1911年，辛亥革命爆发。吴淞的复旦校舍被光复军占用，复旦公学被迫迁往无锡。
局势稳定后，复旦公学师生回到上海已无处可去。73岁的马相伯多方奔走，复旦才得以在上海徐家汇李公祠复校。
同时，复旦公学校董会获得重组，除马相伯外，孙中山、于右任、陈其美、程德全、唐绍仪、王宠惠等也成为校董。
南京临时政府为表示支持，还拨出十万大洋作为补助。
1912年10月，马相伯将复旦师生安排妥当之后，便应南京临时政府教育总长蔡元培之请，北上任北京大学代理校长。
不久，他辞掉了北京大学代理校长的职务，全力组建中国最高学术研究机构一函夏考文苑。但该计划超越了当时人们的理解力和时代的社会条件，未能推行实施下去。
1913年，复旦公学由李登辉接任校长。
1920年，翻译了《共产党宣言》首个中文全译本的陈望道入职复旦大学。
在这些有志之士的带领下，复旦人继承了马相伯留下的优良传统，继续奔走活跃在救亡图存的民族历史中。
马相伯怀着教育救国的远大理想，鞠躬尽瘁，为复旦日后的繁荣发展奠定了坚实的基础。 他的这种忘我的精神，是后来李大钊“惟知跃进，惟知雄飞”的真实写照。
1914年，马相伯的儿子马君远病故。此时的马相伯，早已将所有家财用于兴办教育，一大家子过得捉襟见肘。学生们知道他们家生活过得清苦，凑送了一万大洋，作为马相伯年仅六个月的孙女马玉章的教养之用。没想到马相伯转眼就把此款移做上海启明女校的办学经费。
为发展国家教育，马相伯尽捐家产，他将自己年迈的身体熬成灯油，成为那段黑暗的中国历史上的一束亮光。
1931年9月18日，日本关东军突然炸毁沈阳南满铁路铁轨，炮轰北大营，并同时向吉林、黑龙江发起军事侵略。
日本军扶持清未皇帝溥仪建立了傀儡政权 “满洲国”，九一八事变爆发了。
九一八的枪响，激怒了全国人民，同时，也击碎了马相伯教育救国的希望。
此时，92岁高龄的马相伯已经退隐了12年，居住在上海徐家汇土山湾。他不顾年迈的身躯，四处奔走、积极呼吁团结抗日，以“百岁青年”的雄姿积极投身到抗日救亡的洪流中。
面对国难，马相伯坚决主张对内团结、对外抗战，被尊为“爱国老人”。
他严厉谴责日本侵略者，积极参与组织救援难民和伤员的活动，并发表宣言和广播演说，追究责任、声讨祸首，呼吁国内实行民主改革。针对蒋介石的不抵抗政策，马相伯直接斥责其为“缩头乌龟”。
此时，他栖居在上海土山湾的“乐善堂”，已成为中国人民抗日战线的一个重要民主堡垒。
面对支援前线的抗日义勇军，马相伯亲自在街头挥毫作榜书、对联进行义卖，共为抗战筹得十万元。他还先后发起组织江苏国难会、不忍人会、中国国难救济会和全国各界救国会等爱国救亡团体，被公认为救国领袖、爱国老人。这期间，马相伯主张民治救国，他称人民为“国家柱石”，认为“抗日救亡惟有赖于人民”。
九一八事变爆发后的4个月内，马相伯连续发表了12次拯救国难的广播演讲，为抗日救国奔走呼号，呼吁全国人民团结抗日。马相伯深刻剖析当下现状，揭露日本帝国主义的罪恶行径，呼吁国人：自赎自救，群策群力，共赴国难。
1935年，日本在蒋介石政府的 “不抵抗”政策下，进一步加强对华北的侵略，企图实行 “华北五省自治”。
8月1日，中国共产党发表了《为抗日救国告全国同胞书》，即《八一宣言》。马相伯一再诵读、拍案叫好，称赞中国共产党为“道道地地的爱国党派。”
不久，一二·九运动爆发，掀起全中国抗日救国新高潮。在当时的上海，首先响应北平一二·九运动，并成为上海地区主力军的是复旦大学的学生。马相伯闻讯，特致函称赞他们：“为国难而驰驱，餐风宿露，不遑宁处，余闻而大慰。”
