爵”号指挥官朗格斯道夫很快也发现了靠近的英国战舰。如果此时他采取边打边撤的战术，始终可以利用自己舰炮射程远的优势，保持进退自如的态势，但他却下令向英舰迎面驶去，准备一举击退英国舰队。在接下来的80多分钟的海战中，双方均有损伤，“格拉夫施佩伯爵”号被命中2发203毫米炮弹，36名舰员阵亡，且所剩油料已经不多。舰长朗格斯道夫不得不下令施放烟雾弹，随即驶入拉普拉塔河，进入乌拉圭的蒙得维的亚港内躲避。
12月15日，另一艘英国重巡洋舰赶来增援，英方还对外宣称正有一支大型舰队部署在附近海域。德国方面曾尝试通过外交手段向乌拉圭方面提出交涉，要求后者为德国舰船提供庇护，但乌方迫于英法压力没有同意。
12月17日，绝望的朗格斯道夫下令炸沉“格拉夫施佩伯爵”号袖珍战列舰，所有舰员则逃入阿根廷境内，随即被阿方以“偷渡国境”为由逮捕。12月19日，朗格斯道夫在囚室里举枪自杀。
希特勒和雷德尔都对朗格斯道夫的做法不满，他们认为“格拉夫施佩伯爵”号应该尝试突围，即使失败也应该干掉一艘英国主力军舰。作为一名高级指挥官，朗格斯道夫显然忽视了更富有进攻精神的年轻军官的想法，而不是仅仅考虑挽救他们的生命。为此雷德尔向海军作战部队下达命令：所有舰船必须战斗到耗尽最后一发炮弹，要么选择带着飘扬的旗帜赢得胜利，要么选择与战舰共沉没。
战争初期雷德尔仍然对“赢得大西洋入口”表示乐观，他认为德国海军不但能实现“战略目标”，即转移英国海军的注意力，还能择机前出至北海攻击英国舰队。
当德国准备实施法国战役时，雷德尔发现统帅部里出现了令其不安的“大陆思维”，在指责海军无法封锁英国航线的同时，有人提出将海军人员抽调出来加强给陆军，还有人提出将海军的舰炮拆下来，用于陆上战争。雷德尔对此表达了抗议，同时他也意识到要用一场胜利打消众人的质疑。
早在1939年9月，海军上将卡尔斯就建议入侵挪威。雷德尔于当年10月正式提出此建议，他认为在挪威海岸设立海军基地更有利于潜艇部队作战。同时他也提醒希特勒，必须提前下手确保从瑞典进口铁矿石的海上运输线，以防英国人捷足先登。
1940年3月，希特勒发布没有时间表的“威悉河演习”行动指令，要求一旦英国海军采取行动，或者德国情报部门显示对方即将采取行动，德军应抢在英国之前入侵挪威。3月底，雷德尔发出警告，英国占领挪威的威胁已经升级，而且“威悉河演习”计划已经严重影响了德国海军备战，他建议立即采取行动。
挪威战役自1940年4月9日开始，至6月10日结束。德国海军期间损失了“布吕歇尔”号重巡洋舰和2艘轻巡洋舰、10艘驱逐舰和6艘潜艇。考虑到德国最终取得完胜，希特勒对海军的表现还是表示了赞赏。
“布吕歇尔”号是一艘希佩尔海军上将级重巡洋舰，舰长212米，标准排水量1.4万吨，满载排水量1.8万吨，吃水深度5.8米；最高航速32节，最大航程7000海里；主炮是双联装203毫米火炮，舷侧装甲80毫米，舰首装甲40毫米，舰尾装甲70毫米，甲板水平装甲110毫米。
“布吕歇尔”号的各项指标并不突出，但他是德国海军最新下水服役的大型战舰，1939年9月20日正式编入海军序列，1940年4月勉强完成了全部训练科目，随即参加了入侵挪威的行动。
1940年4月9日，“布吕歇尔”号搭载着陆军部队、准备逮捕挪威王室的秘密警察和一批接管官员共1600人闯入挪威奥斯陆峡湾。德国人忽视了峡湾两侧部署有挪威军队的火力，当他们进入峡湾后，即遭到挪威岸炮部队使用克虏伯兵工厂制造的280毫米火炮的回击。“布吕歇尔”号很快就失去了控制，在峡湾里歪歪斜斜地兜起了圈子。不久之后它被两枚鱼雷击中，最终倾覆在峡湾中。
其实雷德尔曾反对“布吕歇尔”号参加此次登陆行动，但是在陆军的强烈要求下，他不得不同意。这次战役结束后，雷德尔下令将水面舰艇基地迁至挪威西部港口特隆霍姆，以便海军可以更方便的和英国海军在北海和大西洋交战。
