功大莫过于勤王。陶侃回到了江陵后，朝廷任命陶侃为侍中、太尉，加羽葆鼓吹，改封为长沙郡公，食邑三千户，赐给了绢八千匹，另外负责都督交、广、宁七州军事。陶侃认为江陵偏远，移镇巴陵。派遣咨议参军张诞进讨五谿夷，降之。
这时候，江州又发生了变乱，后将军郭默假称圣旨袭杀了平南将军刘胤，自称江州负责人。陶侃收到情报后说：“此必诈也！”不等朝廷命令，立即派遣将军宋夏、陈脩带兵占据湓口，自己亲率大军跟进，摆出了一副讨伐郭默的阵仗。郭默慌了，派人给陶侃送了很多美女和财物，并把自己杜撰的圣旨抄了一份呈给陶侃。陶侃的幕僚纷纷对陶侃说：“如果郭默没有朝廷授意，他怎么敢发动兵变？如果要进攻郭默，最好还是等朝廷的正式命令。”陶侃厉声说：“皇帝年龄这么小，国家大事肯定不是皇帝的本意。更重要的一点，刘胤这个人虽然不是独当一面的材料，但是一直忠心朝廷，并受到朝廷的礼待，朝廷怎么会突然就秘密下诏处死呢？郭默这个人骁勇善战，而且为人残暴，他肯定认为苏峻之乱刚过去，国家政策宽松意在稳定人心，所以他想乘机捞好处。”
陶侃做好了战斗准备，但是此时朝廷任命郭默为江州刺史的圣旨却到了。陶侃赶紧向朝廷上表请求讨伐郭默，还给王导写了一封信，在信中陶侃写到：“郭默杀刺史，就任命郭默为刺史；如果他杀了宰相，那么就任命他为宰相吗？”王导自知理亏，给陶侃回信写到：“郭默占据了建康上游，而且控制着江州的军队辎重，之所以任命他为江州刺史，只不是为迷惑他做的表面文章，为的是争取一个月的准备时间，时间一到，您的大军兵临城下，朝廷也做好了防御准备，郭默自然就成了瓮中之鳖了。我忍辱负重、一片苦心可全是为了江山社稷啊，难道您还不理解？”陶侃看了王导的信后，笑着说：“我看王导是遵养时贼也。”
陶侃大军一动，郭默那边就慌了，没等双方交战，郭默的部将宗侯就发动了兵变，把郭默父子五人和张丑绑送给了陶侃，陶侃当场斩杀郭默等人。
按说郭默也是一名勇将，当年在中原多次与石勒等死磕，好汉惜好汉，石勒十分佩服郭默的作战勇敢，此时石勒已经统一了长江以北中原地区，听说陶侃兵不血刃就擒住了郭默，内心深处更加忌惮陶侃了。陶侃的儿子陶瞻是被苏峻的部将冯铁杀死的，苏峻死后，冯铁投降了石勒，并被委任为边将。陶侃给石勒写了一封信，说明了冯铁杀害陶瞻的经过，石勒为与陶侃搞好关系，当即派人处死了冯铁。
郭默之乱被平定后，朝廷任命陶侃都督江州，领江州刺史，给陶侃增置左右长史、司马、从事中郎四人，掾属十二人。陶侃回到巴陵，为了工作需要又移镇武昌。
陶侃是个知道感恩的人，当自己能力越来越大后，对帮助过自己的人也给予了回报。陶侃任命张夔的儿子张隐为参军、范逵的儿子范珧为湘东太守，把刘弘曾孙刘安招到自己身边培养，上表争辩梅陶的功过，等等，凡是曾经帮助过陶侃的人，陶侃都是想方设法给予回报。
陶侃派儿子陶斌与南中郎将桓宣西伐樊城，赶走了石勒的将领郭敬。派侄子郭臻、竟陵太守李阳等攻占了新野，收复了襄阳地区。
朝廷下诏，陶侃官拜大将军，剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名。这些荣誉称号都是朝廷能给予人臣最高的荣誉了，第一个获此殊荣的大臣是萧何，陶侃立即上表固让，表中说：“臣非贪荣于畴昔，而虚让于今日。事有合于事宜，臣岂敢与陛下有违，理有益于圣世，臣岂与朝廷作异。臣常欲除诸浮长之事，遣诸虚假之用，非独臣身而已。若臣杖国威灵，枭雄（成汉李雄）斩勒（后赵石勒），则又何以加！”（大体意思是，我并不是假情假意的推让，我是真心不想接受这些荣誉。如果有一天我平定了海内，真有那一天，朝廷该怎么奖励我？）
咸和七年（也作九年）六月，陶侃病重，上表逊位称：
臣少长孤寒，始愿有限。过蒙圣朝历世殊恩、陛下睿鉴，宠灵弥泰。有始必终，自古而然。臣年垂八十，位极人臣，启手启足，当复何恨！但以陛下春秋尚富，余寇不诛，山陵未反，所以愤忾兼怀，不能已已。臣虽不知命，年时已迈，国恩殊特，赐封长沙，陨越之日，当归骨国土。臣父母旧葬，今在寻阳，缘存处亡，无心分违，已勒国臣修迁改之事，刻以来秋，奉迎窀穸，葬事讫，乃告老下籓。不图所患，遂尔绵笃，伏枕感结，情不自胜。臣间者犹为犬马之齿尚可小延，欲为陛下西平李雄，北吞石季龙（石勒），是以遣毋丘奥于巴东，授桓宣于襄阳。良图未叙，于此长乖！此方之任，内外之要，愿陛下速选臣代使，必得良才，奉宣王猷，遵成臣志，则臣死之日犹生之年。
陛下虽圣姿天纵，英奇日新，方事之殷，当赖群俊。司徒导（王导）鉴识经远，光辅三世；司空鉴（郗鉴）简素贞正，内外惟允；平西将军亮（庾亮）雅量详明，器用周时，即陛下之周召 也。献替畴谘，敷融政道，地平天成，四海幸赖。谨遣左长史殷羡奉送所假节麾、 幢曲盖、侍中貂蝉、太尉章、荆江州刺史印传启戟。仰恋天恩，悲酸感结。（写的真好！我怕用白话文侮辱了这些文字）
表上，陶侃把后事托付给有司马王愆期，加都护，统领文武。
办完这些事，陶侃毅然乘车在临津码头登船，第二天，薨于樊谿，时年七十六。
陶侃死后，东晋成帝下诏曰：“故使持节、 侍中、太尉、都督荆江雍梁交广益宁八州诸军事、荆江二州刺史、长沙郡公经德蕴哲，谋猷弘远。作藩于外，八州肃清；勤王于内，皇家以宁。乃者桓文之勋，伯舅是凭。方赖大猷，俾屏予一人。前进位大司马，礼秩策命，未及加崇。昊天不吊，奄忽薨殂，朕用震悼于厥心。今遣兼鸿胪追赠大司马，假蜜章，祠以太牢。魂而有灵，嘉兹宠荣。”给陶侃的谥曰“桓”，祠以太牢。陶侃遗嘱把自己葬在长沙南二十里，故吏为了纪念陶侃，在武昌西刻石、立碑、画像。
