维护政权安全、皇权安全是我国古代历代王朝的施政重心，明朝也不例外，通过有步骤地削藩和限制藩王的权力，消解了郡县制和分封制并行的隐忧；通过废除丞相和控制军权，建立了君主独裁的政治制度；通过设立锦衣卫等特务机构，将君主集权进一步升级。
消解郡县制和分封制并行的隐忧
秦王朝开创了郡县制中央集权制度的先河，但是由于兼并六国的战争耗费了太多国力，以及无嬴姓诸侯藩屏中央，在六国旧贵族势力和秦末农民起义力量的合力打击下，秦王朝短命而终。
汉高祖刘邦汲取秦朝灭亡的教训，将郡县制和分封制并行，西汉建国之初就大量分封同姓和异姓诸侯。
虽然刘邦通过各种途径消除了异姓诸侯对中央政权的威胁，但是同姓诸侯的存在为后来的诸侯叛乱埋下了祸根。
汉景帝时期的“七国之乱”和西晋时期的“八王之乱”，不但严重威胁了中央集权，而且给经济社会发展带来了严重的破坏。可见，虽然分封制对藩屏中央有一定的助益，但是也存在诸侯反叛中央、篡权的风险。
作为同样平民出身的皇帝，在政治体制设置上，朱元璋选择了和刘邦相同的模式，也采取了郡县制和分封制并行的制度，不但设置郡县，还分封异姓和同姓诸侯。
分封制又称“封建制”，是封邦建国之意，起源于夏朝，经过商朝的发展，在西周时期达到成熟完善。
实际上，朱元璋分封诸侯特别是同姓诸侯的主要目的，一是“塞王实边”；二是“屏卫皇室”。朱元璋共有26个儿子，其中长子朱标为太子，一子夭折，其余24子和一个从孙子均受封为王。虽然明朝的分封制并没造成像西汉的“七国之乱”、西晋的“八王之乱”这样的严重局面，但是明朝历史上也出现了像宁王叛乱、安化王叛乱这样的藩王叛乱。
建文元年，燕王朱棣更是以“靖难”之名起兵，历四年夺取皇位，改次年为永乐元年，建文帝不知所踪。
西汉时期汉景帝采纳晁错“削藩”的建议，引起了吴王刘濞等藩王以“请诛晁错，以清君侧”为借口的叛乱。
建文帝“削藩”的出发点和汉景帝是一样的，太常寺卿黄子澄和兵部尚书齐泰是建文帝“削藩”的重要谋划者和参与者，目的是削夺诸王兵权。
一开始的时候，建文帝的“削藩”取得了阶段性成绩，但是由于燕王朱棣打着“请诛齐泰、黄子澄，以清君侧”旗号发动“靖难之役”，建文帝“削藩”的宏伟大业最终以失败而告终，并且失去了自己的帝位。
朱元璋在设计分封制时，希望诸藩王可以在中央政权需要时“屏卫皇室”，因此授予诸王有举兵“清君侧”的权力，“靖难之役”因此被赋予了一定程度的合理性和合法性。
“靖难之役”表面上是针对齐泰和黄子澄，实际上矛头直指建文帝。汉景帝的“削藩”以成功告终，并且促成了西汉历史上的治世——“文景之治”的出现。
而建文帝的“削藩”却以失败收场，主要是他错误地估计了自己的实力、“平叛”中用人失当以及在“削藩”过程中犯了战略性的错误。
朱棣登基后，一方面封赏“靖难”功臣，另一方面诛杀建文遗臣。他虽然通过“靖难之役”夺取了帝位，但出于稳固统治的考虑，还是要采取措施限制宗藩。然而，考虑到朱元璋《皇明祖训》的牵制，朱棣限制或削弱宗藩的行动更讲究策略性。
除了移藩王的封国于内地、削夺其军权，严厉禁止诸王节制地方武官以及干预地方行政事务，朱棣还把军兵大量调到南京或北京，通过征调精锐、校阅等手段，加强对地方军事权力的掌控。
到了明宣宗时期，在平定汉王朱高煦的叛乱后，进一步采取了限制宗藩的措施，一方面借机削夺了赵王、楚王、蜀王、肃王的王府护卫，此后王府很少再设立护卫；另一方面加大了“弱藩”的力度，藩王一旦赴藩国，终生不再有进京机会，甚至不得走出封国。
此外，藩王终生不得入仕为官、不得经商，大小事务都要征得皇帝的批准。到明朝中后期，由于家族繁衍，宗藩数量大幅度增加，但是绝大部分沦为社会的腐朽、寄生阶层，这无疑加大了政府的经济负担，成为明朝灭亡的重要因素之一。
建立君主独裁制度
朱元璋深知加强君权的重要性，他改革政治制度，集行政、军事、司法、监察大权于一身，以达到“躬览庶政，整顿吏治”之目的。
浙东集团和淮西勋贵是明朝初年政坛上最大的两股势力，朱元璋依靠他们打下了江山，建立了大明王朝。但是，这两股强大势力特别是淮西勋贵势力的存在，引起了朱元璋深深的担忧。
为了稳固后世统治，他采取一系列非常规的措施和手段，解除了相权和将权对皇权的威胁，巩固了皇权地位。
朱元璋的目标是要使他的国家保持静止不变，这也是明朝部分士大夫心目中最为理想的时代，这一时代持续了近一个世纪的时间。
明初政治的典型特征是君主独裁制度的确立。在这一过程中，朱元璋以一种为我所用的姿态，充分吸纳了蒙古传统、民间传统和儒家传统中能够为自身权力的合法性、稳固性和持续性提供帮助的各种资源，从而建立起一个具备高度集权特征的政治体制和皇权体系，并在现实政治运行中形成了极为独特的思维与行动逻辑。