挪威战役结束后，雷德尔还提出应该和挪威建立一个良好的关系，以便海军可以在这里长期驻扎。他反对让约瑟夫·特尔波文出任挪威占领区帝国专员（总督），后者以残忍著称。但特尔波文和戈林保持着良好的关系，还和戈培尔有着特殊关系（他娶了戈培尔的情妇），所以雷德尔并没有阻止这项任命。果然在特尔波文上任后，就一直在挪威奉行高压政策，他命令盖世太保监视挪威境内的一切，发现可疑人员就立即逮捕。其所作所为不仅招致雷德尔和陆军将领的反感，就连戈培尔也颇有微词。
特尔波文的结局也很有戏剧性，当希特勒自杀后，他知道自己绝不会得到宽恕，遂于5月8日将自己锁在一个地堡里，然后引爆了50公斤的炸药。
法国战役即将结束时，雷德尔提出逼迫法国交出全部海军舰船。希特勒虽然采纳了雷德尔的建议，但并不想把接收法国海军舰船作为一项必要事务，因为他担心将法国人逼迫太紧，会让其选择彻底投向英国。作为补偿，希特勒将法国大西洋沿岸的海军基地交给了雷德尔。
1940年7月，在巨大的胜利面前，希特勒下令恢复一度中断的“Z计划”，为德国海军建造更多的主力战舰。而在雷德尔雄心勃勃的计划中，德国海军第一阶段的目标是80艘战列舰、20艘航母、225艘巡洋舰和500艘潜艇。在这份计划中，雷德尔已经在海军的作战目标投向了全世界，海军司令部开始制定入侵冰岛、伊朗、埃及、马达加斯加，甚至还包括荷属东印度群岛的作战计划。
雷德尔反对入侵英国。他认为海军在继续执行“破交战”的同时，应该进入地中海，占领苏伊士运河。当希特勒提出“海狮计划”时，雷德尔首先表示服从，但他利用一切机会向元首解释海军面临的困难，希望可以将入侵英国的时间推迟到1941年5月（原计划是1940年8月）。
希特勒没有坚持，他为“海狮计划”的执行设定了一个前提，即德国空军的行动达到预期效果—控制英国本土制空权，瘫痪英国港口和重要军事设施。如果空军的行动顺利，海军发起登陆行动的时间将在1940年9月15日。与此同时，希特勒还给海军下达了攻击直布罗陀海峡和支援北非意大利军队的命令。这让雷德尔意识到希特勒并非全力以赴准备入侵英国。
海狮计划的流产并没有让雷德尔高兴起来，因为他很快就知道了希特勒把目光投向了东方。雷德尔极力反对入侵苏联，为了能转移希特勒的视线，他随即抛出海军的“地中海战略”，通过控制西北非和地中海，切断英国的地中海航线，同时确保德国的原料进口通道。这份被视为“具有远见”的计划试图通过掐断英国的补给线，迫使其失血而亡。
但希特勒对雷德尔的计划没有兴趣，他已经和墨索里尼达成协议，德国不会染指地中海。更何况雷德尔的计划未必能困死英国，因为后者还有北冰洋和大西洋两条生命补给线，德国海军还没有能力把所有航线都封锁起来。
雷德尔并不甘心，他试图通过海军的一系列行动，让希特勒改变想法。但他忽视了一个重要问题，德国海军根本经不起多少挫折。
1940年9月，“布吕歇尔”号的两艘姊妹舰“舍尔”号和“希佩尔海军上将号”出海寻找战机；12月底，“沙恩霍斯特”号和“格奈森瑙”号战略巡洋舰进入大西洋。希特勒询问过雷德尔，海军出战的动机是什么，他给出的答复是：打击敌方海上商业活动。
“沙恩霍斯特”号和“格奈森瑙”号在之后的2个月颇有斩获，他们一共击沉了22艘盟国商船。作为回应，英国海军开始派遣战列舰参加护航，并因此打乱了航行时间表。与此同时，德国海军的潜艇和轻型巡洋舰四处出动，这让雷德尔确信海军已经逐渐掌握了主动权，并证明了将没有基地的战列舰部署到大西洋的可行性。
看到海军风险的反倒是希特勒，他要求雷德尔不要“节外生枝”，在德国取得巴巴罗萨行动胜利前水面舰队尽量不要主动出击。海军内部也意识到了问题，新式战列舰的性能并不稳定，尤其是发动机被证明并不可靠。人员轮换需求和大量舰船需要进港维修也是大问题，此前战绩不俗的两艘战列巡洋舰都已不同程度受损，他们不得不返回母港维修。同时英国正在加大对法国海岸基地的空袭力度，德国海军在那里的最重要基地—布雷斯特港遭到的空袭尤为猛烈。
