过去民族史料多记载畲族是瑶族的分支，或系瑶族演变而来。如明嘉靖三十五年《惠州府志》载：“猺本盘瓠种，地界湖蜀溪峒间，即长沙、黔中五溪蛮。后滋蔓绵亘数千里，南粤在在有之。至宋始称蛮猺。其在邑者，俱来自别境。椎结跣足，随山散处，刀耕火种，采实猎毛，食尽一山则他徙。粤人以山林中结竹木障覆居息为輋（畲），故称猺所止曰輋（畲）。自信为狗王后，家有画像，犬首人服，岁时祝祭。其姓为盘、蓝、雷、钟、苟……猺有长有丁，国初设抚猺土官领之，俾略输山赋，赋论刀为准，羁縻而已”。清康熙《饶平县志》载：“猺人，又名畲客，有四姓:盘、蓝、雷、钟，自谓狗王后，男女皆椎髻跣足，依山结茅为居，迁徒无常，言语侏离不可辨，刀耕火种，不供赋，善射猎，以毒药涂弩矢，中兽立毙。”清乾隆年间傅恒编纂的《皇清职贡图》亦言“福州府属罗源等县畲民，即粤之猺人”。民国学者沈作乾在《畲民调查记》中云：“畲民守旧性很强，但既和汉人杂居，不能不受环境的影响，其风俗、生活也不能不稍有变更，因此就渐渐地脱离猺之本来面目，成为一种变相的新民族，叫做‘畲民’或叫做‘畲猺’……汉人称畲民为‘畲客’或‘客家’”。
畲族在历史上，人口远比今日为多，后来相当部分同化成了汉族客家人，客家人的母系甚至是以畲族为主。客家学大师罗香林在《客家研究导论》中说：“民族、民系其血缘的复杂，依吾人客观的态度言之，其本身实无可疵议。与其说血缘纯粹的民族或民系为足以夸耀，毋宁说血缘复杂的民族或民系为足以激荡其族其系文明的增进……闽赣粤交界地，昔时畲民的非少了。畲的巨姓，有雷、蓝、茅、赖、盘等等，从前客人称他们为‘五姓贼人’，客家初到闽赣粤的时候，不能不与畲民互相接触，接触已多，就想不与他们互相混化，亦事势所不许”。
2024年3月13日，国际学术期刊BMC Biology在线发表了复旦大学徐书华团队的研究成果“Reconstructing the ancestral gene pool to uncover the origins and genetic links of Hmong–Mien speakers”。该项研究基于现代苗瑶人群全基因组测序数据，建立新方法重构苗瑶语系人群的祖源基因库，结合亚洲地区的现生人群与古人基因数据系统分析苗瑶人群的遗传结构及复杂演化历史，从遗传学角度分析和揭示了苗瑶语系遗传起源以及苗瑶人群的基因纽带。
该项研究发现，苗瑶畲民族虽然共祖，但畲族和苗族的血统反而更为接近，畲语也应该是属于苗语支而非瑶语支，畲族应该是从苗族中演化而来。无论是常染色体还是Y染色体或语言学证据，都表明瑶族先于畲族从苗瑶畲人群共同体中分离。之前国内著名分子人类学检测机构23魔方的研究也支持这一结论。畲族的祖先可能是从贵州东迁到湖南南部，又从湖南南部东迁到赣闽粤交界山区，然后进入广东、福建、浙江。畲族历史上广东潮州府凤凰山启祖的传说，可能只是后人的附会，而并非是畲族真正的祖居地。未来的民族史著作中，对于畲族的起源需要重新修改。
