2004年北京奥运会建设在水立方时，计划将北顶娘娘庙规划拆除。 8月27日下午3点左右，施工人员刚拆掉北顶娘娘庙的两扇大门，晴朗的天空突然乌云密布，平地刮起了龙卷风，即尘卷风。狂风持续了20多分钟，将工地临时建筑全部摧毁，造成44人受伤、2人死亡，但北顶娘娘庙却毫发无损。 第二天，工人在施工现场意外挖掘到一个洞，里面全是蛇，施工被迫停止。停工当晚，鸟巢和水立方的建筑工地不明原因停电，而北顶娘娘庙却灯火通明，可庙里根本没有电灯。 经过这三件怪事，设计师连夜开会研究上报高层，高层最终决定放弃拆迁北顶娘娘庙，并把水立方建设的位置向北移动了100多米。这件事后引起了社会的广泛关注和讨论，北顶娘娘庙也因此声名大噪，成为了北京的一个热门话题和旅游景点之一，其香火也更加繁盛。