一九四一年第一季度，日军已侵占越南，下一步即将入侵缅甸。当时英国在缅甸驻军极少，又无战斗力，如日军入侵，势必随时放弃，我国云南省就成了日本第二步入侵的目标。如果云南被日寇占领，则四川、贵州就很难保全。当时重庆国民政府军事委员会决定在所属三个部（军令部、军政部、军训部）中抽调一批军事专家，组成一个参谋团，作为军委会的派出机构，驻云南省会——昆明。参谋团先做备战工作，一方面陆续增兵入滇，一方面拟订《滇南防守计划》，并加强云南边境国防工事。
参谋团的成员名单，是参谋总长何应钦与他的高级幕僚精心选定的，集当时各兵种军事人才的精英。这些人作为短期调用，任务完毕后，仍回原单位。
参谋团成立时的名单如下：
中将团长 林蔚，浙江黄岩人，浙军出身，原军令部第一次长，曾任蒋介石侍从室主任。
中将副团长 阮肇昌，云南昆明人，北洋军出身，原军训部第一次长，曾任陆军大学教育长。
中将高级参谋 邵百昌，湖北黄冈人，鄂军出身，原要塞炮兵司令，炮兵权威。
中将高级参谋 华振麟，浙江长兴人，原通信兵指挥官，全国通信兵首脑。
中将高级参谋 林柏森，广东镇平人，粤军出身，原工兵学校教育长，全国工兵首脑。
中将高级参谋 斯立，浙江东阳人，原辎重兵学校教育长，全国辎重兵首脑。
少将高级参谋 马崇六，云南大理人，滇军出身，原国防工程处处长，留日工兵专家。
中将参谋处处长 萧毅肃，四川蓬安人，川军出身，何应钦亲信，原总长办公室高参，后来当西南补给区司令。
少将总务处处长 许高阳，湖北武昌人，李济深幕僚，原军委会桂办公厅高参。
参谋处第一科（作战）
上校科长 涂健，湖北黄陂人，原军令部一厅科长，后来调升为杜聿明的少将参谋长。
少将参谋 赵德树，原军令部一厅参谋，后来当师长，起义。
上校参谋（数人），原军令部一厅参谋。
中校参谋 闵××，原军令部一厅参谋。
一科参谋约七八人，到昆明不久，《滇南防守计划》核定后，就先回重庆。所以除少将参谋赵德树外，其他数人印象不深，已记不起名字了。
参谋处第二科（情报）
少将科长 李立柏，湖北沔阳人，原军令部二厅科长，日本通。
中校参谋 刘芳矩，原军令部二厅参谋，英语翻译。
中校参谋 仲伟成，原军令部二厅参谋
少校参谋 陈家鼎，原军令部二厅参谋，英语翻译。
参谋处第三科（后勤）
少将科长 杨铎，原江南兵站统监部参谋长。
中校科员 朱树滋，原兵站部科员，不是参谋，是军用文官。
上校参谋 袁进，原军令部通信参谋，后来当西南长官部少将处长。
少校参谋 沈定，原军令部通信参谋。
总务处
上校高级副官 王云衢，林蔚亲信，原军令部三厅高级副官。
上校科长 林笃弇，原军政部科长。
中校秘书 钱斌，原军令部林蔚的秘书。
另有副官二人。
其他各兵种（特种兵）参谋
上校炮兵参谋 李云鹏，邵百昌助手，原炮兵学校教官。
中校工兵参谋 罗崇典，林柏森助手，原工兵学校教官。
少校工兵参谋 时道玄，林柏森助手，原工兵学校教官。
此外，参谋团还有译电人员、电报班、日本新闻抄译班、无线电台、电话队等。
参谋团入滇之时，参谋人数虽然不多，可是都算得上第一流人才，拥有几个有名的战略家、各兵种的头头、军令部得力的参谋人员和各特种兵科的专家。当时战火已燃烧到云南边境，危及国民政府的西南大后方，所以蒋介石才决心派出这个参谋团和他的嫡系部队、最精锐的第五集团军（总司令杜聿明）入滇，加强滇缅边境的防卫。
