1950年3月1日，谷正文带着大批特务闯进吴石的家中，将其逮捕。吴石是国民党的参谋次长，他本来潜伏的很好，但却因为台湾地下党负责人蔡孝乾的叛变而导致身份暴露。 1949年底，保密局特务抓捕了基隆中学校长钟浩东（地下党），钟浩东被捕后坚贞不屈，但在特务诓骗说已经抓了台湾地下党负责人后，不由得脱口问了一句：“老郑怎么样了。”这让审问的特务将“老郑”记在了心中。 紧接着，特务又从其他被抓的地下党嘴里套出了“老郑”的地址，导致“老郑”被捕，这个“老郑”就是台湾地下党负责人蔡孝乾。 蔡孝乾被抓后一星期后，对特务说：“我想着牛排的味道都快想疯了。”说完，还指定要去台北高档的波丽露西餐厅的牛排。吃完牛排后，蔡孝乾说要带特务去一个地下党的联络点，特务让他带路，蔡孝乾走进一个黑暗厂房时，突然跑掉了。 保密局特务得知蔡孝乾和一个叫马雯娟的女子姘居后，估计两人会想办法离开台湾，于是特务用此前从蔡孝乾身上搜得的马雯娟照片，到警务处梳理所有申请离台者的照片，结果在一大堆已批准离台者的照片中，筛出了马雯娟。 马雯娟申请离台的文件角上还留着一张托办者的名片，那是东南军政长官公署总务处交际科长聂曦的，而马雯娟填写的地址，是台湾电力公司的招待所。这所住宅是吴石初来台湾时向电力公司借住的。 查到聂曦名下，又发现聂曦是吴石旧部，赴台后由吴石安排在东南军政长官公署任交际科长。接着，聂曦交代出入证是吴石的太太托办的，杭州南路地址也是吴太太填报的。 根据这些情报，保密局长毛人凤对吴石产生了怀疑，不过当时离台去大陆的人不少，国民党大员托办出入证也是常见的，所以毛人凤并没有进行下一步动作。可糟糕的是，逃走的蔡孝乾再次被抓，这次被抓他招认了一切，而且从他公文包里的记事本上一串名单有“吴次长”三字。 保密局还发现，蔡孝乾身上一张十元的纸币上，写着两个电话号码，其中一个便是他直接联系的朱小姐（朱枫）。 毛人凤又从蔡孝乾口中得知，被派到台湾的地下党联络人朱枫等人刚刚离开，他马上向蒋介石报告了经过，蒋介石下令立即封锁金山、舟山一带，禁止出入。 朱枫等四人拿着通行证后混在旅客里，经过几天几夜的海上漂泊，到达舟山后，却发现无法继续出海，最后在搜捕中身份暴露。 毛人凤派特勤室主任毛惕园去调查朱枫等人的通行证是怎么来的，毛惕园带人气势汹汹的闯进了特检处处长李伯年办公室。 李伯年见毛惕园凶神恶煞一般，还带着人，早已慌了神。毛惕园把四份“特别通行证”往李伯年的桌上一放，问：“伯年兄，这些’是你核发的吧？” 李伯年吞吞吐吐地说：“是参谋次长写的条……” 毛惕园追问：“条在哪儿？！” 李伯年从保险柜中找到那天的记录和吴石的亲笔便条。 返回保密局，毛惕园立即向毛人凤汇报：“四张特别通行证，是吴石开的条。” 毛人凤问：“确定是吴石吗？” 毛惕园说：“我们还从蔡孝乾的笔记本上，发现了“吴次长”三个字，姓吴的次长还有谁？” 毛人凤连忙去向蒋经国汇报，蒋经国听了问：“吴石次长的事，是否有确凿证据？” 毛人凤说：“证据确凿！” 蒋经国说：“此案关系重大，可先将吴石由保密局暂时收押起来。” 毛人凤又跑到阳明山向蒋介石汇报，蒋介石问：“确是吴石？” 毛人凤说：“是吴石！” 蒋介石又问一遍：“的确是参谋次长吴石？” 毛人凤说：“是参谋次长吴石！” 蒋介石最后就说了两个字：“抓吧。” 3月1日晚7时许，谷正文带着几十名便衣特务和军警包围了吴石家。 杂乱的脚步声惊动了吴石的副官王正均，他飞步冲上楼去向吴石报告。早有心理准备的吴石十分泰然，他拔枪在手，对王正均说：“我是难于逃脱啦，大丈夫生而何欢，死又何惧？我死而无憾，只是对不住你，你也许会受牵连……” 说着，吴石就要扣动扳机。王正均扑过去死死扳住吴石那只紧握着手枪的手，声泪俱下地大喊：“长官！你不能这样啊！” 这时，谷正文带人踹门冲了进来，吴石面色平静的看着他们。在搜查中，特务们在吴石官邸地下室发现了大功率收发报机一部，但没有搜到任何文件和纸片，原来这几天吴石已经感觉到形势的严峻，他提前将文件全部烧毁。 谷正文问吴石：“你到底在为谁工作？” 吴石说：“无可奉告！” 谷正文摆摆手，吴石及随从副官王正均等人被押上车，带去了保密局关押。 1950年3月2日，吴石被捕的消息传遍了台湾的大街小巷，受该案牵连而被逮捕的人有：吴石的妻子王碧奎，联络人朱谌之（朱枫）、聂曦、前“联勤总部”第四兵站中将总监陈宝仓、中校参谋方克华、参谋江爱训及吴石的副官王正均等十几人。 1950年6月10日，吴石、陈宝仓、聂曦、朱枫四人在马场町刑场被杀害。吴石在绝笔诗中写道：天意茫茫未可窥，悠悠世事更难知。平生殚力唯忠善，如此收场亦太悲。五十七年一梦中，声名志业总成空。凭将一掬丹心在，泉下嗟堪对我翁。
