1949年12月7日，蒋介石任命胡宗南为代西南军政长官，要求副长官孙震、杨森将所辖的部队划给孙元良，直接受胡宗南指挥。 杨森、孙震两人是国军中的老资历，蒋介石为了安抚两人，所以让实际负责西南军政长官事务的胡宗南只是以副长官身份代理长官职务，而让资历更深的顾祝同当名义上的长官。但是即使如此，杨森、孙震也是很不满，认为以胡宗南的能力和资历根本不配做他们的长官。尤其是孙震，他是第十六兵团司令孙元良的叔父，所以他怎么会甘心将部队交给孙元良呢？ 于是，杨森、孙震表示要亲自去海口向顾祝同汇报战况，两人对胡宗南说汇报完就回来，但实际上两人在12月18日飞离成都时，压根就没有打算再回来。 孙元良的十六兵团是在淮海战役被歼灭后重建的，从12月初开始，川鄂边区绥靖公署副主任董宋珩、第十六兵团副司令曾甦元等人，已经开始秘密的酝酿起义 12月18日，胡宗南让孙元良率第十六兵团主力向成都集结。孙元良将兵团师长以上将领召集来开会，在会上曾甦元说：“孙司令，如今兵团尚未集结完毕，无法执行去成都的任务，等部队集中了，在广汉一带也可以作战啊。”参会的将领大都支持曾甦元。 孙元良勃然大怒，说:“作为军人必须服从命令，连曾副司令都不服从指挥，我这个兵团司令还怎么当。” 第四十一军军长张宣武也是起义的策划者之一，他知道硬顶下去孙元良恐怕会有疑心，便打圆场说：“大家肯定还是要听孙总司令的，这样大家再研究一下吧。”孙元良一听，也就同意了。 散会后，孙元良又将张宣武等几个军、师长叫住，说:“董宋珩、曾甦元这两人近期鬼鬼祟祟，绝对有问题，太反常了。” 紧接着，孙元良四十一军的副参谋长王心田说:“马上让张子恩（警卫营营长）带些人去抓董宋珩、曾甦元，如果有异常，立刻干掉。” 张宣武见势不妙，连忙说:“一个是绥署的副主任，一个是兵团副司令，又没有确凿证据，抓了影响军心啊。”孙元良一天也就作罢了。 第二天，见军情紧急，孙元良召集将领前来，说:“胡长官命令，我兵团开去成都布防，诸位的意见呢？” 十六兵团大部分将领都不愿意去成都，孙元良无奈地叹气说:“都不愿意去？成都怎么办？胡长官还在成都呢，我们是军人啊。”说完，孙元良又满脸怒气地问曾甦元、张宣武等人的打算。 张宣武说:“成都确实不能去，时间也不允许，还是先撤到什邡比较稳当。” 孙元良听了后觉得也只能如此，便说:“就按张军长的意见，兵团撤到什邡去，但是必须马上就走。” 12月21日，十六兵团各部”转进“到什邡。22日上午，孙元良再次召集会议，让团长以上军官都来参加会议，不曾想多数团长干脆接电话，孙元良等了几个小时，只来了八个团长参会，孙元良一看心惊肉跳，但强作镇定的开会。 会上，孙元良提议将部队撤到懋功的大山里去，八个参会者都说如今大雪封山，大部队到懋功给养怎么办？ 孙元良趁机说出真实想法，即将部队带到云南和缅甸边境。参会者认为路途遥远，就算去了恐怕剩不下多少人了。孙元良却说:“只要能有几百个干部就可以。”见孙元良是这种打算，参会的几个团长当场表示：孙司令，我们是走不动了。 孙元良吼叫着说:“你们想干什么，不按计划走，留下了准备投敌吗？” 一个团长说：”请孙司令带着我们走和平解放的道路。“ 孙元良说:“我追随蒋总统几十年，我不能投敌。”说完，孙元良无奈地对参会者说：“你们都回去吧。” 几个团长走后，孙元良再次把张宣武、王心田等人叫来，让派兵去把董宋珩、曾甦元就地枪决。 张宣武说董宋珩、曾甦元早上就带部队走了，孙元良气愤的说：“18号那天我要动手，你们却非要阻拦。”之后，孙元良也开始派人盯着张宣武。 曾甦元很快给孙元良写了封驱逐信，说:“如今天已亮了，我们要走和平的道路，不会再为蒋介石卖命，限你立刻离开部队，否则别怪我们不客气。” 12月22日早晨，孙元良收到了驱逐信，他气得大骂说:“简直无法无天，要造反吗。”孙元良也清楚大势已去，他带着部队向广汉逃走。一路上，孙元良等人非常狼狈，因为桥梁都被破坏了，孙元良只得让士兵们边走边修，部队走得非常慢。到了深夜，孙元良来到成都，当晚住华阳旅馆。 孙元良逃走后，23日，董宋珩、曾甦元等人在什邡召集各师师长开会研究后，同什邡县政府县长李克刚于当天正式宣布起义。12月26日下午，解放军骑兵先头部队抵达什邡。 有“飞将军”之称的孙元良再次逃跑成功，一个说法是他到成都后赶上了最后离开的飞机，一个说法是他伪装成普通士兵，辗转西南后逃离，不管是哪个说法，反正他终究是逃到了台湾。 到台后的孙元良，逃跑的恶名实在是太昭彰，他也很自觉地申请退役，至此淡出了人们的视角。在七十年代初，孙元良还一度去了日本，开了一个面条店谋生。2007年5月25日，孙元良在台湾病逝，年103岁，他死后曾经一度被大肆吹嘘，结果遭到有良心的史学家的扒皮，人们这才知道了“飞将军”的大名。