雷德尔忽视了这些问题，随着“俾斯麦”号和“提尔皮茨”号战列舰接近完工，他正热切盼望着实施“战斗群战略”。1941年4月2日，他下令“俾斯麦”号出海执行“莱茵河演习”行动，继续袭击盟国商船和寻找英国海军战舰交战。
“俾斯麦”号战列舰是当时世界上最大的战舰，它舰长250米，宽36米，标准排水量4.17万吨，满载排水量5.09万吨；主炮是四座双联装380毫米火炮，侧舷装甲145～320毫米，甲板装甲50～120毫米；最大航速30.8节，最大航程9300海里。
“俾斯麦”号本不应该在1941年春季出海作战，“沙恩霍斯特”号和“格奈森瑙”号都还在维修厂，不能伴随其出航。但此时雷德尔已经迫不及待地想要夺取大西洋的制海权，于是他下令“欧根亲王”号重巡洋舰跟随“俾斯麦”号一同出海，按期执行“莱茵河演习”行动。
1941年5月18日，“俾斯麦”号战列舰和“欧根亲王”号巡洋舰在吕特晏斯海军上将的率领下离港。3天后，他们被英国侦察机发现，一场围猎德国战列舰的行动随即展开。
5月24日，“欧根亲王”号发现2艘未判明船只（英国海军“胡德”号和 “威尔士亲王”号战列舰）。5时49分，英舰指挥官霍兰中将率先下令开火，但他们误将“欧根亲王”号当成“俾斯麦”号，所以2艘英国战列舰都首先攻击了“欧根亲王”号巡洋舰。趁英国战舰判断失误，“俾斯麦”号于5时55分开始还击，当时双方相距10.9海里，而且英舰舰首正对着德舰，吕特晏斯下令己方两舰集中火力向英舰射击，在第三轮齐射时，英舰“胡德”号中部中弹，并造成救生艇甲板发生火灾。
当霍兰意识到自己的错误时，一切已经来不及，在德舰第5次齐射时，一发炮弹击穿“胡德”号甲板装甲，引爆副弹药库，尔后波及主弹药库，随后的爆炸瞬间将“胡德”号炸成两半，迅速沉入海中。坐镇舰上指挥的霍兰中将连同全舰1418名舰员阵亡，仅3人获救。在接下来的战斗中，“威尔士亲王”号在第6轮和第9轮齐射时也击伤了“俾斯麦”号，但并不严重。同时“威尔士亲王”号的舰桥被一发380毫米炮弹击中，不得不退出战斗。
英国海军没有放弃围猎“俾斯麦”号的有利时机，42艘军舰随即参加了之后的行动，其中包括2艘航母、3艘战列巡洋舰和5艘战列舰。5月25日，“俾斯麦”号为了掩护“欧根亲王”号南下执行任务，独自朝追击他们的英舰驶去。5月26日，英舰“皇家方舟”号航母起飞15架鱼雷攻击机，在暮色中对“俾斯麦”号发动轮番空袭，一枚鱼雷击中德舰侧舷，致使其失去控制。
5月27日8时，“俾斯麦”号进入2艘英国战列舰射程，此时“俾斯麦”号舵机失灵，航向不定，还击效果不佳。战至10时39分，身中多弹的“俾斯麦”号终于沉没于法国布雷斯特港以西400海里水域。
希特勒在得知“俾斯麦”号出航的消息时就表达了强烈的焦虑，他尤其担心来自英国航母的威胁。当“俾斯麦”号沉没的消息传来时，希特勒愤怒了。6月6日，他当面质问雷德尔，为什么在击沉“胡德”号后没有命令“俾斯麦”号返航？为什么没有让“欧根亲王”号一同作战？很显然，他不能同意雷德尔在战后将这次行动描述成一次英勇的壮举。
希特勒从此失去了对雷德尔的信任。他下令自己亲自接管海军战列舰的指挥权，没有他的命令，战列舰不得出海执行“破交战”任务。1941年9月，希特勒又下令所有大型舰船全部离开大西洋基地，调往更安全的挪威港口。雷德尔提出反对，他承认布雷斯特港正遭受越来越严重的空袭，但他希望可以将德国海军基地南移，使用西班牙的港口，海军大型舰船将在那里出发，继续执行大西洋破交战。
希特勒没有采纳雷德尔的意见，坚持将军舰调回挪威。不过他允许将行动时间推迟到1942年1月，以便观察日本是否参战和西班牙对最终加入轴心国的态度。
