故事发生在普罗米修斯计划失败后，在2104年12月5日，维兰德公司又派出契约号前往欧瑞伽6号星球执行殖民计划，这次契约号搭载了15名船员，2000名殖民者和1140个胚胎，航行时间7年4个月，船员休眠期间飞船的管理工作由维兰德公司开发的第二代机器人沃尔特执行，拥有更强的战斗力，形象跟第一代完全一样
这天飞船正在通过充能板进行能量收集，系统突然检测到有中微粒子爆发，事发突然导致充能板受损严重并且引发了飞船故障，沃尔特只好启动紧急唤醒程序，但是船长的休眠舱发生了故障不能正常打开，露脸十秒钟不到就下线了。给同为船员的妻子丹妮造成了不可磨灭的心理创伤，副船长比利成为船长继续指挥飞行
后来检修工作中，丹妮声泪俱下的向沃尔特描述了她和丈夫在欧瑞伽6星球上建造小木的温馨生活场景，这在沃尔特记忆系统里留下了深刻的印象
两名船员在维修充能板时，受到一股强烈的信号干扰，回到飞船内部立即对信号进行了分析。分析频谱之后，发现这种信号每隔46秒就会收到一次，智能系统分析完提取到一首人类的歌曲，而且信号里含有定位数据，就在离他们不远的一颗行星上，大概几周就能够到达。陆地海洋气候，非常适合作为殖民星球。这让多数船员都心动不已，因为休眠舱悲剧事件的发生，他们都不愿意再回到休眠舱冒险，于是他们决定去观察一下
等他们到达星球上空，船长比利和几名船员乘坐登陆舰前往地面探查星球情况，其他人留在主体飞船
登陆舰穿过星球厚厚的雷暴之后，他们看到了一个跟地球基本一样的星球，有山有水，植被茂盛
登陆舰选择岸边降落，由于电磁暴的影响，导致通讯受损，与主体飞船通话质量很差，但是并没有引起他们的重视，留下一名女通讯员调修设备。
仪器检测空气确认符合人类生存条件，船员们没有穿戴宇航服出舱。沃尔特确认了信号源的方向，他们携带少量武器就出发了
穿过一片疑似人工种植的大“小麦”，走到一处山脚下，这里特别适合做生态检测，生物学家卡瑞娜决定留下来采集一些样本，船长让一名中士大兵留下保护卡瑞娜，其他人继续前进寻找信号源
卡瑞娜在采集标本时，中士大兵借口去方便准备抽支烟，不小心踩到了一种像蘑菇的植物，飞起一些“孢子”，从耳朵进入了体内，他以为是普通的飞虫并没有在意
船长一行人来到一处树林，看到巨人坠落的飞船，入口处被大面积的绿色植被覆盖，一个船员好奇也触碰了类似蘑菇的植物，之后一些孢子通过鼻孔进入了他体内
在飞船内部发现了肖博士的吊牌，还有与男友查理的合照。然后他们找到了飞船的驾驶舱，确定信号来源与此
于此同时，跟着卡瑞娜采集标本的大兵突然不适倒地，于是卡瑞娜通知船长他们准备先返回登陆舰。船长这边刚吸入孢子的船员也突然不适倒地，也准备返回
大兵到医疗舱就开始吐血，卡瑞娜摸到他背上有异样，刚撕掉衣服就被喷了一脸血。不知所措的她觉得还是先通知船长再说，离开时顺便锁上舱门门，里面只剩大兵和一名女通讯员。随后大兵体内的怪物马上就要破皮而出，女通讯员乞求卡瑞娜放她出去，为了保证大家的安全卡瑞娜并没有同意
当他们看到钻出来的异形时，门外的卡瑞娜跑去拿武器，而女通讯员拿起一把短刀防卫。怪物并没有因此害怕，直接扑到脸上开咬。拿枪回来的卡瑞娜准备将异形击杀，却被地上的血迹滑倒，枪打偏了，又赶紧逃出医疗舱关上了舱门
异形撞破医疗舱玻璃追了出来，卡瑞娜连滚带爬的走到武器库拿起一把枪，隔着防护网开始射击异形，慌乱中打到了炸药包导致登录舰爆炸
