1975年3月，经过叶剑英的动员鼓舞，张爱萍复出，重新工作，担任国防科委主任一职。国防工作，他在建国初期就做过，干得还不赖，具体负责的“两弹一星”工程，创造佳绩，他可以说是“为国铸剑第一人”。

张爱萍再回科委系统，做的第一件事，就是整顿风气和人事问题。他刚干出点眉目，就风云突变、风向大转，被他赶出七机部的一个头头，写了封揭发他的告状信，并送到了毛主席的案头。

毛主席的反应颇为微妙，让人捉摸不透，他在上面批示：转发其他领导，请总政酌处；还说此人是9.16左边的人。张爱萍不一般，他是开国上将军衔，又是个干实事、威望颇高的老干部，总政是做不到“酌处”的。时任总政主任的张春桥，也不太敢招惹浑身是刺的张爱萍。

最后是苏铸主持开会，李先念、纪登奎、陈锡联陪同，一起召见张爱萍，传达毛主席的批示。他们准备观察其态度，再报上去“酌情处理”。国防科委政委陶鲁笳也在。

会上，李先念开门见山地问道：“看完了批示，你感觉怎么样？”张爱萍冷硬回道：“不怎么样？”李先念惊：“什么？不怎么样？”李暗示这是毛主席的指示，怎么能这样说。张爱萍不改此意，继续说：“不怎么样，就是不怎么样。”

现场一片寂静，会有点开不下去了。李先念沉默，纪登奎接着上，问张爱萍，“今不如昔”这话谁说的。结果是针尖对麦芒，你来我往的问答。张爱萍寸步不让，句句有回应，句句是还击。

张爱萍一脸坚毅，毫无畏惧之色，纪登奎被顶得面红耳赤，无所适从。这时，陈锡联试图说和，便用脚轻轻碰了碰张爱萍，低头小声说道：“你承认算了，多一事不如少一事。”

谁曾料到，张爱萍情绪激动、反应强烈，根本不在乎“多一事”，大声喊道：“你们要我承认什么？要我承认什么直说啊？”陈锡联见状变回正常音量，开诚布公地说：“承认路线上犯了错误。我也承认过啊，也没拿我怎么样嘛。”

张爱萍仿佛受到了侮辱，大吼：“那是你。”这会，铁定是开不下去了，迟迟没有开口的苏铸说：“这件事可能有些突然了，对毛主席的指示，还是需要时间去理解和认识的，这其中有一个过程。请张爱萍同志回去再想一想，现在先散了吧。”

其实大家对张爱萍是十分爱护的，无论是李先念，还是陈锡联，亦或是苏铸，都希望他平安无事地过关。后来邓公在1975年12月3日，最后一次陪同毛主席接见外宾时，也说张爱萍去七机部工作是自己派的——意思就是张的所作所为自己有责任。

毛主席闻言的回答有些出人意料：“是你派去的，也是我派去的嘛。对爱萍还是要帮的。”

但尽管这样，张爱萍还是陷入风雨飘摇中，再次身陷囹圄也未尝可知，但他就是不低头、不做检讨。就算是别人好心替他写好检讨，他只需要签个名上去，他都不愿。

在失去自由、左腿致残的5年里，在狱中见到江青、叶群猝登高位后，张爱萍下定决心：不再低头，不再做那些违背自己信仰和原则的事，哪怕去死。