随着巴巴罗萨行动的失败，希特勒越来越关心西线的防御。在他的催促下，雷德尔于1942年1月12日递交了“地狱犬”计划，旨在从法国布雷斯特港撤出“沙恩霍斯特”号、“格奈森瑙”号和“欧根亲王”号3艘主力战舰。
2月11日夜，三艘军舰在6艘驱逐舰、14艘鱼雷艇的护卫下悄悄驶出布雷斯特港。同时德国空军也出动战斗机为舰队提供空中护航。英军一开始没有发现德国舰队，直到他们驶入多佛尔海峡时，英国的雷达发现大批德国飞机，遂派出侦察机实施侦察，这才发现大量德国舰船正试图穿越海峡。英国空军随即派出了242架次轰炸机和35架次鱼雷机发动攻击，但在德国战斗机的拦截下没能阻止这次撤退行动。德国海军在损失了一艘巡逻艇的情况下，安全抵达挪威。
这次成功的战术行动并没有让雷德尔有丝毫的欣喜，他很清楚这是德国海军的战略性撤退行动。从此以后，德国大型水面舰船退出了大西洋，直到战争结束希特勒都没有允许他们在北海之外的地方作战。
1942年12月31日，英德双方在北极圈的巴伦支海爆发海战。由于海上能见度极低，加上英国2艘巡洋舰及时赶到，德舰“希佩尔海军上将”号和“吕佐夫”装甲舰没能取得多少战果。
此战成为压倒雷德尔的最后一根稻草，希特勒要求前者当面作出解释。但当雷德尔出现时，希特勒立即宣布海军的舰炮将拆下来用于挪威海岸防御。被逼无奈下，雷德尔于1943年1月30日递交了辞呈，希特勒随即任命潜艇部队司令邓尼茨接替雷德尔的职务。
随着雷德尔的失势，德国海军剩余的几艘大型水面舰船也迎来了自己的命运。
老式战列舰“石勒苏益格-荷尔斯泰因”号原本已经于1917年退役，但在1920年重新服役。作为一艘海军实习生的训练舰，它唯一的亮色是打响了入侵波兰的第一炮。1944年12月，英国轰炸机在波兰格丁尼亚炸沉该舰。
“提尔皮茨”号战列舰于1941年2月正式服役，作为“俾斯麦”号的姐妹舰，它在整个战争中并没有什么亮点。1944年11月12日，“提尔皮茨”号被英国空军炸沉在挪威林根峡湾海域，舰上902船员随舰沉没丧生。
“沙恩霍斯特”号战列巡洋舰在战争中相当活跃，但最终以一种悲壮的方式结束了自己的使命。1943年12月底，海军司令邓尼茨命令该舰出航袭击英国船队，他们并不清楚已经破译德国海军密码的英国海军派出大批舰船对它进行了围猎。12月26日，“沙恩霍斯特”号身中数百发炮弹和17枚鱼雷，沉没于挪威海域。
“格奈森瑙”号战列巡洋舰是德国海军战绩最佳的大型水面舰船。在经历多次海上恶战后，“格奈森瑙”已经伤痕累累，不得不进入维修厂大修。1943年初，希特勒下令停止对该舰的维修工作，将其主炮拆卸下来用作挪威沿岸的炮台。1945年3月22日，随着战争临近结束，德国海军向“格奈森瑙”躯壳发射了一枚鱼雷，将其击沉。
“舍尔”号袖珍战列舰同样在战争中成绩不俗，该舰最远曾进入印度洋。战争即将结束时，停靠于基尔港的舍尔海军上将号被英国皇家空军轰炸，倾覆并沉没。
“德意志”号袖珍战列舰和“希佩尔海军上将”号重巡洋舰在战争结束时选择了自沉。
“欧根亲王”号重巡洋舰被称为德国海军“最幸运”的军舰，参与了多次重大的作战行动并幸存到战争结束。1945年4月8日，该舰抵达哥本哈根并于5月被英军接管。1945年12月，“欧根亲王”号作为战利品交付给美国。1946年它被作为靶舰被击沉在太平洋。
刺杀希特勒事件发生后，担任海军总监的雷德尔向希特勒重申了自己的忠诚，他在指责党卫军无能的同时，强调海军没有人参与此次事件。1945年4月，当希特勒宣布留在柏林直面战争结局时，雷德尔做出了同样的选择，最终他被苏军俘虏。
雷德尔在莫斯科受到了友好对待，作为回报他也给苏联海军提供了一些技术帮助。1945年10月，雷德尔被控犯有战争罪行，纽伦堡法庭判处他终身监禁。1955年9月，雷德尔因身体原因被提前释放。1960年11月6日，雷德尔病逝于德国基尔港，享年84岁。