同年12月12日，以马相伯为首的283个文化界人士联合发表著名的《上海文化界救国运动宣言》。12月27日，上海文化界救国会正式成立，马相伯、沈钧儒、章乃器、邹韬奋、陶行知等30余人被选为执行委员。当天，《上海文化界救国运动第二次宣言》发表，提出停止一切内战，迅速建立民族统一战线等系列倡议。
1936年1月，“上海各界救国联合会”成立，马相伯被推为主席团成员。在马相伯等有识之士的大力推动下，全国各地的救亡团体如雨后春笋相继成立，爱国声势一日更壮一日。
1936年6月，全国60多个救亡团体在上海正式成立“全国各界救国联合会”，马相伯和宋庆龄、何香凝、蔡元培等人被推为执行委员。这一联合会成立，标志着全国抗日救亡统一战线初步形成。
活跃于上海的各类救国会活动激怒了蒋介石政府。1936年11月23日，南京国民政府以“危害民国”罪逮捕了救国会领导人沈钧儒、章乃器、邹韬奋、李公朴、沙千里、史良才、王造时七人，并于次年4月3日向沈钧儒等人提出起诉书，于6月11日和25日在江苏省高等法院两次开庭审讯，史称“七君子事件”。
爱国领袖被捕，震动全国，宋庆龄、马相伯等全国各界人士纷纷向国民党提出抗议，开展声势浩大的营救运动。
马相伯激愤难平，四处奔走竭力营救“七君子”。在宋庆龄、马相伯等人的多方斡旋下，1937年7月31日，沈钧儒等7名救国会同志最终被释放。
“七君子事件”尚未结案，抗战随即爆发，江苏高等法院实际已无法办理该案，需要移转他地继续进行。经过一番周折，最终于1939年1月由四川高等法院宣布撤回对“七君子”的起诉，案件至此结束。
抗战全面爆发后，马相伯在撤退至昆明的途中，因病滞留越南凉山。
马相伯病居谅山期间，胡愈之曾到访，马先生仍期以抗日救国为重，沉痛地说："我是一条狗，只会叫。叫了一百年，还没有把中国叫醒。"
病中的马相伯曾把孙女马玉章叫到身边，问道："孩子，爷爷没有给你留下一分钱，连你自己的钱，爷爷也没有留给你，你恨爷爷不恨？" 孙女马玉章道："爷爷，你把我教养成人，我没有能孝顺你，怎么能怨你呢？"
1939年4月7日，是身处越南谅山的马相伯的百岁寿诞。抗日后方重庆等地为他百岁生日举行了盛大的庆祝活动，国民政府褒奖他为"爱国老人"。中共中央也特地发去贺电，评价先生为"国家之光，人类之瑞"。此外，各政党官员、学界名流都纷纷致电向他祝贺。马相伯将此次寿诞收到的礼金，全部捐献给了抗战中的伤兵和难民。
马相伯95岁大寿之际，冯玉祥将军请杭州都锦生丝厂制作的"国之大老"绣像。
1939年11月4日，马相伯在越南谅山逝世，那时，距离抗战胜利仅差六年。
临死前，他说：“我是一条狗，只会叫。叫了一百年，还没有把中国叫醒。”
他逝世的消息传回祖国，举国为之悲痛，弟子于右任敬挽之曰：“光荣归上帝，生死护中华。”
马相伯的一百年，生于乱世、长于乱世、逝于乱世。不止是他，那时候每一个中国人都像是一只丧家之犬，经历了中华民族最黑暗的时刻。
“有的人死了，可他却还活着”；有的人“死”了，才开始真正地活。
马相伯走了，但留下了复旦大学，留下了教育救国、兴国、强国的梦想。马相伯，代表的是近代中国无数仁人志士对中华民族伟大复兴的苦苦追求，对站起来、富起来、强起来的无限渴望。
马相伯身后的第二个一百年，中华民族终于站起来、富起来、强起来了。
马相伯的一生，始终把爱国作为最深层、最根本、最永恒的价值坐标，始终和国家、民族同向同行。正如他百岁寿诞之时中共中央致电时所言，他就是“国家之光，人类之瑞”。
马相国的拳拳爱国之心，将永远熔铸在中华民族伟大复兴的光辉史册。