参谋团最初名为“驻滇参谋团”，后来远征军入缅后，才改称“驻滇缅参谋团”。它的机构虽然不大，但是权力比当时的战区司令长官还要大。当时只有军令部和委员长侍从室可以用蒋介石的名义发布命令。军委会参谋团是小型的军令部，与军令部具有同样的权力。必要时，参谋团团长可以在所在地区代行军委会委员长即蒋介石的职权，如有违抗命令者，可以先斩后奏。
当时在云南省的高级军事机关（部队）及其负责人员有：昆明行营主任龙云（上将），第一集团军总司令卢汉（上将），第五集团军总司令杜聿明（中将），第九集团军总司令关麟征（中将）。
参谋团团长林蔚资格虽老，但还是中将，所以参谋团对以上四个单位的行文，属于一般性的由林蔚出面，用平行称谓。如发给昆明行营的文件，称“龙主任志公”或“刘参谋长耀扬兄”（龙云字志舟，由于资格老，所以客气一些称“志公”，他鸦片烟瘾极大，只是十天或半月才到昆明行营及省政府办公一次，平时这个单位的军政公事，都由龙云的亲信中将参谋长刘耀扬代拆代行）、“卢总司令永衡兄”、“杜总司令光亭兄”、“关总司令雨东兄”。如果属于命令性质的，则署名“蒋中正（日韵）滇参”。
由于用蒋中正的名字发布命令的有三个单位（参谋团组成前及结束后只有两个单位），所以署名之下有不同的代号：
① 如蒋介石亲笔发令的叫“手令”，由侍从室发出。
② 如由侍从室拟稿发令的，用“蒋××（日韵）侍参”。最重要的文件由蒋亲自签字，这种文件叫做“判行”；次要的由侍从室主任签字发出。
③ 如由军令部各厅、各特种兵指挥部拟稿发令的，用“蒋××（日韵）令一元”，“元”即军令部第一厅第一处，第二处用“亨”，余类推；或用“蒋××（日韵）令信（工）指”，即军令部通信兵指挥部或工兵指挥部。这类命令均由军令部部长徐永昌或次长林蔚、刘斐签字后发出。军委会其他各部（军政部、军训部、兵站总监部）都用部长的名义发文。
④ 如由驻滇参谋团拟稿发令的，用“蒋××（日韵）滇参”，由参谋团团长签字后发出。
因为当时有三个单位用蒋中正的名义发令，所以受令单位必须从代号上辨别这个命令是从哪一个单位发出来的。
一九四二年一月，中国远征军司令长官部进入缅甸，参谋团也从云南昆明推进到缅甸腊戍。名义上参谋团是远征军长官部的咨询机关，实际上是代表重庆军令部指挥远征军。参谋团团长林蔚同时担任军令部第一次长。军令部部长徐永昌是阎锡山的部下，第二次长刘斐是桂系李宗仁、白崇禧的幕僚。只有林蔚是蒋介石的亲信，是军令部的实权人物。
蒋介石及军令部给入缅部队的电报，先发到参谋团后再转发。远征军长官部的情报和战报，也先送参谋团，再由参谋团转报给重庆。远征军正面第五军与日军接战以后，缅甸军事就由蒋介石在侍从室亲自直接指挥。当时侍从室在重庆曾家岩，是蒋介石办公的地方。侍从室主任是钱大钧上将。每天由重庆派飞机到缅甸腊戍参谋团收送文件一次，包括绘制的战况要图等，有时还由重庆送来蒋介石亲笔“手令”。
参谋团与远征军长官部有电话及无线电报联络，对左、右翼部队有无线电报专台联络，对重庆有一千瓦大型电台，这是当时功率最大的一座军用电台。此外还用有线电台、长途电话联络，对昆明用有线、无线电双重联络。在当时的器材设备条件下，这个通信网算是最完备、最灵敏的了。参谋团对远征军长官部及昆明行营，除转达重庆方面的命令、指示外，也作一些方针性的作战指导或建议，对于具体部署，并不干预。总的来说，那时参谋团与这两个高级军事机关的关系还是正常的。
在与盟军联络问题上，在参谋团入缅以前，重庆军令部就派出侯腾少将为军事代表在腊戍与美、英方面联系。另外又在腊戍设立一个联络处，派冯衍少将负责。中国空军总部也派黄褚彪空军中校为联络参谋，与美国空军联络。参谋团进驻腊戍以后，这三个人就归参谋团指挥，继续担任与美、英方面的联络工作。