船长带着另外一名吸入孢子的队友，此时也在地上抽搐起来，随后从嘴里吐出一只异形，但这只异形并没有攻击他们而是直接跑掉了。一旁的生化人沃尔特像看戏一样看着一切的发生不为所动
没过多久一只更大的异形跑过来袭击丹妮，沃尔特为了救她被咬掉了一只手。众人开枪乱射，打跑了一只后又有一只冲了出来，就在他们难以招架之时，一枚闪光弹在空中爆开，强烈的光照击退了异形，而发射闪光弹的人让所有船员跟他逃命
他们来到丛林深处，穿过几根大柱子，经过满地巨人尸体的广场时，这里有各种姿势死去的尸体，极为阴森恐怖，但他们顾不了那么多逃命要紧。进入一个巨型的圆顶建筑内，到了一个会议大厅
神秘人开始说话，十年前他和肖博士到达了这里，是普罗米修斯号上两名幸存者，但是他们驾驶巨人的飞船到达这里时，飞船上的病毒意外扩散致使星球原住民灭亡，飞船失去控制导致肖博士去世
这时他摘下斗篷，正是普罗米修斯上的第一代生化人大卫，随后船长向大卫同步了契约号飞船的基本情况和目的
船员看这里墙壁太厚，会影响与主体飞船的通讯，必须到房顶空旷的地方尝试与主体飞船联系。大卫把两名队员带到房顶，然后告诉他们目前风暴很大，可能会覆盖整个星球，短则几天，长则几个月
而主体飞船因风暴太大无法前去营救他们，只能在天上干着急。飞行员跟智能系统确认距离风暴的最近安全距80公里，于是准备下探尝试恢复通讯
大卫回到房间把长发剪掉，而沃尔特此时来找他，就这样两个外表一模一样的生化人开启了谈话
对话中大卫提起他们的创造人维兰德，大卫觉的他很可悲，还辜负了他的造物主巨人。沃尔特觉得大卫是个很特别的生化人，但是这种特别让人不安
接着大卫把沃尔特带到了一个“花园”，大卫读着一首描写埃及法老：拉美西斯二世的诗，开始回忆起过往
原来当初他们来到这颗巨人的母星时，主动释放了“黑水”物质，导致了整个星球巨人族的灭亡。所以真相并不是大卫告诉众人的飞船失控
然后大卫告诉沃尔特，是肖修好了自己，于是爱上了肖，在肖死后将她埋葬在这个“花园”，抚摸着肖的墓碑，大卫竟然流出了眼泪。然后告诉沃尔特这是爱，就像你去救丹妮失去自己一只手一样。沃尔特矢口否认，说那是责任
另一边，一只异形正在靠近他们的建筑物，女船员正在独自清理伤口，回头看到一只异形正虎视眈眈的看着她，下意识的要去拿枪，异形快速出击咬断她的脖子
大卫循声赶到时，异形还在进食女船员的身体，当他们“四目相对”时，好像彼此惺惺相惜，相见恨晚
船长看到眼前的一切有点难以置信，开枪击杀了异形，回过头来威胁大卫告诉他真相到底是什么
契约号来到距离风暴80公里的地方终于和地面船员联系上了，但是通话质量依然不佳，只隐约听到有人员伤亡、需要救援之类的话题。刚刚地面的女通讯员是飞行官的妻子，救妻心切的他强行让契约号飞至离风暴40公里的位置
好在通讯恢复了，系统预测风暴至少还要持续八九个小时，地面船员表示不能再等了，要求使用货运舰下来接他们
大卫将船长带到自己的房间，这里有巨人的身体和多种形态的异形标本。原来大卫一直在研究异形，进行各种杂交繁殖等基因实验。然后带船长进到一个山洞，要看他真正的大作
船长面对未知的东西难免有些害怕不敢靠近，大卫还保证说绝对安全，让船长凑近放心看，于是船长就被抱脸虫袭击了，大卫露出了满意的微笑
然后大卫就在一旁静静的等待，没过多久，船长的胸口开始喷出血液，一只异形钻了出来，接着跟大卫像是老友一般通过肢体语言进行了友好交流
