，1948年9月16日，一个雷雨交加的夜晚，军事情报第八局局长谭忠恕，被一阵急促的电话铃声吵醒，接到电话后他立即开车赶到局里。情报处长齐佩林向谭忠恕报告犯人秦佑天中共江苏省委联络员，代号C7，说一定要见谭忠恕，他要指认一个打进八局多年的中共卧底。值班室里，一名叫钱宇的中共地下党正在销毁一份口供资料，待谭忠恕他们冲进去时，他已经咬氰化钾咽了气。谭忠恕决定去饭店亲自审讯那个中共联络员，齐佩林立即拨打饭店的电话但无人接听，这时一个特务跑进来报告，亚新饭店几分钟前有人开枪。谭忠恕带人赶到饭店，那个联络员和几个看守的特务全部中弹死亡。

在那份还未完全烧掉残缺的口供里，还有一些联络点和一个叫水手的字迹仍然可见。谭忠恕下令按口供里提供的情报迅速行动，抓捕了一批地下党和嫌疑人，其中盖斯勤牙科诊所就有十几个看病的人被被帶进八局进行询问接受调查。端掉了口供上的联络点，上海的地下党组织因此遭受到重大的损失。令谭忠恕不安的是，秦佑天关在饭店的消息是如何泄露出去的？他思来想去，还有一种可能有人用他的专线把情报传送出去了。想到这里，这局里面他肯定还有共产党的卧底；还有那个水手又出现了，这更令他感到头痛。

负责秘密木马计划的八局行动处处长李伯涵，在秦佑天被杀的现场，根据秦佑天中枪的位置和弹导的分析，他认为死者中枪之前打伤了那个杀手。刘伯涵分析得没错，这个人就是刘新杰，他是中共地下党在军情八局卧底的特工。他从钱宇在谭忠恕办公室专线打出来的电话，得知秦佑天叛变后在亚新饭店位置，在谭忠恕到达军情局这段时间內赶到饭店，击毙了警卫和秦佑天。意外的是一名还未断气的警卫开枪打伤了他，他打死这名警卫后迅速撤离。谭忠恕下令医务处马尉然负责局里所有人员都要进行检查，一定要查出那个受了枪伤的人来。

刘新杰来到阿九的住处，两个十年未见的亲兄弟紧紧拥抱在一起，阿九介绍了自己老婆宋敏仪。刘新杰告诉阿九和宋敏仪，要他们准备好电台和枪支等，布置了他们接受新的接头任务。谭忠恕要李伯涵调查刘新杰，这让李伯涵感到有些意外，他知道刘新杰和谭忠恕的关系。他不相信任何人，要说局里有共产党的卧底，他第一个怀疑的人就是刘新杰，他有野兽一般的直觉。可令他没想到的是，谭忠恕也给刘新杰下达同样调查李伯涵的命令。他之所以这样做，这是他最迫切需要证明这两个人是清白的。

刘新杰利用那个医务处马蔚然的女儿在解放军部队为要挟，亲生女儿是共产党，这是他致命的秘密，刘新杰顺利地通过体检关。后来马蔚然的未婚妻在地下党的帮助下，摆脱了特务的监视成功逃离，不久马蔚然也顺利到达解放区。

一则寻人启事出现在报纸上，刘新杰知道，这是再次接头的召唤，他在猜测对方究竟是个什么样的人呢？一见面双方都吃了一惊，竟然都是熟人。对外身份是校长的段海平对刘新杰说，我就是水手，今后你通过我接受中央指令，他对刘新杰说第八局有个木马计划，中央指示要不惜一切代价破坏木马计划。你现在的任务就是要了解木马计划内容，直接向我汇报，将来破坏木马的行动必须由你来完成。段海平还告诉刘新杰，以后有什么信件要告诉他，直接寄到东南路173号艾文书屋，这是他的一个联络点。

潭忠恕告诉齐佩林说，东北战局对我们十分不利，不久的将来华北华东将成为战场。国民党制订了一个撤退计划，谭忠恕把一份准备撤退去台湾人员的名单递給齐佩过目。后又说有许多高级特工会留下来潜伏，为将的反攻做内应，他希望早点找出隐藏在局里的这个共产党的卧底，不能给潜伏人员留下隐患。刘新杰根据李伯涵以前发报的地址，推测木马计可能在一个海岛上秘密进行，他把这个想法告诉了段海平，段海平决定上报中央，让他们组织人手对这片海区域和这个岛屿进行侦查。

李伯涵怀疑八局的卧底就在高层中，他的手下丁三发现刘新杰这段吋间密切接触的人有段海平，而他是刘新杰的朋友。这个段诲平也在上次盖斯勒牙科诊所嫌疑人的名单中。李伯涵吩咐丁三展开对这两人的秘密调查，因为有这个卧底的存在威胁木马的安全。

