1939年，蒋介石质问钱大钧，巨额空军款项和购买的飞机哪里去了。钱大钧沉默不语，蒋介石大怒，让其停职反省，并派人调查。

钱大钧是“空军委员会”的主任，但该委员会的秘书长由宋美龄兼任，在重大事情的决定上，宋美龄的话语权要更强。

派去调查钱大钧的何应钦、何成濬等人，担心拔出萝卜带出泥，草草结案，只给钱大钧定了一个“私分空军经费的罪名”。

原来，宋美龄曾给空军委员会要来了一笔办公经费，钱大钧伙同委员会几个官员将这笔钱私分。老蒋看了何成濬递交的报告后，大笔一挥，下令将钱大钧撤职查办。

撤职是真，在何应钦等人的向老蒋求情下，查办不了了之。在老蒋心中，还是将钱大钧视为心腹的，只是这个心腹，贪腐之名太盛，又屡教不改，老蒋不得不时常敲打。

钱大钧在黄埔军校建立后，以第一批教官的身份，很快引起老蒋注意，委以重任，成为蒋系“八大金刚”之一。

钱大钧带兵打仗的水平，中规中矩，在1930年中原大战后，就极少在前线指挥过部队了。在一线指挥中乏善可陈的钱大钧，却能揣摩老蒋的意图，提交的军事计划中，很能投老蒋所好，被认为是一个参谋类的人才。

1933年初，老蒋为了节制河北的军阀部队，设立保定行营，委派钱大钧担任主任。老蒋给钱大钧的指示是，让他分化河北的杂牌将领，能收编的尽量收编，逐步吞并或“中央军”化。

钱大钧刚到任后，显得很是雷厉风行，但很快就被孙殿英等军阀拉下了水。孙殿英等人，为了保住手上的部队和地盘，对钱大钧极力逢迎，以厚礼重金结交。

以孙殿英为例，他是有名的会道头子，利用关系网，在华北大肆贩运鸦片，敛财极多。孙殿英出手大方，每次见钱大钧时，都要带去丰厚的“见面礼”。一来二去，钱大钧对孙殿英很有好感，称兄道弟起来，在给南京军政部的报告中，钱大钧将孙殿英大肆夸赞，把军政部长何应钦气得够呛。

南京给保定行营每月都会拨付一笔不菲的“特别费”，这个钱是让行营拉拢、收买河北的杂牌军官的。钱大钧一毛不拔，将“特别费”贪占，在他看来，“河北将领”对他主动交好、巴结，无需再用“特别费”活动。

钱大钧的行营主任当了不到一年，就被老蒋撤职了。其原因，一方面是钱大钧整日忙着“钩大钱”，在北平、天津、保定等地购置房产，影响很坏；另一方面，孙殿英等杂牌将领，在钱大钧任职期间，对南京的态度更为疏远，使得老蒋、何应钦对保定行营的工作很是不满。

撤职后不久，钱大钧调任“鄂豫皖三省剿总司令部”（总司令张学良，后改为武汉行营）参谋长，由行营主任降职为参谋长，是老蒋对钱大钧的敲打。

1935年10月，钱大钧调任侍从室第一处主任兼侍卫长，一跃成为老蒋身边的红人。侍从室的部门中，以第一处地位最高，处长被不少国民党军政大员戏称为“军机大臣”。在历任的侍从一处主任中，钱大钧是唯一兼任侍卫长的，可见当时受老蒋信任之深。

1936年12月12日凌晨，张学良、杨虎城发起“西安事变”。在东北军进攻华清池时，组织卫队抵抗的钱大钧，被流弹射中背部，子弹从前胸穿过。受了重伤的钱大钧，却在“西安事变”和平解决后，受到老蒋的猜忌。

原来，钱大钧在武汉行营任参谋长时，和不少东北军将领关系处得不错，和张学良也有了交情。钱大钧在华清池中弹倒地后，被认识他的东北军将领派车送去西安救治，在钱大钧伤情好转后，东北军骑兵军长何柱国将他接到家中养伤。

老蒋回到南京后，在听了特务头子戴笠的密报时，对钱大钧产生怀疑，将他召来质问。钱大钧知道辩解无用，也不多说，当即撕开上衣，露出了前胸触目惊心的伤口。

老蒋看后，马上换了一副表情，将本来的责骂，改成了言语抚慰。钱大钧回去后，担心老蒋在戴笠撺掇下，又改变想法，便将受伤时的血衣翻出来，第二天拿给老蒋看。

看到血衣的老蒋，显得有些尴尬，连连摆手，示意此事就此揭过，不会再追究钱大钧的责任了。

对钱大钧的“顺利过关”，被老蒋下令撤职查办的曾扩情、晏道刚很是不服，认为若论失职程度，钱大钧这个侍从室一处主任兼侍卫长明显更大。

在曾扩情、晏道刚向戴笠诉苦时，戴笠以调侃的语气说：“你们怎么能和钱大钧相比，人家身上有枪眼，你们有吗？”

有了这场风波后，老蒋认为钱大钧难以胜任侍卫长一职，让他不再兼任。1938年，老蒋改组特务机构，准备让戴笠以副局长的身份，主持军统局工作，军统局长由侍从室一处主任兼任。鉴于戴笠和钱大钧不和，老蒋将钱大钧调去空军委员会任主任，贺耀祖调任侍从室一处主任兼军统局长。

钱大钧空委会主任的位置坐了不到一年，就遭撤职查办，这里面大有文章，他贪腐是真，背锅也是真。

赋闲了一年多后，在何应钦的斡旋下，钱大钧被任命为军政部次长。在何应钦被陈诚取代后，钱大钧离开军政部，重返侍从室一处任主任。

抗战胜利后，钱大钧被任命为上海市长兼淞沪警备司令，但没干多久，告他贪腐的状子满天飞，老蒋只得将他撤职。

至此，老蒋对钱大钧算是彻底弃用了，再没让他独当一面。