1979年12月27日晚，苏军以突然袭击的军事行动入侵了阿富汗，一夜间，暗杀阿明，推翻阿政权，仅一周之内实现了对阿富汗的军事占领。

苏军为了一举达到占领阿富汗的目的，入侵前对阿富汗进行了全面侦察，搜集了阿富汗的政治、经济、军事等方面的情报，进一步掌握了阿富汗的全面情况。1979年4月，苏派总政治部主任叶皮谢夫大将赴阿富汗进行访问，了解阿政府内部的政治分裂状况。8、9、10月，苏国防部副部长、陆军总司令帕夫洛夫斯基大将率庞大代表团在阿滞留三个月，对阿进行了深入考察。同年12月，苏内务部第一副部长帕普京亲率大批特工人员又抵阿富汗活动。频繁的访问，是苏军入侵的前奏。

长期以来，苏以援助为名，有重点地加强了战场建设。在苏阿边境相接的重要地区，苏帮阿修建了两条战略公路。入侵前，苏工程技术人员在阿附近重镇巴格拉姆市扩建机场，延长机场跑道，修建其他大规模工程，以适应大规模空降、空运作战需要。苏为加强对入侵的指挥，1979年11月下旬，在苏阿边境的帕尔梅兹地区建立由国防部副部长索科罗夫斯基任总指挥的机构，统一空地作战行动。同时，还在该地建立了陆军指挥部，负责协调空运和地面部队的行动。并增设了卫星地面接收站，开设了专门的指挥通信网，以保证不间断的指挥。

入侵部队除空降部队外，主要使用土耳其斯坦军区的兵力(4个师)，还使用了邻近军区苏伊边境的一个师和中亚军区的兵力组成了侵阿集群，侵阿集群的战役组成，包括东路突击群、西路突击群、空降突击群及战役预备队等。

东路突击群的任务；当前任务是占领首都喀布尔，尔后向阿的东部和南部发展进攻，控制阿东部边境。西路突击群当前战役任务是占领兴丹以南及其以北边区，尔后以部分兵力向坎大哈发展进攻，控制阿西部、南部边境。空降突击群在入侵过程中直接配合地面军队行动。预备队留驻阿边境的苏方浅近纵深处，随时准备入阿作战。

苏军在入侵前，为了控制阿重要地区及控制阿军的行动。7月和11月至12月初，苏借口援助阿政府军抗击反政府军保卫一些军事设施和联合清剿反政府武装，先后派遣一个营400人和一个团1500人的兵力进驻巴格兰姆、兴丹空军基地战略要地萨兰山口。11月中旬，苏又以协助阿政府军冬训为名增派了1000余名军事顾问和专家赴阿。这样苏联军事顾问和专家在入侵前一个星期已达4000余人。一个星期后，苏顾问们在喀布尔地区以清查武器弹药、检查坦克技术状况，检修火炮等重新装备为由，集中和拆卸了阿军的主要武器装备，使阿军处于瘫痪状态。并于12月，秘密策划暗杀了阿军总参谋长和保卫局长等。阿政府虽已察明苏军入侵企图，但已难以挽回危局。

入侵阿前20天正是《苏阿友好睦邻合作条约》签订一周年,勃列日涅夫亲自向阿明致电祝贺,声称苏将继续向阿提供"全属无私的援助"。另还突出报道了阿明当选为"保卫革命"全国组织中央委员会主席,得到阿绝大数人民的热烈拥护。在此期间,苏对西方接连发动引人注目的外交和宣传攻势。大肆宣扬苏从东德部分撤军,猛烈抨击北约决定在西欧部署中导。在阿富汗问题上,则诡称巴基斯坦、美国和中国对阿进行"破坏"和"颠覆"。借以制造入侵借口,就在入侵前的第四天,空运开始前一天,苏《真理报》还特意辟谣。指责西方关于苏干涉阿内政的报道是不折不扣的“捏造”。所有这些政治的伪装和外交欺骗，掩盖了苏军入侵的企图，酿成了入侵的突然性。

1979年10月下旬,苏在土耳其斯坦军区和中区军区部分地区进行了动员,对参战2、3类师按战时编制补充了人员和装备。11月入侵部队向展开地区秘密机动,在苏阿边境地区调集了大量武器装备和各类作战物资。12月14日、15日,以远程空运演习为名,首先将白俄罗斯军区的空降第103师和高加索军区的空降第104师各一部调往莫斯科附近,尔后又将其中一部分转往中亚军区的巴尔喀什和奇姆肯特机场。中亚军区空降第105师进驻帖尔梅兹。

1979年底至12月上旬，苏联借口应阿政府的请求，曾先后向阿富汗首都喀布尔机场陆续空运了一个空降团，截止入侵前首都已有苏军2000余人。此外还控制了巴格兰姆、贾拉拉巴德等机场和交通要塞萨兰山口。12月20日至23日，苏各型运输机以平均每日50架次的数量不断向阿富汗运送武器弹药。24日至27日使用安-12、安-22等运输机，将空降兵运至喀布尔国际机场和巴格兰姆机场。空降着陆后，迅速占领机场和附近要地，为军事占领喀布尔作好了充分准备。至此，苏完成了全面入侵阿富汗的所有准备工作。