谭忠恕交给刘新杰一项特殊任务，秘密处决26名从外地转来的被捕共产党人，刘新杰把这个棘手的问题向段海平作了汇报。联络员阿九告诉刘新杰，八局一个叫李德元假投诚已到解放区并通过审查，因为他检举揭发了一个潜伏在解放区的特务组织立了功。刘新杰安排他到李德元家仔细拍照，要秘密进行，不可被`人发现。刘新杰利用媒体对二十六名被捕关在九曲桥监狱的共产党人的关注来拖延时间，他要阿九收集二十六具尸体和两辆外表相同的卡车，同时派宋敏仪以给犯人检查身体为名，去监狱寻找以前认识的人季阳接上头，让他们在里面组织起来策应，随时为营救作最后的准备。

敌人分头同时发起突击行动，毕玉海的牺牲和图们江酒店联络点被发现遭搜查，敌人在作最后的挣扎，对敌斗争的形势越来越危险，作为地下党的负责人，水手段海平感到了从未有过的压力。由于叛徒的出卖，图们江联络点负责人边日南在撤离上海时被发现，刘新杰奉命带人去抓捕。他支开身边的特务见到边日南后，刘新杰告诉他已无法逃脱，自己会用枪打穿他的肺部被送往医院抢救，到时再想办法营救他。刘新杰把这一情况及时间向水手作了汇报，水手对他说以后的事就交给他了。

边日南的被捕，水手只得又启用周汉亭，因为周汉亭以前暴露过，他是否会被敌人找到，这是无法判断的。他和周汉亭接头，说边日南在胡昌广纪念医院，他问医院有咱们的人吗？周汉亭说有一个行动小组，水手说南京来的特派员马上就会到，并告诉他接头方式。这里你通知行动小组做好应急准备，随时待命，周汉亭表示没问题。敌人用药水注射控制边日南的意志使他吐真言，眼看就要泄露水手的秘密了，这时他想起刘新杰对他说的“醒来以后一定要保持松驰，呼吸急促或者肌肉紧張，都有可能造成大出血，命就保不住了。”恰巧此时营救他的人切断了电源并和警卫的特务发生枪战，边日南用刘新杰说的救命办法故意用来结束了自己的生命，敌人阴险狡诈的审讯毒计宣告失败。

潭忠恕认为木马计划已完成，在会议上公布了木马计划的内容：就是一个训练加潜伏的计划。接着李伯涵具体介绍了木马计划的基地，是一个无名小岛，名字叫NC5，在上海以东八十海里的地方，有三百个学员，接受为期一年的训练。第一个项目训练，现在已经完成；第二个项目潜伏，一个小时前已开始了。

刘新杰营救二十六名被捕的共产党人的行动正式实施，按照方案把犯人全部押往一个经改装密封的车廂内，然后往车廂灌毒气来杀死这些犯人，以达到秘密处决的目的，这是刘新杰向谭忠恕汇报的处理方案，谭忠恕听后表示同意并亲自到现场监督执行。他安排齐佩林去应付外面的己者，自己和刘新杰留在监狱內检查车辆和犯人上车。车辆开出监狱向城外方向驶去，紧跟其后特务的摩托车刘新杰的车被“意外”堵住，阿九趁机把车开进一个大院，打开车门放下车内的人，接着他迅速跳上另一辆早已准备好的一模一样，装满二十六具尸体的车，开往郊区外坟地，整个过程进得迅速而且顺利。

周汉亭的女助手何秀凝向谭忠恕汇報，周汉亭现在是水手的新军师；二是水手可能要露面，周汉亭要找船，有一个重要人物要出海，这个人可能是水手。周汉亭的酒吧，由于内奸何秀凝的告密，造成阿九和段夫人牺牲，水手和刘新杰负伤。段海平终于被敌人发现了，刘新杰劝他撤离，段海平说自己还有没完成的事，也不肯告诉刘新杰是为什么。齐佩林发现在安全房被刘伯涵关了一个人，问刘伯涵是怎么回事。李伯涵告诉齐佩林，他抓了刘新杰的女朋友顾晔佳，并要求齐佩林不能告诉刘新杰。段海平在发出地下党全部撤离的指令后，最后用假电报迷惑敌人时被捕，后服毒牺牲。

刘新杰暴露了，谭忠恕他们做梦都没想到，他会来到齐佩林的安全屋，袭击了李伯涵救走顾晔佳。潭忠恕曾把几个处长假想成卧底，而这个卧底竟然真是刘新杰。他对这个结果太难承受，他想要亲自问问刘新杰，问问这个和自己一起长大，一起读书，一起从军打仗，一起死去又一起活过来的人，你到底是谁？水手临死前安排的反间计取得了成功，谭忠恕官复原职。刘新杰从谭忠恕那里获得了“木马计划”潜特务名单，完成了上级交给他和水手的任务。

刘新杰1949年回到解放区，恢复了自已的身份031号。中央军委向他颁发了一枚三等红星勋章，以表彰他在敌后出色的斗争。后来在中央保卫局从事反特工作。