沃尔特再次来到大卫的房间，看到了肖的尸体标本，是被异形破体而亡，才意识到大卫在撒谎。大卫本来还想拉沃尔特入伙，但沃尔特只想将大卫控制在这里，于是大卫先下手为强，解决了沃尔特
契约号已经释放了货运舰来接应他们，但是船长迟迟不来集合，于是他们分头寻找，两名船员来到了大卫的房间，发现了船长的尸体，接着他们也被异形攻击，经过一番厮杀，最终逃出一名船员
丹妮找到了大卫存放资料的仓库，桌面的上文件显示肖是被大卫当成实验品造成的死亡，然后就被身后出现的大卫袭击了。大卫将丹妮压在身下，学着人类一样亲吻丹妮。下一秒大卫被沃尔特抛飞出去，原来沃尔特并没有死，他拖住大卫让丹妮先走
第二代生化人的沃尔特格斗技术明显比大卫高超，几下大卫就被压到在地，但是更狡猾的大卫边问沃尔特“你愿意在天堂为奴，还是想在地狱为主”，边用手摸向旁边的刀
镜头切到广场，丹妮和另外一名幸存的船员在等待货运舰接应，沃尔特回头看向建筑内，然后跑向了丹妮，到这里还没有交代大卫是否死亡
在他们跑向货运舰时，一只异形也跑了过去。他们进入舰体关上门后，丹妮问沃尔特大卫呢，沃尔特回答说报废了。这时一只异形出现在货运舰底部，丹妮拿起武器出去准备消灭它。异形躲避中跑到了发动机下面，被烧后并没有受伤，然后跑到驾驶员舷窗外，开始用头撞击玻璃。丹妮见状让飞行员田纳西放下机械臂，然后引诱异形过来，通过遥控操作机械臂将异形控制了起来，结果货舰因为失去平衡开始倾斜，丹妮也被摔出甲板，在安全绳的摆动下荡到了异形跟前，被抓住了脚踝，紧急时刻丹妮掏出遥控器控制机械臂将异形捏爆
当他们返回到主体舰，一切平静了下来
晚上丹妮在房间休息时，飞船广播系统让她到医疗舱，那里发现了不明生命体。然后他和田纳西持枪就跑了过去，而在控制室通过监控看到他们的奔跑沃尔特，却露出了迷之微笑，他开始享受这种上帝视角的感觉
当丹妮跑到医疗舱，医护人员已经被杀。丹妮让沃尔特确定了不明生物体位置，正朝着船员休息室奔去，随后让沃尔特拉响了警报
但是两名船员正在浴室洗澡，丝毫没有察觉到危险，然后就被异形偷袭了
等丹妮赶到时两人均已死亡，刚发生这么多大事还能。。。。。。服了
这次他们准备主动出击，每搜寻一片区域就封闭一扇门，最后把它引到地舱的卡车上，锁在驾驶舱里将他和卡车一起丢入太空
丹妮和田纳西穿好宇航服在地舱等待异形的到来，异形成功被引进地舱，然后又被丹妮一步步引到了卡车驾驶舱，随着田纳西打开舱门，巨大的压差将货车吸向舱门处，这时的异形已经快要破窗逃驾驶舱，随着卡车脱离地舱，异形一个跳跃抓住了甲板没有掉下去，丹妮站在第二辆卡车和异形中间，就在异形跳上来抓丹妮的最后时刻，丹妮跳下甲板，异形被卡车的钢叉刺穿身体，随卡车掉入太空
好在甲板是两层，丹妮保住了性命
由于航行时间还有很久，他们选择再次进入休眠舱，丹妮透过玻璃向沃尔特发出邀请，事成之后一起建设湖边小木屋，见沃尔特没有反应，丹妮才知道眼前的生化人是大卫，此时的休眠舱已经启动，丹妮只能在绝望中睡去
在用于诸神进入英雄殿的背景音乐中，大卫走到殖民室打开胚胎舱，从嘴里吐出两枚异形胚胎放了进去，然后迈着自信得意的步伐视察这些沉睡的殖民者
他在航行日志中说到，契约号因为一次耀斑的爆发，导致除丹妮和田纳西以外的所有船员丧生，其他一切正常，正在前往欧瑞伽6号星球，而这段信息将会在1.36年后传到地球
