稻花鱼不仅不能提高水稻的产量，反而会让水稻减产。 首先，水稻种植面积要减少。因为普通的稻田是不能让稻花鱼生存的，必须要经过改造才能养鱼。 改造要在原先的稻田里挖“田”字型2米以上的深沟，稻田四角和中间各挖一个鱼坑，每个鱼坑面积不少于10平米。 鱼沟和鱼坑的面积要占去稻田三分之一，种水稻的面积少了，产量自然就减少。 其次，改变了水稻的灌溉。水稻在稻田的生长过程分为：移栽返青、分蘖、拔节孕穗、抽穗扬花、灌浆成熟、收割几个阶段。 每个阶段的需水量是不一样的，返青期要深水，分蘖期要浅水，分蘖后期要放水晒田，后面几个阶段需要浅水、湿润的灌溉状态。 如果水稻田养鱼，为了给鱼儿营造一个好的生存环境，就必须加大水量，让稻田保持在深水状态。 这也就会影响水稻的分蘖，使水稻的株数、穗数和稻粒数减少，从而导致减产。 最后，病虫的危害。水稻田长期灌大水，不仅仅影响分蘖，也会导致稻瘟病、纹枯病、白叶枯病以及稻飞虱的爆发。这也是让水稻减产的因素之一。