1979年12月27日晚七时30分,在喀布尔市电报大楼附近发出行动信号,第105空降师在原驻阿苏军和特工人员协同下迅速开进市区,首先夺占喀布尔市电报大楼,包围了总统府、广播电台,切断了通往机场的道路。阿明被打死,仅三个半小时,苏军一举占领了首都喀布尔。与此同时,在巴格兰姆机场的空降兵,也迅速控制了该基地和萨兰遂道。守备在喀布尔的阿富汗政府军四个师在苏顾问的安排下,一部调到外地去镇压穆斯林武装,余下部队正在清查检修武器,基本丧失了战斗力。只在电报大楼和阿明住处发生了短暂战斗。28日凌晨,秘密设在苏中亚地区的广播电台转用喀布尔电台的频率,播发了卡尔迈勒宣告成立新的傀儡政权和处决阿明的声明。

28日凌晨，苏东西两个突击集群，在航空兵掩护下，越过苏阿边界，沿两条战略高速向阿富汗纵深开进。东路突击群的摩步第360师，从帖尔梅兹地区越境，经马扎里沙里夫、萨门冈、普利胡姆里，萨兰遂道于30日进抵喀布尔，迅速于喀布尔第105师会合。尔后继续南下，占领加兹尼、卡拉提、并以一部兵力向坎大哈方向发展。摩步第201师以喷赤和下喷赤地区越过边界，经孔都士、巴格兰姆、萨兰山口到喀布尔，尔后兵分两路向东推进，于1980年1月30日占领贾拉拉巴德，霍斯特等重镇，并封锁了欣加拉山口，凯伯尔山口、源瓦山口、巴德吉山口和穆萨塔耳巴尔山口。摩步第16师为第二梯队在摩步第360师后跟进，入境后驻守马扎里沙里夫，孔都士、萨门岗、巴格兰姆等地，控制战略公路及附近要点，防止反政府武装袭扰，保护后方补给线。

西路突击群的摩步第375师,由库么卡地区越境,经赫拉特于12月30日前出到兴丹,尔后继续沿公路南进,在空降兵和摩步第360师一部协同下,于1980年一月2日攻击了坎大哈,3日封锁了通往巴基斯坦的山口和阿富汗的西部边境,摩步第66师从阿里巴特地区越过边境,经卡腊巴格、赫拉特南下占领兴丹。摩步第54师为二梯队,入境后,防守赫拉特地区,保护后方补给线。

在地面部队推进过程中，部分空降部队由喀布尔、巴格兰姆机场起飞，以机降方式先期占领了赫拉村、兴丹、坎大哈等机场。策应地面部队的进攻。由于阿方未能进行有组织地抵抗，苏地面部队很快占领了阿全境，一周内便控制了阿全国主要城市和交通干线，并控制了阿巴、阿伊边境的主要通道。

苏占领阿富汗后，侵阿集群总指挥部由帖尔梅兹地区移至喀布尔市，前线航空兵指挥所移至巴格拉姆市。战争初期至此结束。

苏完成对阿的军事占领后,经过短时间的休整,除留少数兵力守卫重点城市和交通要道外,主力于一月下旬对阿抵抗力量发起了全面扫荡,即所谓"春季攻势"。在此期间,苏军集中优势兵力,多路出击,先后攻占了坎大哈、法扎巴德巴米安,加德兹、赫拉特等城市的周围地区以及库纳尔谷地和潘杰希尔谷地。

但是，苏军的全面扫荡并没有完全实现预期目的。阿抵抗力量在战争中逐步掌握了"化整为零,打了就跑"的游击战术,避免与苏军正面交战,使苏军的大部队围剿成了"拳头打跳蚤",不仅未能大量消灭抵抗力量,反而经常遭其袭击。因此,5月下旬,苏军停止了全面扫荡,一面玩弄"部分撤军"的骗局,一面固守主要城镇和交通要道,准备下一步的军事行动。

全面扫荡失败后，随即调整部署，改变战术，从1980年下半年起，开始了以确保控制阿北部地区为重点“搜索与歼灭”式清剿。在此阶段，苏军为保证与苏境内相连的两条战略公路畅通，特别注意清剿在阿北部数省，尤其是东北数省的阿游击队。阿北部地区的游击队在苏军的不断打击下，损失较大。在确保控制北部的同时，苏军在阿南部，特别是东南部各省逐步展开了争夺。

经过两年多战争，苏军基地控制了阿北部各省，但在南部和中部地区，阿抗苏游击队逐步发展壮大，并借助外部援助，形成了一些相对稳定的游击基地，苏军反游击作战的重点也随之转向对游击队基地的围剿。这一阶段时间较长，包括了若干次接近战役规模的军事行动。其中影响最大的有对潘杰希尔谷地的第5-8次围剿，1985年对霍斯特地区的围剿，1986年4月对扎瓦尔地区围剿等。在这些军事行动中。苏军和阿政府军出动大批兵力(少则8、9千人，多达2万余人)，大量坦克和步兵战斗车，并广泛使用轰炸机，歼击轰炸机对游击队基地进行高空炮和轰炸。但是这种重点围剿只能赶跑高度分散的游击队，围剿结束后，游击队多数又回到原地活动。

苏联逐渐意识到了阿富汗是不可能被征服的，自己每年要投入25-30亿美元到阿富汗战场上，结果却是一地鸡毛，随着苏联国内经济形势的持续恶化，苏联已经负担不起这场战争了，1988年4月14日苏联签订日内瓦协议，开始于同年5月15日从阿富汗撤军，1989年2月15日，在阿富汗的11.5万苏军全部撤出，苏阿战争宣布结束。