1918年2月，唐继尧委派李根源为靖国第六军总司令，原靖国第五、第六军改编为靖国第六军第三、第四两师。

靖国第六军军长 李根源，云南腾冲人，政学系头目。

驻粤滇军总司令 李根源（兼）；李烈钧（后），江西九江人，二次革命首义都督。

参谋长 杨晋

第三师

师长 张开儒，云南巧家人，滇系护国名将；李天保（后）；杨晋（后）

参谋长 张惟圣；汪映枢（后）

第五旅旅长 戴永萃；盛荣超（1919.12.10.任）

辖第十一团（团长杨为模），第三十一团（团长洪锡龄）

第六旅旅长 李天保；胡国秀（后）

辖第六团（团长孙开运），第三十六团（团长刘明义，周汝康）

炮兵团团长 鲁梓材

第四师

师长 方声涛，福建侯官人，李烈钧旧部；李根源（后兼）；朱培德（1919.10.22.任），云南楚雄人，滇军将领。

参谋长 王钧；孙明（1920.1.28.任）

第七旅旅长 朱培德；张怀信（1920.1.28.任）

辖第三十八团（团长张怀信，王钧），第二十五团（团长赵德裕，杨宜春）

第八旅旅长 伍毓瑞（1919年援闽，编为靖国闽军）

辖第三十三团（团长杨益谦，胡思舜），第四十一团（团长 董靖华）