收复新疆后，兆惠等人回京领赏，阿桂则被留在了伊犁，负责驻防，和回京领赏相比，这可是份苦差事，阿桂没有抱怨，还干了件大事。阿桂发现驻军消耗巨大，长此以往不是办法，于是阿桂向乾隆皇帝上疏建议，在新疆屯田，用这种方式为驻军提供口粮，还可以让回民熟悉耕作，发展当地农业。乾隆皇帝看后非常满意，不但同意了他的建议，还让他全权负责屯田事宜。得到皇帝认可后，阿桂开始大展拳脚。在伊犁河以南多地实施屯田，当年便获得足够千余人食用一年的口粮。之后两年他多次上疏，完善屯田制度，并建议在各省选拔工艺娴熟人员来新疆，带动当地发展。阿桂为当地稳定发展做出巨大贡献，因此他也进入了乾隆皇帝的视野，每有大事都会派其前往，深得乾隆器重。