胡惟庸案：废除丞相自秦汉以来，丞相总揽全国庶务，其称呼虽然各朝代不尽相同，但“一人之下，万人之上”的地位不变。
《明史》记载：“十三年春正月戊戌，左丞相胡惟庸谋反”，朱元璋借机废除了丞相制度，并由此确立了君主独裁制度。
虽然形式上废除了丞相制度，但仍然需要辅助皇帝处理政务的机构，于是产生了内阁。
为弥补体制上丞相的缺失，明朝官员做出了各种努力，其中最关键的一个环节就是部分阁臣（尤其是首辅）力图使内阁丞相化，从而在实际政治事务中承担起丞相之职，这一努力历时半个多世纪（嘉靖至万历初年）且取得了极大成就。
客观而言，内阁丞相化的产生、发展有其现实的合理性和必要性。相权的韧性有着历史和制度根源，中国古代官僚制度虽经常受到“君尊臣卑”思想的干扰，但由于统一帝国的规模庞大、组织复杂，与此规模和组织相应的官僚制度也具有抗干扰的巨大潜力。
这或可解释为何君权一再打击相权，而终不能完全禁绝相权的潜滋暗长。当其盛时，内阁有“赫然真相”之称。
蓝玉案：控制军权如果说朱元璋利用胡惟庸案将行政权集中在皇帝一人手中，蓝玉案的结果则是将军权牢牢控制起来。胡惟庸案反映出皇权和相权的矛盾，而蓝玉案反映出皇权和将权的矛盾。
表面上看，朱元璋处死蓝玉是因其骄横跋扈，但实际上有更深层次的原因。蓝玉也是淮西勋贵，虽然明太祖利用胡惟庸案清理了一批军功贵族，但是太子朱标之死让朱元璋意识到蓝玉是皇位继承者皇太孙的最大威胁。
明太祖以谋反罪处死蓝玉，并夷灭其三族，以此为契机对淮西老将及其子弟、军事新贵等加以清洗。
蓝玉案之后，活跃于政治舞台的淮西勋贵势力被完全铲除，来自开国异姓功臣对皇权的威胁被消除。
设立锦衣卫、东厂、西厂等特务机构
出于加强中央集权的考虑，朱元璋和其后的统治者设立锦衣卫、东厂、西厂等特务机构。这些特务机构的设立给明朝的统治蒙上了一层神秘和恐怖的色彩。
洪武十五年，朱元璋设立锦衣卫，专司缉捕。永乐十八年，明成祖朱棣设立东厂。成化十三年，明宪宗朱见深设立西厂，五年后又罢西厂。正德元年，明武宗朱厚照复设西厂。正德三年，宦官刘瑾立内行厂。正德五年，明武宗诛杀刘瑾，罢西厂、内行厂。
锦衣卫、东厂、西厂等特务机构的设立是为了维护明朝的政治安全，凡不利于皇帝的言论和行事都在特务机构的侦缉之中。
由于缺乏必要的权力监督，这些特务机构往往凌驾于国家司法之上，具有法律之外缉捕、刑讯、定罪、行刑等权力。再加上长期被专权的宦官控制，造成官僚阶层人人自危，给政治安全带来巨大动荡。
从孔孟之道到程朱理学
明朝统治思想经历了一个动态变化的过程，同时也是一个与国家安全形势不断适应和互动的过程。
朱元璋虽然在明朝建立初期采取了休养生息的政策，但是也奉行既强化集权、加强专制又注重治吏安民的治国方针，使帝王权力进一步绝对化。
朱元璋曾借助儒家传统的华夷观念和天命观念来阐发其推翻元朝统治的合理性，称帝后则对一切危及其专制统治的言行予以剿灭，把镇压“不轨妖言”当作首要任务。
朱元璋十分重视在百姓中“去心之邪念以归正道”，把“恤民”和“敬天”相联系，认为只有“恤民”才能真正体现“事天”“敬天”之诚意。
洪武五年，京师文庙落成，朱元璋诏命罢孟子配享，凡有谏者概以大不敬论。由于刑部尚书钱唐抗疏入谏，才恢复孟子配享。但他又命儒臣修《孟子节文》，将《孟子》中所有不利于君主专制的内容删除。
朱元璋尊崇儒家，优渥孔氏，其实和汉武帝接受董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”建议一样，朱元璋也把儒家思想当成一种维护其君主独裁统治的工具和愚民的手段。
他重视儒家提倡的“三纲五常”，特命大学士吴沉等以“敬天”“忠君”“孝亲”为纲，采儒经之言为主编成《精诚录》，颁示臣僚，为其提供行动指南。
朱元璋还重视借重儒学来维护君主的权威，其确立的八股取士制度就是一种思想上的专制。
在治吏方面，朱元璋也是刑用重典，不但制定有《大明律》，还制定了《御制大诰》，采用严酷的法外之法、刑外之刑惩治贪官污吏。
朱棣即位后，尊崇孔子、奉行儒学，提出了一套系统的以儒治国思想。此外，他通过纂修、颁行《五经大全》《四书大全》，试图以儒学特别是程朱理学来统一民众的思想与行为。
朱棣不仅把程朱的儒家经典注疏规定为科举的正统标准程式，还发布过一篇训谕式短文即《圣学心法》，给臣民和后嗣定下了伦常日用的规范，致力于将这种意识形态定为正统基础。
此外，朱棣还组织编写了《永乐大典》，一方面使他获得了经书遗产和学者精英阶层“庇护人”的美誉；另一方面，又为文官和宗室提供了指针和伦理标准。由此，形成了士人阶级的理智观和文化观，同时为帝国统治奠定了意识形态基础。
