巴氏杀菌奶和常温奶都是通过加热杀菌再加工的产品，但不同的加热处理方式会一定程度上破坏某些对热敏感的营养成分。所以整体上营养还是有差异的。
常温奶可以在常温下贮藏、流通、不需冷藏，属于商业无菌产品。分为超高温灭菌( UHT ）乳和二次高温长时间杀菌乳，采用超高温瞬时杀灭细菌，然后在无菌环境中灌入无菌包装里。生产工艺是在135~150℃下加热3~5秒，并迅速冷却至接近室温后进行无菌的灌装。
要比较巴氏杀菌奶，就要先知道什么是巴氏消毒？什么是巴氏奶？巴氏消毒是一种利用较低的温度来加热达到杀菌的消毒方法，这样既可杀死所有致病菌，又能保证奶产品中的营养物质损失最小化，从而保证新鲜纯正的牛奶风味以及营养。
而巴氏奶，就是巴氏杀菌乳，或叫巴氏杀菌奶。一般采用72~85℃的低温来杀菌，加热杀菌时间为10~15秒。巴氏杀菌奶需要冷藏保存，保质期一般为7天。所以两者的保存方式也是不一样的。
哪个更有营养呢？总体来说，两者主要营养成分是相同或相近的。但常温奶要经过更高的温度杀死几乎全部微生物来保证产品能在常温下保存不变质，这就不可避免地牺牲了相对较多的微量营养物质，比如许多维生素和可溶性活性蛋白。而巴氏杀菌奶的高温处理，相对没那么高，所以口感和风味要比常温奶更加新鲜、纯正。但常温奶较长的保质期和常温保存，也为消费者带来了便利。
